目的基于TCGA數(shù)據(jù)庫的基因突變測序數(shù)據(jù)來預(yù)測腫瘤新生抗原,結(jié)合生物信息學(xué)設(shè)計(jì)抗原表位肽,通過免疫原性實(shí)驗(yàn)篩選出理想的抗原表位肽,誘導(dǎo)能高效激活細(xì)胞免疫反應(yīng)的特異性CTL克隆,并對其TCR基因表達(dá)情況進(jìn)行分析,分析將特定腫瘤新抗原作為抗腫瘤治療靶點(diǎn)的可能性。方法一、在TCGA數(shù)據(jù)庫中篩選出結(jié)直腸癌,肺癌,肝癌基因前10位堿基單取代的高頻突變位點(diǎn),運(yùn)用生物信息學(xué)計(jì)算機(jī)預(yù)測算法選擇與MHC親和力高的3組抗原表位肽并合成�；赥CGA數(shù)據(jù)庫,查找表達(dá)KRAS G12V,TP53 R158L,CTNNB1 K335I突變型及野生型癌癥患者的生存資料,并對其生存曲線進(jìn)行分析。探討KRAS G12V,TP53 R158L,CTNNB1 K335I突變熱點(diǎn)分布在各癌癥中的發(fā)生率及覆蓋率。二、通過流式初步檢測3組抗原表位肽與MHC分子的親和力,用各組突變肽與野生肽體外誘導(dǎo)出特異性細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞。通過IFN-r的分泌和鈣黃綠素的檢測方法,初步驗(yàn)證肽誘導(dǎo)特異性CTL對負(fù)載肽-T2細(xì)胞模型的殺傷功能。三、構(gòu)建表達(dá)3個(gè)點(diǎn)突變基因的重組真核表達(dá)質(zhì)粒并分別轉(zhuǎn)染入HCT116結(jié)腸癌細(xì)胞,NCI-H292肺癌細(xì)胞... 

【文章來源】：廣東藥科大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：79 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

TCGA美國癌癥基因組數(shù)據(jù)庫

廣東藥科大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文5圖1-1TCGA美國癌癥基因組數(shù)據(jù)庫圖1-2SYFPEITHI預(yù)測評價(jià)系統(tǒng)Fig.1-1TheCancerGenomeAtlasFig.1-2SYFPEITHIEpitopePrediction圖1-3IEDBMHC-I表位肽預(yù)測系統(tǒng)圖1-4PREDEPMHC-I表位肽預(yù)測系統(tǒng)Fig.1-3IEDBMHC-IEpitopePredictionFig.1-4PREDEPEpitopePrediction表1-5野生型與突變型抗原表位肽基因突變位點(diǎn)野生肽突變肽KRASG12VYKLVVVGAG,Peptide(krasWT)YKLVVVGAV,Peptide(krasmutant)TP53R158LVRAMAIYKQ,Peptide(TP53WT)VLAMAIYKQ,Peptide(TP53mutant)CTNNB1K335IIMRTYTYEK,Peptide(CTNNB1WT)IMRTYTYEI,Peptide(CTNNB1mutant)1.2.3KRASG12V,TP53R158L,CTNNB1R158L相關(guān)生存曲線的比較基于TCGA數(shù)據(jù)庫的基因突變熱點(diǎn)的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，查找表達(dá)KRASG12V,TP53R158L,CTNNB1K335I突變型及野生型癌癥患者的生存資料，提取總體生存曲線圖（TCGA數(shù)據(jù)庫匯集患者的生存數(shù)據(jù)，進(jìn)行Kaplan-Meier生存分析得出），并通過Log-Rank檢驗(yàn)法對患者的生存曲線進(jìn)行比較分析。

廣東藥科大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文5圖1-1TCGA美國癌癥基因組數(shù)據(jù)庫圖1-2SYFPEITHI預(yù)測評價(jià)系統(tǒng)Fig.1-1TheCancerGenomeAtlasFig.1-2SYFPEITHIEpitopePrediction圖1-3IEDBMHC-I表位肽預(yù)測系統(tǒng)圖1-4PREDEPMHC-I表位肽預(yù)測系統(tǒng)Fig.1-3IEDBMHC-IEpitopePredictionFig.1-4PREDEPEpitopePrediction表1-5野生型與突變型抗原表位肽基因突變位點(diǎn)野生肽突變肽KRASG12VYKLVVVGAG,Peptide(krasWT)YKLVVVGAV,Peptide(krasmutant)TP53R158LVRAMAIYKQ,Peptide(TP53WT)VLAMAIYKQ,Peptide(TP53mutant)CTNNB1K335IIMRTYTYEK,Peptide(CTNNB1WT)IMRTYTYEI,Peptide(CTNNB1mutant)1.2.3KRASG12V,TP53R158L,CTNNB1R158L相關(guān)生存曲線的比較基于TCGA數(shù)據(jù)庫的基因突變熱點(diǎn)的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，查找表達(dá)KRASG12V,TP53R158L,CTNNB1K335I突變型及野生型癌癥患者的生存資料，提取總體生存曲線圖（TCGA數(shù)據(jù)庫匯集患者的生存數(shù)據(jù)，進(jìn)行Kaplan-Meier生存分析得出），并通過Log-Rank檢驗(yàn)法對患者的生存曲線進(jìn)行比較分析。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[7]腫瘤新抗原疫苗的研究進(jìn)展[J]. 于金玉,孔燕,郭軍.  中國免疫學(xué)雜志. 2019(17)
[8]惡性腫瘤免疫生物治療的現(xiàn)狀及展望[J]. 王青青,熊佳.  浙江醫(yī)學(xué). 2019(17)
[9]癌癥基因組學(xué)與免疫治療:交叉的機(jī)會[J]. Chris Tachibana,趙紅蕾.  科學(xué)新聞. 2019(04)
[10]肺癌免疫治療中腫瘤突變負(fù)荷（TMB）臨床指導(dǎo)意義的研究進(jìn)展[J]. 王軍委,許昱,魏素菊.  中國免疫學(xué)雜志. 2019(14)

碩士論文
[1]GeXP多基因遺傳表達(dá)系統(tǒng)檢測人TCRVα和TCRVβ鏈CDR3譜型及長度的方法建立以及初步應(yīng)用[D]. 王騰.廣東藥學(xué)院 2013



本文編號：3146463