發(fā)布時(shí)間：2021-03-13 02:23

　　近年來(lái),國(guó)際上相繼啟動(dòng)了多個(gè)大型癌癥基因組項(xiàng)目,如癌癥細(xì)胞系百科全書(shū)（CCLE）,癌癥基因組項(xiàng)目（CGP）等,產(chǎn)生了大規(guī)模的藥物基因組學(xué)數(shù)據(jù),方便研究者采用計(jì)算的方法深度挖掘海量數(shù)據(jù)背后蘊(yùn)藏的重要信息。本文利用癌癥藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（GDSC）,基于經(jīng)典的偏最小二乘法和非負(fù)矩陣分解算法,從高維基因表達(dá)數(shù)據(jù)和抗癌藥物響應(yīng)數(shù)據(jù)中識(shí)別出具有統(tǒng)計(jì)意義和生物意義的基因—藥物共模塊。從基因調(diào)控的角度幫助人們理解抗癌藥物作用的分子機(jī)理,篩選潛在的藥物靶標(biāo)。偏最小二乘法因其簡(jiǎn)單易操作而備受研究者青睞。研究表明帶有基因網(wǎng)絡(luò)正則約束的稀疏偏最小二乘算法（SNPLS）可以有效地識(shí)別出基因—藥物共模塊,該算法只考慮了基因之間的相關(guān)性信息約束,未考慮藥物之間的相關(guān)性信息約束。在此算法基礎(chǔ)上,本文增加了藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)信息,即將藥物二維化學(xué)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化為數(shù)值序列,計(jì)算數(shù)值序列之間的Jaccard相關(guān)系數(shù),構(gòu)建藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò),進(jìn)而提出伴有基因和藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)正則約束的稀疏偏最小二乘算法（SGDPLS）,用其識(shí)別基因—藥物共模塊。結(jié)果顯示:相較于SNPLS,由于藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)信息的加入,SGDPLS算法所識(shí)別出的基因模塊與藥... 

【文章來(lái)源】：燕山大學(xué)河北省

【文章頁(yè)數(shù)】：58 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

23456(b)圖2-5第二個(gè)共模(a)相關(guān)性

SSJNMF算法流程圖3.2.1SSJNMF算法的建立


本文編號(hào)：3079407