近年來,國際上相繼啟動了多個大型癌癥基因組項目,如癌癥細(xì)胞系百科全書（CCLE）,癌癥基因組項目（CGP）等,產(chǎn)生了大規(guī)模的藥物基因組學(xué)數(shù)據(jù),方便研究者采用計算的方法深度挖掘海量數(shù)據(jù)背后蘊藏的重要信息。本文利用癌癥藥物敏感性基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫（GDSC）,基于經(jīng)典的偏最小二乘法和非負(fù)矩陣分解算法,從高維基因表達(dá)數(shù)據(jù)和抗癌藥物響應(yīng)數(shù)據(jù)中識別出具有統(tǒng)計意義和生物意義的基因—藥物共模塊。從基因調(diào)控的角度幫助人們理解抗癌藥物作用的分子機理,篩選潛在的藥物靶標(biāo)。偏最小二乘法因其簡單易操作而備受研究者青睞。研究表明帶有基因網(wǎng)絡(luò)正則約束的稀疏偏最小二乘算法（SNPLS）可以有效地識別出基因—藥物共模塊,該算法只考慮了基因之間的相關(guān)性信息約束,未考慮藥物之間的相關(guān)性信息約束。在此算法基礎(chǔ)上,本文增加了藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)信息,即將藥物二維化學(xué)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)化為數(shù)值序列,計算數(shù)值序列之間的Jaccard相關(guān)系數(shù),構(gòu)建藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò),進(jìn)而提出伴有基因和藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)正則約束的稀疏偏最小二乘算法（SGDPLS）,用其識別基因—藥物共模塊。結(jié)果顯示:相較于SNPLS,由于藥物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)信息的加入,SGDPLS算法所識別出的基因模塊與藥... 

【文章來源】：燕山大學(xué)河北省

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

23456(b)圖2-5第二個共模(a)相關(guān)性

SSJNMF算法流程圖3.2.1SSJNMF算法的建立


本文編號：3079407