阿那白滯素（Anakinra）是一類重要的白細(xì)胞介素-1β的抑制劑,對于治療多種疾病引起的并發(fā)癥具有重要作用。采用分子對接和分子動力學(xué)方法研究了Anakinra抑制白細(xì)胞介素-1β的分子作用機(jī)制。結(jié)果表明,Anakinra可由氫鍵作用結(jié)合于白細(xì)胞介素-1β的表面,它的結(jié)合使白細(xì)胞介素-1β的結(jié)構(gòu)趨于穩(wěn)定,從而抑制其生物活性。Anakinra的結(jié)合沒有明顯改變白細(xì)胞介素-1β的親水性和疏水性,白細(xì)胞介素-1β內(nèi)部氫鍵數(shù)目的改變是穩(wěn)定性發(fā)生改變的主要原因。 

【文章來源】：精細(xì)與專用化學(xué)品. 2020,28(09)

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

IL-1β與Anakinra對接后的最優(yōu)結(jié)構(gòu)

分別以IL-1β與Anakinra分子對接前后的結(jié)構(gòu)為初始結(jié)構(gòu)進(jìn)行了20ns的分子動力學(xué)模擬。為了確定模擬過程中結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性,對模擬過程中IL-1β和Anakinra分子結(jié)構(gòu)的均方根偏差(RMSD)進(jìn)行了計(jì)算。IL-1β與Anakinra對接前后的結(jié)構(gòu)在分子模擬過程中的均方根偏差結(jié)果見圖2。從圖2中可見,IL-1β的結(jié)構(gòu)在經(jīng)過3ns的運(yùn)動之后達(dá)到了穩(wěn)定,RMSD的波動范圍在0.15nm之內(nèi)。然而,在經(jīng)過15ns的運(yùn)動之后,RMSD值又出現(xiàn)了波動,表明IL-1β蛋白具有較大的柔性,這可能是其保持活性的主要原因。在IL-1β與Anakinra對接之后的結(jié)構(gòu)的模擬的過程中,Anakinra分子的RMSD值在0～3ns內(nèi)出現(xiàn)了明顯的波動,表明初始的對接結(jié)構(gòu)并不是最穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。然而,在經(jīng)過3ns的運(yùn)動之后,Anakinra分子的RMSD值較為穩(wěn)定,表明達(dá)到了穩(wěn)定結(jié)構(gòu),經(jīng)過20ns的運(yùn)動之后依然保持了良好的穩(wěn)定性。IL-1β經(jīng)過3ns的運(yùn)動之后也達(dá)到了穩(wěn)定,RMSD值的波動維持在0.1nm之內(nèi),并且在20ns的運(yùn)動范圍之內(nèi)依然保持了良好的穩(wěn)定性,這可能是由于Anakinra的對接使IL-1β的結(jié)構(gòu)更加穩(wěn)定,降低了蛋白的柔性,從而抑制了IL-1β蛋白的活性。2.3 分子模擬過程中的結(jié)構(gòu)分析

IL-1β與Anakinra對接前后


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