基于基因表達(dá)譜的苯扎貝特抗肺腺癌活性的研究
發(fā)布時(shí)間:2020-12-18 17:22
肺癌發(fā)病率約有三分之一為肺腺癌。肺腺癌的治療手段已經(jīng)取得較大的進(jìn)步,但患者預(yù)后仍然較差。肺腺癌發(fā)病初期無(wú)明顯臨床癥狀,發(fā)現(xiàn)時(shí)已經(jīng)發(fā)生轉(zhuǎn)移或者處于晚期階段,只能采取以化療為主的治療手段。但傳統(tǒng)的化療藥物通常存在毒性較大,副作用較強(qiáng)等缺陷,發(fā)現(xiàn)新的高效低毒的治療藥物,對(duì)延長(zhǎng)肺腺癌病人的生命及降低死亡率有著迫切的臨床需要和極其重要社會(huì)意義。本研究?jī)?nèi)容主要分為兩個(gè)部分:第一部分:肺腺癌關(guān)鍵基因及通路分析1.差異表達(dá)基因分析:從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)(GEO)下載三個(gè)肺腺癌基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)集,GSE27262、GSE75037和GSE83213。采用R語(yǔ)言程序以及l(fā)imma包分別對(duì)三個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行基因差異表達(dá)分析,RRA包去除不同平臺(tái)間批次差異,最終獲得共同差異表達(dá)基因172個(gè),其中上調(diào)基因56個(gè),下調(diào)基因116個(gè)(P<0.05,|log2Fold change|≥2)。2.肺腺癌關(guān)鍵基因的獲得及其表達(dá)與預(yù)后的關(guān)系:將篩選出的差異表達(dá)基因通過(guò)Cytoscape構(gòu)建其編碼的蛋白之間相互作用網(wǎng)絡(luò)模型,并采用Cytoscape插件Cytohubba篩選出有代表性的10個(gè)關(guān)鍵基因TK1,EGFR,TPX2...
【文章來(lái)源】:廣西科技大學(xué)廣西壯族自治區(qū)
【文章頁(yè)數(shù)】:77 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化,A表示GSE27262數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化,B表示GSE75037數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化,C表示GSE83213數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化
表達(dá)的火山圖,A. GSE27262, B.GSE75037, C.GSE83213。差異倍數(shù)大于rential expression of Volcano-plot. A GSE27262 data, B GSE75037 data, C GSEd a corrected P-value≤0.05.
異表達(dá)的火山圖,A. GSE27262, B.GSE75037, C.GSE83213。差異倍數(shù)大于 2 fferential expression of Volcano-plot. A GSE27262 data, B GSE75037 data, C GSE83 and a corrected P-value≤0.05.
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]肺腺癌相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析[J]. 高強(qiáng),鐘英英,丁華杰,葉云. 中國(guó)腫瘤生物治療雜志. 2019(02)
[2]UBE2C對(duì)肺癌PC9細(xì)胞增殖及遷移能力的影響[J]. 武艷,周寧,郭紀(jì)偉,楊麗娟,代娟娟,陳微微. 山東醫(yī)藥. 2018(45)
[3]非小細(xì)胞肺癌相關(guān)差異基因的生物信息學(xué)及預(yù)后分析[J]. 姚元波,蔡彥力,黃進(jìn)啟,鄭勇,向水. 醫(yī)學(xué)綜述. 2018(18)
[4]PPARγ在腎癌細(xì)胞凋亡中的調(diào)控作用[J]. 業(yè)磊,佟發(fā)春,李健,王龍,趙江銘,劉毅,王健. 昆明醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(05)
[5]表皮生長(zhǎng)因子受體在腫瘤發(fā)生、發(fā)展中的研究進(jìn)展[J]. 張錦錦,唐慧. 中國(guó)生物制品學(xué)雜志. 2018(04)
[6]腫瘤的細(xì)胞周期治療[J]. 張百紅,岳紅云. 中國(guó)腫瘤臨床. 2018(06)
[7]慢性阻塞性肺疾病對(duì)非小細(xì)胞肺癌術(shù)后復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的影響[J]. 強(qiáng)光亮,余其多,梁朝陽(yáng),宋之乙,石彬,郭永慶,劉德若. 中國(guó)肺癌雜志. 2018(03)
[8]精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)時(shí)代的晚期非小細(xì)胞肺癌內(nèi)科治療進(jìn)展[J]. 宋勇,高健偉. 醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2017(11)
[9]同時(shí)性多原發(fā)肺癌的預(yù)后及生存相關(guān)因素研究[J]. 郭海法,毛鋒,張輝,裘楊波,申屠陽(yáng). 中國(guó)肺癌雜志. 2017(01)
[10]腫瘤中TP53誘導(dǎo)的糖酵解和凋亡調(diào)節(jié)因子及其靶向治療研究進(jìn)展[J]. 張騰,袁梅,俞同福. 腫瘤. 2016(12)
博士論文
[1]基因表達(dá)譜芯片校正批次效應(yīng)算法的比較及網(wǎng)絡(luò)分析在精神分裂癥研究中的應(yīng)用[D]. 陳超.復(fù)旦大學(xué) 2011
[2]VEGF-C和Raf-1基因共沉默對(duì)人肺癌細(xì)胞株A549體外生長(zhǎng)影響的研究[D]. 周雪峰.華中科技大學(xué) 2009
[3]PPARα激動(dòng)劑(非諾貝特)在胰腺癌治療中的應(yīng)用及可能的作用機(jī)制[D]. 郭恩琪.浙江大學(xué) 2009
[4]PTEN抑制表皮生長(zhǎng)因子受體突變體Ⅲ引起的細(xì)胞侵襲及其分子機(jī)制研究[D]. 蔡秀梅.復(fù)旦大學(xué) 2005
碩士論文
[1]過(guò)氧化物酶體增殖因子激活受體α(ppar-α)激動(dòng)劑非諾貝特對(duì)人肺癌A549細(xì)胞上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化的影響及其機(jī)制的研究[D]. 王濤.桂林醫(yī)學(xué)院 2012
[2]基于聚類算法的基因芯片研究[D]. 周文瑾.長(zhǎng)春理工大學(xué) 2007
本文編號(hào):2924322
【文章來(lái)源】:廣西科技大學(xué)廣西壯族自治區(qū)
【文章頁(yè)數(shù)】:77 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化,A表示GSE27262數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化,B表示GSE75037數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化,C表示GSE83213數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化
表達(dá)的火山圖,A. GSE27262, B.GSE75037, C.GSE83213。差異倍數(shù)大于rential expression of Volcano-plot. A GSE27262 data, B GSE75037 data, C GSEd a corrected P-value≤0.05.
異表達(dá)的火山圖,A. GSE27262, B.GSE75037, C.GSE83213。差異倍數(shù)大于 2 fferential expression of Volcano-plot. A GSE27262 data, B GSE75037 data, C GSE83 and a corrected P-value≤0.05.
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]肺腺癌相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析[J]. 高強(qiáng),鐘英英,丁華杰,葉云. 中國(guó)腫瘤生物治療雜志. 2019(02)
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[4]PPARγ在腎癌細(xì)胞凋亡中的調(diào)控作用[J]. 業(yè)磊,佟發(fā)春,李健,王龍,趙江銘,劉毅,王健. 昆明醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(05)
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[7]慢性阻塞性肺疾病對(duì)非小細(xì)胞肺癌術(shù)后復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的影響[J]. 強(qiáng)光亮,余其多,梁朝陽(yáng),宋之乙,石彬,郭永慶,劉德若. 中國(guó)肺癌雜志. 2018(03)
[8]精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)時(shí)代的晚期非小細(xì)胞肺癌內(nèi)科治療進(jìn)展[J]. 宋勇,高健偉. 醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2017(11)
[9]同時(shí)性多原發(fā)肺癌的預(yù)后及生存相關(guān)因素研究[J]. 郭海法,毛鋒,張輝,裘楊波,申屠陽(yáng). 中國(guó)肺癌雜志. 2017(01)
[10]腫瘤中TP53誘導(dǎo)的糖酵解和凋亡調(diào)節(jié)因子及其靶向治療研究進(jìn)展[J]. 張騰,袁梅,俞同福. 腫瘤. 2016(12)
博士論文
[1]基因表達(dá)譜芯片校正批次效應(yīng)算法的比較及網(wǎng)絡(luò)分析在精神分裂癥研究中的應(yīng)用[D]. 陳超.復(fù)旦大學(xué) 2011
[2]VEGF-C和Raf-1基因共沉默對(duì)人肺癌細(xì)胞株A549體外生長(zhǎng)影響的研究[D]. 周雪峰.華中科技大學(xué) 2009
[3]PPARα激動(dòng)劑(非諾貝特)在胰腺癌治療中的應(yīng)用及可能的作用機(jī)制[D]. 郭恩琪.浙江大學(xué) 2009
[4]PTEN抑制表皮生長(zhǎng)因子受體突變體Ⅲ引起的細(xì)胞侵襲及其分子機(jī)制研究[D]. 蔡秀梅.復(fù)旦大學(xué) 2005
碩士論文
[1]過(guò)氧化物酶體增殖因子激活受體α(ppar-α)激動(dòng)劑非諾貝特對(duì)人肺癌A549細(xì)胞上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化的影響及其機(jī)制的研究[D]. 王濤.桂林醫(yī)學(xué)院 2012
[2]基于聚類算法的基因芯片研究[D]. 周文瑾.長(zhǎng)春理工大學(xué) 2007
本文編號(hào):2924322
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