兩株泥蜂共生鏈霉菌次級代謝產(chǎn)物及其生物活性研究
【學(xué)位單位】:山東大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:R915
【部分圖文】:
這些產(chǎn)物是基因簇所編碼的,這些基因簇一旦能夠在菌體細胞中表達,那么??該基因所表達的產(chǎn)物就可以通過搖瓶大批量的發(fā)酵生產(chǎn)萃取粗提物,并利用HPLC-MS??分析,完成對物質(zhì)的結(jié)構(gòu)進一步鑒定(圖1)[19]?_??predict8〇n?>??x?Prediction??人??圖1生物信息學(xué)輔助分析過程來自參考文獻19??在確定基因序列后,用生物信息學(xué)分析基因組序列進行功能挖掘,盡可能地預(yù)測酶的??結(jié)構(gòu)。生物信息學(xué)軟件主要包括?BLAST[31_32丨?GenomeThreader[33_34],?HMMER[3'?NOR??INE[36],SBSPKS[3'?antiSMASH[38],NRPSsp[39],NRPSpredictor2[40],PKS/NRPS?Analys??is[41],這些數(shù)據(jù)庫和分析軟件在基因組挖掘的過程中有著很重要的作用,比如對發(fā)現(xiàn)生??3??
息分析的前體)加入培養(yǎng)基中,從而能夠識別天然產(chǎn)物。通過同位素標記技術(shù)發(fā)現(xiàn)熒假單胞菌通過生物代謝產(chǎn)生具有生物活性的orfamides?A-C化合物,利用生物信息學(xué)件預(yù)測出orfamide?A的結(jié)構(gòu),然后在發(fā)酵液中添加用同位素標記好的亮氨酸,最終測發(fā)現(xiàn)目標產(chǎn)物,是從PF-5的培養(yǎng)中分離出來的,稱為orfamideA,它被證明在產(chǎn)細菌的活動中起作用,并顯示出抗菌活性[44]。如下圖2??
n.圖3異源表達的方法??基因敲除技術(shù)方法很直觀的分析預(yù)測基因功能,避免了生物信息學(xué)預(yù)測結(jié)果的不定性,利用基因敲除技術(shù)把生物體特定功能的本來就有的基因失活缺失,表達產(chǎn)物無產(chǎn)生,與野生型相比,利用色譜法分析無法檢測基因敲除突變體的目標產(chǎn)物,從而對
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