【摘要】：目的通過計算機虛擬篩選和體外活性測定,篩選自噬相關(guān)蛋白ATG4B的特異性小分子抑制劑。方法基于ATG4B蛋白的晶體結(jié)構(gòu)(PDB ID:2CY7)找出合適的對接口袋;用分子對接方法對SPECS數(shù)據(jù)庫20萬化合物進行虛擬篩選并確定候選化合物;用熒光共振能量轉(zhuǎn)移方法(FRET)檢測候選化合物對ATG4B的體外抑制活性并對其特異性進行驗證。結(jié)果確定受體蛋白2CY7的site 5為最適的對接口袋;分子對接后經(jīng)綜合分析選擇并購買30個代表性化合物做進一步活性測定�；钚詼y定結(jié)果顯示,AG-690/10400046能有效抑制ATG4B蛋白的活性,而對半胱氨酸蛋白酶家族的另一成員caspase-3無酶切抑制作用。結(jié)論建立了一種ATG4B蛋白抑制劑的虛擬篩選方法。篩選得到的化合物AG-690/10400046具有明顯的體外抑制活性,為后續(xù)ATG4B抑制劑的生理功能研究奠定基礎(chǔ)。
[Abstract]:Objective to screen specific small molecule inhibitors of autophagy-associated protein ATG4B by computer virtual screening and in vitro activity assay. Methods the suitable docking pocket was found based on the crystal structure (PDB ID:2CY7) of ATG4B protein, and the candidate compounds were identified by virtual screening of SPECS database two hundred thousand compounds by molecular docking method. Fluorescence resonance energy transfer (FRET) method was used to detect the inhibitory activity of candidate compounds on ATG4B in vitro and its specificity was verified. Results the site 5 of the receptor protein 2CY7 was determined to be the most suitable docking pocket, and 30 representative compounds were selected and purchased for further activity determination after molecular docking. The results of activity assay showed that AG-690/10400046 could effectively inhibit the activity of ATG4B protein, but did not inhibit caspase- 3, another member of cysteine protease family. Conclusion A virtual screening method for ATG4B protein inhibitors was established. The selected compound AG-690/10400046 has obvious inhibitory activity in vitro, which lays a foundation for further study on physiological function of ATG4B inhibitor.
【作者單位】： 中山大學(xué)藥學(xué)院新藥成藥性評估與評價國家地方聯(lián)合工程實驗室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金資助項目(No 31671437) 廣東省自然科學(xué)基金資助項目(No 2016A030313335)
【分類號】：R94

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 V．Leroux;B．Maigret;;基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選技術(shù)能更廣泛應(yīng)用于現(xiàn)代藥物發(fā)現(xiàn)?(英文)[J];計算機與應(yīng)用化學(xué);2007年01期

2 吳萍;孔德信;;HMG-CoA還原酶抑制劑的虛擬篩選模型的建立[J];計算機與應(yīng)用化學(xué);2009年11期

3 程永浩;郭彥伸;王楠;張國宏;韓海珠;郭宗儒;吳松;;基于結(jié)構(gòu)的組蛋白去乙�；敢种苿┨摂M篩選[J];計算機與應(yīng)用化學(xué);2007年03期

4 馬貫軍;周曉紅;;新型乙酰膽堿酯酶抑制劑的設(shè)計與虛擬篩選[J];廣州化工;2011年14期

5 洪雪梅;林毅;張光亞;;蛋白質(zhì)突變仿真&虛擬篩選系統(tǒng)的開發(fā)和應(yīng)用[J];計算機與應(yīng)用化學(xué);2012年03期

6 葉德舉;羅小民;沈建華;朱維良;沈旭;蔣華良;柳紅;;先導(dǎo)化合物的發(fā)現(xiàn)——整合計算機虛擬篩選、化學(xué)合成和生物測試方法[J];化學(xué)進展;2007年12期

7 王文鵑;相玉紅;宋佳;張卓勇;;基于他克林的乙酰膽堿酯酶抑制劑的3D-QSAR研究及虛擬篩選[J];化學(xué)研究與應(yīng)用;2014年02期

8 蔣玉仁;許慧;陳芳軍;馬貫軍;;乙酰膽堿酯酶抑制劑Corydaline的分子對接與開環(huán)衍生物的虛擬篩選[J];物理化學(xué)學(xué)報;2009年07期

9 王寶雷;陳沛全;劉幸海;李永紅;李正名;;KARI酶抑制劑的虛擬篩選、合成及生物活性研究[J];中國科技論文在線;2009年09期

10 許先進;蘇計國;劉斌;李春華;譚建軍;張小軼;陳慰祖;王存新;;持久性有機污染物4,4'-DDE和CB-153的反向虛擬篩選[J];物理化學(xué)學(xué)報;2013年10期

相關(guān)會議論文 前10條

1 田盛;侯廷軍;;多構(gòu)象并行虛擬篩選策略的構(gòu)建和評估[A];中國化學(xué)會第29屆學(xué)術(shù)年會摘要集——第19分會：化學(xué)信息學(xué)與化學(xué)計量學(xué)[C];2014年

2 侯廷軍;;虛擬篩選中幾種優(yōu)化策略的研究[A];中國化學(xué)會第29屆學(xué)術(shù)年會摘要集——第19分會：化學(xué)信息學(xué)與化學(xué)計量學(xué)[C];2014年

3 朱維良;;虛擬篩選策略的再探索[A];中國化學(xué)會第27屆學(xué)術(shù)年會第15分會場摘要集[C];2010年

4 王希誠;李洪林;;藥物分子虛擬篩選和靶向虛擬篩選方法[A];中國力學(xué)學(xué)會學(xué)術(shù)大會'2005論文摘要集（下）[C];2005年

5 劉艾林;;計算機輔助篩選技術(shù)[A];新觀點新學(xué)說學(xué)術(shù)沙龍文集23：新藥發(fā)現(xiàn)——尋找維護人類健康的武器[C];2008年

6 王立言;盧偉強;袁虎;張壽德;黃瑾;單磊;李洪林;;基于虛擬篩選的基質(zhì)金屬蛋白酶天然抑制劑的發(fā)現(xiàn)及優(yōu)化[A];2011年全國藥物化學(xué)學(xué)術(shù)會議——藥物的源頭創(chuàng)新論文摘要集[C];2011年

7 鄧乾民;孫清;陳娟;時國慶;;高通量虛擬篩選植物源蛋白酶體抑制劑[A];中國藥理學(xué)會第十次全國學(xué)術(shù)會議�？痆C];2009年

8 李劍;張鍵;陳靜;貴春山;柳紅;沈旭;蔣華良;陳凱先;;親環(huán)素A抑制劑的發(fā)現(xiàn):綜合運用基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選,基于碎片的化合物庫設(shè)計,化學(xué)合成和生物測試[A];“以嶺醫(yī)藥杯”第八屆全國青年藥學(xué)工作者最新科研成果交流會論文集[C];2006年

9 初燕燕;陳顯軍;楊弋;唐峗;;虛擬篩選方法用于尋找Ero1p的小分子抑制劑[A];第十一屆全國計算（機）化學(xué)學(xué)術(shù)會議論文摘要集[C];2011年

10 司原琦;劉振明;張亮仁;;基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選方法及其在全新CD38受體抑制劑發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用[A];第十屆全國計算(機)化學(xué)學(xué)術(shù)會議論文摘要集[C];2009年

相關(guān)重要報紙文章 前1條

1 劉春英;掌握理論技術(shù) 推進源頭創(chuàng)新[N];中國醫(yī)藥報;2009年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前3條

1 李洪林;藥物發(fā)現(xiàn)及靶向虛擬篩選的算法與程序設(shè)計[D];大連理工大學(xué);2005年

2 曹冉;基于受體結(jié)構(gòu)的虛擬篩選在先導(dǎo)化合物發(fā)現(xiàn)中的應(yīng)用[D];天津大學(xué);2013年

3 胡國平;虛擬篩選方法評價和靶向HIV-1整合酶與人類LEDGF/p75蛋白相互作用界面的抑制劑發(fā)現(xiàn)研究[D];華東理工大學(xué);2012年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 李曉光;(S)-4-(2-氨基-2-苯乙酰氨基)-N-羥基苯甲酰胺結(jié)構(gòu)修飾和初步抗腫瘤活性評價研究[D];山東大學(xué);2015年

2 王丹;鈀催化的室溫suzuki反應(yīng)及基于產(chǎn)物結(jié)構(gòu)的靶標(biāo)受體蛋白的虛擬篩選[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

3 匡鳴;肝纖維化新靶標(biāo)BRD4蛋白抑制機制研究與虛擬篩選[D];廣東藥科大學(xué);2016年

4 楊森;中藥方劑桃仁紅花煎的計算藥理學(xué)研究[D];鄭州大學(xué);2016年

5 盧玉林;新德里金屬-β-內(nèi)酰胺酶-1抑制劑的虛擬篩選[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

6 馬磊;嗅覺氣味分子的GPCR靶標(biāo)虛擬篩選及與金屬卟啉環(huán)結(jié)合作用的量子化學(xué)計算[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2015年

7 孫亮亮;特異性選擇環(huán)氧化酶-2小分子的虛擬篩選、合成及其毒理學(xué)和藥效學(xué)初步評價[D];安徽中醫(yī)藥大學(xué);2016年

8 黃夢楠;α-葡萄糖苷酶抑制劑的虛擬篩選和分子動力學(xué)模擬[D];大連理工大學(xué);2016年

9 王夢禹;基于機器學(xué)習(xí)的藥物蛋白虛擬篩選方法研究[D];哈爾濱理工大學(xué);2016年

10 趙健;組蛋白去乙酰化酶抑制劑的虛擬篩選和實驗驗證[D];東北師范大學(xué);2015年

，

本文編號：2449412