本文選題：雙特異性蛋白磷酸酶　切入點：Cdc磷酸酯酶　出處：《山東醫(yī)藥》2015年23期

【摘要】：目的觀察羥基苯甲腈類抑制劑與Cdc25B磷酸酯酶相互作用的結(jié)合位點殘基。方法利用分子動力學(xué)模擬的方法觀察羥基苯甲腈類抑制劑A8H、3M8與Cdc25B磷酸酯酶之間的氫鍵作用和相互作用能,確定羥基苯甲腈類抑制劑與Cdc25B磷酸酯酶相互作用的結(jié)合位點殘基。結(jié)果 A8H與Cdc25B結(jié)合位點殘基Y382、D397、K399、R485、R488、R492形成氫鍵的概率分別為0、2.00%、0.40%、0.60%、0、0,而3M8與Cdc25B結(jié)合位點殘基Y382、D397、K399、R485、R488、R492形成氫鍵的概率分別為11.38%、12.97%、0.80%、4.19%、94.41%、97.21%。D397、L398、C484、R485、R488、M505與A8H形成了較強相互作用(相互作用能數(shù)值分別為-2.40、-2.50、-2.30、-3.20、-4.00、-1.80 kcal/mol),Y382、D397、L398、C484、R485、R488、R492、M505與3M8形成了較強相互作用(相互作用能數(shù)值分別為-1.90、-5.30、-3.40、-1.00、-5.10、-19.40、-21.60、-1.50 kcal/mol)。結(jié)論羥基苯甲腈類抑制劑與Cdc25B磷酸酯酶的結(jié)合位點殘基為Y382、D397、L398、C484、R485、R488、R492、M505。
[Abstract]:Objective to observe the binding site residues of hydroxybenzonitrile inhibitors interacting with Cdc25B phosphatase. Methods the hydrogen bond and interaction energy between hydroxybenzonitrile inhibitors A8Hn3M8 and Cdc25B phosphatase were observed by molecular dynamics simulation. The binding site residues of hydroxybenzonitrile inhibitors interacting with Cdc25B phosphatase were determined. Results the probability of forming hydrogen bond between A8H and Cdc25B binding site Y382D397N K399N R485N R488N R492 was 0.400.600.The hydrogen bond between 3M8 and Cdc25B binding site Y382D397K399N R485R488R492 was obtained. The rates were 11.3812.970.800.197.21. D397L398C488R485R488M505 formed a stronger interaction with A8H (the interaction energy values were -2.40-2.30-2.30-3.20- 4.00-1.80 kcalmol / r = 3.382D397N / L 398R484R488R492M505) and 3M8 (the interaction energy values were -1.90um -5.30- -3.40-1.00-1.40-1.60-1.60-1.50kmol / mol = 1.80 kcalmol / r = 1.80 kcalmol / r = 1.382D397N / L 398C484R484R488R492M505 and 3M8 respectively. Conclusion the interaction energy is -1.90nil -5.30- 1.40-1.60-1.50kmol / mol = 1.50kmol / L = 1.80kcalmol / r = 1.80 kcalmol / r = 1.382D397N / L 398R484R488R492M505 / R488R492M505 / R488R492M505 / R488R492M505 / R488R492M505, respectively. The binding site residue is Y382D397L398C484C485C488R488C492M505.
【作者單位】： 天津醫(yī)科大學(xué)第二醫(yī)院;
【分類號】：R96

【共引文獻】

相關(guān)期刊論文 前7條

1 王薇;黃陽玉;朱曉燕;陳俠;許多;肖奕;謝琳;;靶向轉(zhuǎn)化生長因子-βⅡ型受體核酸適配子結(jié)合位點預(yù)測及相關(guān)驗證研究[J];重慶醫(yī)學(xué);2014年09期

2 吳云劍;崔穎璐;鄭清川;張紅星;;CYP2C9酶與Warfarin結(jié)合模型的立體選擇性理論研究[J];高等學(xué)�；瘜W(xué)學(xué)報;2014年12期

3 張成路;王雪;胡雪;孫麗杰;曲瑞峰;國陽;柴金華;朱長安;;V型對稱三唑并噻二唑衍生物的合成與生物活性[J];高等學(xué)�；瘜W(xué)學(xué)報;2015年03期

4 孟現(xiàn)美;王加磊;張少龍;張慶剛;;分子動力學(xué)研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶與抑制劑結(jié)合中的作用[J];化學(xué)學(xué)報;2013年08期

5 王濤;;計算生物學(xué)中的高性能計算(Ⅰ)—分子動力學(xué)[J];計算機工程與科學(xué);2014年12期

6 關(guān)雪;姚曉磊;宋瑞高;王充;紀(jì)艷青;李和森;趙麗蓉;石磊;;不同水平亞硒酸鈉對公雞睪丸組織中Cdc25A基因表達的影響[J];飼料廣角;2015年01期

7 關(guān)雪;姚曉磊;宋瑞高;王充;紀(jì)艷青;李和森;趙麗蓉;石磊;;不同水平亞硒酸鈉對公雞睪丸組織中Cdc25A基因表達的影響[J];飼料與畜牧;2015年01期

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 馮志煒;跨膜蛋白和納米材料的分子動力學(xué)研究[D];蘇州大學(xué);2013年

2 李文釗;蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和動力學(xué)的分子動力學(xué)模擬[D];吉林大學(xué);2013年

3 吳瑤;蛋白化學(xué)交聯(lián)的分子模擬方法及抗糖尿病靶標(biāo)PPARγ新作用機制的綜合研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

4 孫倩;碳基納米材料吸附溶解性有機物質(zhì)的分子動力學(xué)模擬研究[D];東北師范大學(xué);2013年

5 王白帆;原卟啉原IX氧化酶及其機制的計算化學(xué)研究[D];南開大學(xué);2013年

6 郭續(xù)更;幾類核酸堿基相關(guān)體系激發(fā)態(tài)動力學(xué)的理論研究[D];廈門大學(xué);2014年

7 褚雯婷;幾種疾病相關(guān)重要蛋白的結(jié)構(gòu)性質(zhì)及作用機理的分子動力學(xué)模擬研究[D];吉林大學(xué);2014年

8 薛嶠;分子動力學(xué)模擬在生物大分子體系中的應(yīng)用[D];吉林大學(xué);2014年

9 朱景宇;新型PI3K抑制劑的計算機虛擬篩選及其在多發(fā)性骨髓瘤治療中的應(yīng)用[D];蘇州大學(xué);2014年

10 薛偉偉;HIV-1整合體與藥物相互作用的分子模擬研究[D];蘭州大學(xué);2014年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 劉蒙蒙;結(jié)合虛擬篩選、分子動力學(xué)以及MM-PBSA方法對昆蟲β-N-乙酰己糖胺酶的新型潛在抑制劑的研究[D];西北大學(xué);2013年

2 鄭翔宇;通過聯(lián)合原子選取策略改進離子液體分子力場[D];北京化工大學(xué);2013年

3 張亞蘭;Abacavir引發(fā)的遺傳異質(zhì)性SADR分子機理初探[D];重慶大學(xué);2013年

4 潘顯超;多肽TAP親和活性預(yù)測與分子模擬研究[D];重慶大學(xué);2013年

5 趙家偉;DFT計算在熒光分子印記納米傳感器中應(yīng)用[D];南京醫(yī)科大學(xué);2013年

6 張經(jīng)京;含苯并咪唑環(huán)酰氨基硫脲、1，3，4-噻二唑/二酰肼衍生物的一鍋法合成及生物活性[D];遼寧師范大學(xué);2013年

7 邱文龍;含苯并咪唑環(huán)的酰氨基硫脲、1，3，4-噻二唑/VA二唑化合物的合成及生物活性[D];遼寧師范大學(xué);2013年

8 薛子成;樺木酸及其衍生物與Caspase-3分子對接及分子動力學(xué)研究[D];哈爾濱理工大學(xué);2014年

9 張立立;方酸衍生物雙光子吸收性質(zhì)的理論研究[D];山東師范大學(xué);2014年

10 王緒文;基于蛋白激酶CK2和PAK4結(jié)構(gòu)的小分子抑制劑的設(shè)計及篩選[D];蘇州大學(xué);2014年

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 章軍,余偉發(fā),周智明;2-對甲苯基苯甲腈的水解反應(yīng)研究[J];中國新藥雜志;2004年06期

，

本文編號：1654721