廣東地區(qū)鼻咽癌和健康人群中EB病毒EBERs基因多態(tài)性研究
發(fā)布時(shí)間：2022-01-26 02:42
背景和目的EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）編碼小RNA（EBV-encoded small RNAs,EBERs,包括EBER1和EBER2）是所有EBV潛伏類型中表達(dá)最為豐富的RNA,其致癌作用已在淋巴和上皮性腫瘤中得到證實(shí)。我們以往對(duì)山東地區(qū)EBV相關(guān)腫瘤和健康人群中EBERs基因多態(tài)性的研究中發(fā)現(xiàn)了新的EBERs變異型（EB-8m和EB-10m）,該變異型雖然不是主要亞型但在NPC中的檢出率高于EBV相關(guān)胃癌和健康人群。本研究旨在了解我國NPC高發(fā)區(qū)廣東地區(qū)NPC和健康人群中EBERs基因變異特征,并與山東地區(qū)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和已發(fā)表EBV基因組序列毒株中的EBERs序列進(jìn)行比較,探討EBERs基因變異與NPC的相關(guān)性,為最終明確EBV基因多態(tài)性與EBV相關(guān)腫瘤的關(guān)系提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。方法收集NPC高發(fā)區(qū)廣東地區(qū)NPC組織標(biāo)本和健康人群咽漱液（Throat washing,TW）標(biāo)本,提取DNA,采用PCR和DNA測序檢測EBERs基因序列,同時(shí)對(duì)山東地區(qū)新增EBV陽性NPC和健康人群標(biāo)本進(jìn)行EBERs基因序列檢測,應(yīng)用Lasergene軟件對(duì)EBERs序列進(jìn)行對(duì)比分...
【文章來源】：青島大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】：56 頁
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
廣東地區(qū)NPC組織（A）和健康人群TW標(biāo)本（B）中EBERs基因序列變異Figure1EBERssequencevariationsinNPCtissues(A)andTWsamplesofhealthydonors(B)fromGuangdongNumbersacrossthetopcorrespondtotheEBERsprototypenucleotidesequence.OnlynucleotidesdifferentfromB95-8areindicated.Differentvariantsarenotedtotheleftcolumn,whilethespecimensshowingidenticalsequencestoeachotherarelistedbyarepresentativeisolateinthesecondcolumn.Thefollow
9圖 2 山東地區(qū) NPC 組織（A）和健康人群 TW 標(biāo)本（B）中 EBERs 基因序列變異Figure 2 EBERs sequence variations in NPC tissues (A) and TW samples of healthy donors (B) fromShandongNumbers across the top correspond to the EBERs prototype nucleotide sequence. Onlynucleotides different from B95-8 are indicated. Different variants are noted to the left column, whilethe specimens showing identical sequences to each other are listed by a representative isolate in thesecond column. The followed numbers in the parentheses denote the amount of the identicalsequences.
圖 3 EBERs 各變異型特征性突變位點(diǎn)及不同變異型混合感染測序圖Figure 3 The signature mutations of EBERs variants and the sequence analysis for multipleinfection of different EBERs variantsA, The signature mutations of EBERs variants. Only nucleotides different from B95-8 areindicated. B, The sequence analysis for multiple infection of different EBERs variants. In dualinfection with EB-6m and EB-8m, double signals were found at nucleotides 6866, 6884, 6886, 6911,6944, 6999, 7001, 7012, 7016 and 7048, which simultaneously showed the signature mutations ofEB-6m and EB-8m. In dual infection with EB-6m and B95-8, double signals were found at nucleotides6808, 6884, 6886, 6911, 6944 and 7123, which simultaneously showed the signature mutations ofEB-6m and B95-8.1.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹分析對(duì)廣東地區(qū) 130 條序列和山東地區(qū) 187 條 EBERs 序列比對(duì)后，共出現(xiàn) 61 條不同序列，以 61 條序列和標(biāo)準(zhǔn)株 B95-8 序列繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹，與圖 1 和圖 2 對(duì)應(yīng)，每一種人群中相同序列以一個(gè)樣本作為代表，與該序列相同的標(biāo)本數(shù)列于標(biāo)本編號(hào)后括號(hào)內(nèi)。系統(tǒng)樹分為 2 大枝，每一枝又分別包含兩個(gè)亞組，四個(gè)亞組分別對(duì)應(yīng) EB-6m、B95-8、EB-10m和EB-8m四種變異型。EB-6m和B95-8型距離較近，EB-8m和EB-10m距離較近（圖 4）。EB-10m 在 161 bp 非轉(zhuǎn)錄區(qū)前的 4 個(gè)堿基突變與 EB-6m 相同，而非轉(zhuǎn)錄區(qū)后的 6 個(gè)堿基突變與 EB-8m 相同，似乎是 EB-6m 和 EB-8m 的重組株。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]EB病毒變異型EBER2對(duì)鼻咽癌細(xì)胞增殖和凋亡的影響[J]. 李斐斐,王其春,劉芡芡,鄧洪巖,王云. 微生物學(xué)雜志. 2017(01)
[2]A single nucleotide polymorphism in the Epstein-Barr virus genome is strongly associated with a high risk of nasopharyngeal carcinoma[J]. Fu-Tuo Feng,Qian Cui,Wen-Sheng Liu,Yun-Miao Guo,Qi-Sheng Feng,Li-Zhen Chen,Miao Xu,Bing Luo,Da-Jiang Li,Li-Fu Hu,Jaap M.Middeldorp,Octavia Ramayanti,Qian Tao,Su-Mei Cao,Wei-Hua Jia,Jin-Xin Bei,Yi-Xin Zeng. Chinese Journal of Cancer. 2015(12)
[3]EB病毒LMP1基因XhoⅠ位點(diǎn)缺失與高發(fā)區(qū)鼻咽癌相關(guān)性的Meta分析[J]. 王宏,劉芡芡,李斐斐,楊垚,譚沁,王云. 齊魯醫(yī)學(xué)雜志. 2015(04)
[4]鼻咽癌和健康人群中EB病毒BARF0基因序列分析[J]. 王偉娜,高翔翔,沈智超,羅兵,王云. 齊魯醫(yī)學(xué)雜志. 2015(04)
[5]Epstein-Barr virus and nasopharyngeal carcinoma[J]. Lawrence S.Young,Christopher W.Dawson. Chinese Journal of Cancer. 2014(12)
[6]EB病毒A73基因多態(tài)性及其與鼻咽癌易感性的關(guān)系[J]. 張琳琳,李大疆,李之珩,張曉實(shí),張如華,余杏娟,陳麗珍,馮啟勝,曾益新,賈衛(wèi)華. 癌癥. 2007(10)
[7]鼻咽癌中EB病毒BamHI“f”變異和潛伏膜蛋白1基因XhoI缺失型的分析[J]. 韓安家,宗永生,張敏,曹素梅,林素暇,梁英杰. 中華病理學(xué)雜志. 2003(06)
[8]兩種不同來源LMP1致瘤性的比較研究[J]. 藍(lán)軻,任彩萍,謝鷺,何志巍,甘潤良,姚開泰. 癌癥. 2001(10)
[9]EB病毒編碼小RNA多態(tài)性與鼻咽癌的關(guān)系[J]. 張曉實(shí),張林杰,張如華,麥海強(qiáng),陳劍經(jīng),曾益新. 實(shí)用腫瘤雜志. 2001(05)
[10]鼻咽癌組織中EBV-BARF0基因序列的測定[J]. 宋立兵,曾益新,馬英紅,劉慶倫,李滿枝,李端,汪慧民. 癌癥. 2001(05)
博士論文
[1]EB病毒相關(guān)腫瘤中病毒基因多態(tài)性研究[D]. 王云.青島大學(xué) 2010
碩士論文
[1]廣州地區(qū)鼻咽癌和健康人群中EB病毒BARF1和vIL-10基因多態(tài)性研究[D]. 王偉娜.青島大學(xué) 2015
本文編號(hào)：3609651
【文章來源】：青島大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】：56 頁
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
廣東地區(qū)NPC組織（A）和健康人群TW標(biāo)本（B）中EBERs基因序列變異Figure1EBERssequencevariationsinNPCtissues(A)andTWsamplesofhealthydonors(B)fromGuangdongNumbersacrossthetopcorrespondtotheEBERsprototypenucleotidesequence.OnlynucleotidesdifferentfromB95-8areindicated.Differentvariantsarenotedtotheleftcolumn,whilethespecimensshowingidenticalsequencestoeachotherarelistedbyarepresentativeisolateinthesecondcolumn.Thefollow
9圖 2 山東地區(qū) NPC 組織（A）和健康人群 TW 標(biāo)本（B）中 EBERs 基因序列變異Figure 2 EBERs sequence variations in NPC tissues (A) and TW samples of healthy donors (B) fromShandongNumbers across the top correspond to the EBERs prototype nucleotide sequence. Onlynucleotides different from B95-8 are indicated. Different variants are noted to the left column, whilethe specimens showing identical sequences to each other are listed by a representative isolate in thesecond column. The followed numbers in the parentheses denote the amount of the identicalsequences.
圖 3 EBERs 各變異型特征性突變位點(diǎn)及不同變異型混合感染測序圖Figure 3 The signature mutations of EBERs variants and the sequence analysis for multipleinfection of different EBERs variantsA, The signature mutations of EBERs variants. Only nucleotides different from B95-8 areindicated. B, The sequence analysis for multiple infection of different EBERs variants. In dualinfection with EB-6m and EB-8m, double signals were found at nucleotides 6866, 6884, 6886, 6911,6944, 6999, 7001, 7012, 7016 and 7048, which simultaneously showed the signature mutations ofEB-6m and EB-8m. In dual infection with EB-6m and B95-8, double signals were found at nucleotides6808, 6884, 6886, 6911, 6944 and 7123, which simultaneously showed the signature mutations ofEB-6m and B95-8.1.2 系統(tǒng)進(jìn)化樹分析對(duì)廣東地區(qū) 130 條序列和山東地區(qū) 187 條 EBERs 序列比對(duì)后，共出現(xiàn) 61 條不同序列，以 61 條序列和標(biāo)準(zhǔn)株 B95-8 序列繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹，與圖 1 和圖 2 對(duì)應(yīng)，每一種人群中相同序列以一個(gè)樣本作為代表，與該序列相同的標(biāo)本數(shù)列于標(biāo)本編號(hào)后括號(hào)內(nèi)。系統(tǒng)樹分為 2 大枝，每一枝又分別包含兩個(gè)亞組，四個(gè)亞組分別對(duì)應(yīng) EB-6m、B95-8、EB-10m和EB-8m四種變異型。EB-6m和B95-8型距離較近，EB-8m和EB-10m距離較近（圖 4）。EB-10m 在 161 bp 非轉(zhuǎn)錄區(qū)前的 4 個(gè)堿基突變與 EB-6m 相同，而非轉(zhuǎn)錄區(qū)后的 6 個(gè)堿基突變與 EB-8m 相同，似乎是 EB-6m 和 EB-8m 的重組株。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]EB病毒變異型EBER2對(duì)鼻咽癌細(xì)胞增殖和凋亡的影響[J]. 李斐斐,王其春,劉芡芡,鄧洪巖,王云. 微生物學(xué)雜志. 2017(01)
[2]A single nucleotide polymorphism in the Epstein-Barr virus genome is strongly associated with a high risk of nasopharyngeal carcinoma[J]. Fu-Tuo Feng,Qian Cui,Wen-Sheng Liu,Yun-Miao Guo,Qi-Sheng Feng,Li-Zhen Chen,Miao Xu,Bing Luo,Da-Jiang Li,Li-Fu Hu,Jaap M.Middeldorp,Octavia Ramayanti,Qian Tao,Su-Mei Cao,Wei-Hua Jia,Jin-Xin Bei,Yi-Xin Zeng. Chinese Journal of Cancer. 2015(12)
[3]EB病毒LMP1基因XhoⅠ位點(diǎn)缺失與高發(fā)區(qū)鼻咽癌相關(guān)性的Meta分析[J]. 王宏,劉芡芡,李斐斐,楊垚,譚沁,王云. 齊魯醫(yī)學(xué)雜志. 2015(04)
[4]鼻咽癌和健康人群中EB病毒BARF0基因序列分析[J]. 王偉娜,高翔翔,沈智超,羅兵,王云. 齊魯醫(yī)學(xué)雜志. 2015(04)
[5]Epstein-Barr virus and nasopharyngeal carcinoma[J]. Lawrence S.Young,Christopher W.Dawson. Chinese Journal of Cancer. 2014(12)
[6]EB病毒A73基因多態(tài)性及其與鼻咽癌易感性的關(guān)系[J]. 張琳琳,李大疆,李之珩,張曉實(shí),張如華,余杏娟,陳麗珍,馮啟勝,曾益新,賈衛(wèi)華. 癌癥. 2007(10)
[7]鼻咽癌中EB病毒BamHI“f”變異和潛伏膜蛋白1基因XhoI缺失型的分析[J]. 韓安家,宗永生,張敏,曹素梅,林素暇,梁英杰. 中華病理學(xué)雜志. 2003(06)
[8]兩種不同來源LMP1致瘤性的比較研究[J]. 藍(lán)軻,任彩萍,謝鷺,何志巍,甘潤良,姚開泰. 癌癥. 2001(10)
[9]EB病毒編碼小RNA多態(tài)性與鼻咽癌的關(guān)系[J]. 張曉實(shí),張林杰,張如華,麥海強(qiáng),陳劍經(jīng),曾益新. 實(shí)用腫瘤雜志. 2001(05)
[10]鼻咽癌組織中EBV-BARF0基因序列的測定[J]. 宋立兵,曾益新,馬英紅,劉慶倫,李滿枝,李端,汪慧民. 癌癥. 2001(05)
博士論文
[1]EB病毒相關(guān)腫瘤中病毒基因多態(tài)性研究[D]. 王云.青島大學(xué) 2010
碩士論文
[1]廣州地區(qū)鼻咽癌和健康人群中EB病毒BARF1和vIL-10基因多態(tài)性研究[D]. 王偉娜.青島大學(xué) 2015
本文編號(hào)：3609651
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