鼻咽癌易感性基因計(jì)量學(xué)分析及關(guān)鍵基因篩選
發(fā)布時(shí)間:2022-01-17 10:55
目的:總結(jié)分析鼻咽癌易感性基因的研究文獻(xiàn),并通過(guò)生物信息學(xué)方法篩選獲得關(guān)鍵基因,為鼻咽癌的診斷和治療提供參考。方法:以NCBI Pubmed、中國(guó)知網(wǎng)(CNKI)、Web of science數(shù)據(jù)庫(kù)為文獻(xiàn)來(lái)源,對(duì)近12年鼻咽癌易感性基因相關(guān)的文獻(xiàn)進(jìn)行計(jì)量學(xué)分析,并利用STRING和Cytoscape軟件對(duì)相關(guān)基因及其產(chǎn)物進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果:348篇文獻(xiàn)納入研究,發(fā)文量前3位的國(guó)家/地區(qū)依次為中國(guó)、突尼斯、中國(guó)臺(tái)灣,中國(guó)中山大學(xué)的曾益新以16篇的發(fā)文量居于首位。本研究共涉及483個(gè)基因,生物信息學(xué)分析提示TP53、JUN、PIK3CA、AKT1、VEGFA、IL6和TNF等多個(gè)基因在相互作用網(wǎng)絡(luò)中有關(guān)鍵作用,可能會(huì)成為未來(lái)的研究熱點(diǎn)。結(jié)論:通過(guò)對(duì)鼻咽癌易感性相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析及文獻(xiàn)計(jì)量學(xué)分析,可以了解目前該領(lǐng)域研究動(dòng)態(tài),為鼻咽癌的早期診斷和合理治療提供理論依據(jù),有助于尋找新的腫瘤標(biāo)志物。
【文章來(lái)源】:醫(yī)學(xué)理論與實(shí)踐. 2020,33(18)
【文章頁(yè)數(shù)】:5 頁(yè)
【部分圖文】:
2008—2019年鼻咽癌易感性相關(guān)基因相關(guān)文獻(xiàn)出版年分布
蛋白質(zhì)互作關(guān)系網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵基因具有穩(wěn)定基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的重要作用,其變化將引起大量下游基因的表達(dá)變化,對(duì)整個(gè)網(wǎng)絡(luò)而言它們的改變是至關(guān)重要的[5]。TP53是一種調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄的序列特異性DNA結(jié)合蛋白,它具有誘導(dǎo)細(xì)胞周期阻滯和凋亡的能力,能通過(guò)防止癌基因突變來(lái)預(yù)防癌癥[6]。有研究顯示,TP53基因突變可增加正常細(xì)胞癌變的概率和腫瘤的發(fā)病率,TP53基因SNP rs117562731位點(diǎn)多態(tài)性與鼻咽癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān),此位點(diǎn)的突變有可能是導(dǎo)致鼻咽癌發(fā)生和發(fā)展的一個(gè)重要因素[7]。TP53密碼子72 pro/Pro基因型與局部鼻咽癌患者的無(wú)進(jìn)展生存期(Progression-free-survival,PFS)和總生存時(shí)間(Overall survival,OS)相關(guān),這種多態(tài)性的基因分型有助于預(yù)測(cè)鼻咽癌患者的臨床預(yù)后[8]。同時(shí)有研究證明TP53密碼子72snp是局部晚期鼻咽癌放療預(yù)后的獨(dú)立預(yù)測(cè)因子,特別是煙齡在20年以上的患者群體中;谝陨涎芯,我們強(qiáng)烈主張應(yīng)禁止吸煙,以提高放射治療的療效,特別是對(duì)于攜帶與局部復(fù)發(fā)或遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移高危相關(guān)的SNPs的患者[9]。腫瘤血管的生成是腫瘤產(chǎn)生及發(fā)展的關(guān)鍵,血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF)常通過(guò)觸發(fā)血管反應(yīng)引起病理障礙,包括病理血管生成和組織水腫[10]。VEGF-2578 C等位基因攜帶者患鼻咽癌的風(fēng)險(xiǎn)顯著,就預(yù)后指標(biāo)而言,VEGF-2578 C等位基因攜帶者與腫瘤大小和晚期腫瘤分期所定義的鼻咽癌侵襲型之間存在顯著相關(guān)性[11]。有研究人員探討VEGF-2578C/A基因多態(tài)性與中國(guó)人鼻咽癌的關(guān)系,指出VEGF-2578A等位基因攜帶者患鼻咽癌風(fēng)險(xiǎn)顯著增加,而-2578CC基因型鼻咽癌患者具有更高的腫瘤侵襲性,與-2578A等位基因攜帶者相比,分化差且處于晚期[12]。在廣西人群中VEGF-460 C 等位基因是鼻咽癌發(fā)生的易感基因,可明顯增加鼻咽癌患者淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)[13]。同時(shí)有研究表明VEGF-1154G/A多態(tài)性位點(diǎn)與鼻咽癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)具有相關(guān)性[14]。AKT1是一種抗凋亡蛋白激酶,其底物之一是MDM2蛋白。AKT1是細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),在腫瘤的發(fā)生中起著重要作用。AKT1對(duì)MDM2的磷酸化促進(jìn)MDM2進(jìn)入細(xì)胞核,在細(xì)胞核中發(fā)揮下調(diào)p53活性的作用。有研究發(fā)現(xiàn)AKT1基因SNP4-5 AA中的一個(gè)雙SNP核心單倍型與NPC風(fēng)險(xiǎn)增加顯著相關(guān)[15], AKT1基因中的兩個(gè)位點(diǎn)(單獨(dú)或聯(lián)合rs3803300和rs2494738)與預(yù)后相關(guān)[16]。白細(xì)胞介素6(IL-6)在EBV感染患者鼻咽組織巨噬細(xì)胞中表達(dá),IL6-634基因的GG基因型與鼻咽癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)相關(guān),G等位基因是鼻咽癌復(fù)發(fā)的保護(hù)基因[17]。與正常鼻咽組織相比,鼻咽癌組織中c-Jun表達(dá)上調(diào),Egr-1表達(dá)下調(diào),c-Jun和Egr-1蛋白可以作為鼻咽癌早期診斷和預(yù)后預(yù)測(cè)的新的潛在生物標(biāo)志物[18];蛲蛔兛梢詤^(qū)分腫瘤的放射敏感性和放射抗性。癌基因突變可導(dǎo)致腫瘤的發(fā)生,并可為臨床抗癌治療提供潛在的治療靶點(diǎn)[19]。探討鼻咽癌放射敏感性與放射抵抗患者的腫瘤易感基因改變是否存在差異中,觀察到5個(gè)針對(duì)AKT1、PIK3CA、MET、TP53和STK11的放射敏感性特異性突變,提示PI3K/AKT和p53通路的遺傳改變參與了放射治療的反應(yīng)[20]。在病毒感染免疫反應(yīng)中,腫瘤壞死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)是一種由活化的巨噬細(xì)胞或單核細(xì)胞產(chǎn)生的促炎性反應(yīng)的細(xì)胞因子,TNFA AA基因型攜帶者與鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)[21]。圖3 鼻咽癌易感性相關(guān)基因相互作用的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖
圖2 鼻咽癌易感性相關(guān)基因表達(dá)產(chǎn)物構(gòu)建的蛋白質(zhì)互作關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖鼻咽癌是由多種因素引起,其中遺傳多態(tài)性不僅與鼻咽癌的患病風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān),而且還影響鼻咽癌的侵襲進(jìn)展和預(yù)后。了解遺傳變異對(duì)患者臨床結(jié)局的影響,可以更好地尋找鼻咽癌的生物標(biāo)志物進(jìn)行個(gè)體化治療,而臨床精確的治療和預(yù)后依賴于有效的生物標(biāo)記物,這些標(biāo)記物具有更強(qiáng)的篩選、診斷和監(jiān)測(cè)腫瘤的能力。近年來(lái)依賴生物信息學(xué)的知識(shí)及方法參與癌癥的治療(基因治療和分子靶向治療),已經(jīng)取得了顯著的成就和臨床效益[22]。本研究基于生物信息學(xué)的方法對(duì)鼻咽癌易感性基因進(jìn)行總結(jié)剖析,以確定關(guān)鍵基因作為潛在的生物標(biāo)記物,并了解鼻咽癌靶向治療的研究進(jìn)展。通過(guò)開展更加精細(xì)的研究與臨床相結(jié)合,對(duì)預(yù)防和早期診治鼻咽癌、明確鼻咽癌的發(fā)生機(jī)制具有重要的意義[23]。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]鼻咽癌常見分子靶向藥物的臨床研究進(jìn)展[J]. 劉琳,鄧舒妮. 世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2019(28)
[2]食管癌易感性相關(guān)基因文獻(xiàn)計(jì)量學(xué)及生物信息學(xué)分析[J]. 曾燕玉,侯珍珠,倫永志. 大連大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(03)
[3]鼻咽癌轉(zhuǎn)移相關(guān)分子標(biāo)志物的研究進(jìn)展[J]. 詹德超,余忠華. 中國(guó)現(xiàn)代醫(yī)生. 2015(13)
[4]肝癌易感性相關(guān)基因的文獻(xiàn)計(jì)量學(xué)與生物信息學(xué)分析[J]. 上官輝,譚淑燕,張積仁. 中華腫瘤防治雜志. 2015(04)
[5]p53基因多態(tài)性與鼻咽癌遺傳易感性的關(guān)系[J]. 樓建軍,朱小東,曲頌,潘聞燕,李小宇. 中國(guó)老年學(xué)雜志. 2012(18)
碩士論文
[1]廣西人群中VEGF基因啟動(dòng)子區(qū)-460T/C單核苷酸多態(tài)性與鼻咽癌易感性分析[D]. 程小偉.廣西醫(yī)科大學(xué) 2014
[2]VEGF-1154G/A基因多態(tài)性及環(huán)境因素與鼻咽癌遺傳易感性的病例對(duì)照研究[D]. 汪春林.廣西醫(yī)科大學(xué) 2013
本文編號(hào):3594604
【文章來(lái)源】:醫(yī)學(xué)理論與實(shí)踐. 2020,33(18)
【文章頁(yè)數(shù)】:5 頁(yè)
【部分圖文】:
2008—2019年鼻咽癌易感性相關(guān)基因相關(guān)文獻(xiàn)出版年分布
蛋白質(zhì)互作關(guān)系網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵基因具有穩(wěn)定基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的重要作用,其變化將引起大量下游基因的表達(dá)變化,對(duì)整個(gè)網(wǎng)絡(luò)而言它們的改變是至關(guān)重要的[5]。TP53是一種調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄的序列特異性DNA結(jié)合蛋白,它具有誘導(dǎo)細(xì)胞周期阻滯和凋亡的能力,能通過(guò)防止癌基因突變來(lái)預(yù)防癌癥[6]。有研究顯示,TP53基因突變可增加正常細(xì)胞癌變的概率和腫瘤的發(fā)病率,TP53基因SNP rs117562731位點(diǎn)多態(tài)性與鼻咽癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān),此位點(diǎn)的突變有可能是導(dǎo)致鼻咽癌發(fā)生和發(fā)展的一個(gè)重要因素[7]。TP53密碼子72 pro/Pro基因型與局部鼻咽癌患者的無(wú)進(jìn)展生存期(Progression-free-survival,PFS)和總生存時(shí)間(Overall survival,OS)相關(guān),這種多態(tài)性的基因分型有助于預(yù)測(cè)鼻咽癌患者的臨床預(yù)后[8]。同時(shí)有研究證明TP53密碼子72snp是局部晚期鼻咽癌放療預(yù)后的獨(dú)立預(yù)測(cè)因子,特別是煙齡在20年以上的患者群體中;谝陨涎芯,我們強(qiáng)烈主張應(yīng)禁止吸煙,以提高放射治療的療效,特別是對(duì)于攜帶與局部復(fù)發(fā)或遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移高危相關(guān)的SNPs的患者[9]。腫瘤血管的生成是腫瘤產(chǎn)生及發(fā)展的關(guān)鍵,血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(Vascular endothelial growth factor,VEGF)常通過(guò)觸發(fā)血管反應(yīng)引起病理障礙,包括病理血管生成和組織水腫[10]。VEGF-2578 C等位基因攜帶者患鼻咽癌的風(fēng)險(xiǎn)顯著,就預(yù)后指標(biāo)而言,VEGF-2578 C等位基因攜帶者與腫瘤大小和晚期腫瘤分期所定義的鼻咽癌侵襲型之間存在顯著相關(guān)性[11]。有研究人員探討VEGF-2578C/A基因多態(tài)性與中國(guó)人鼻咽癌的關(guān)系,指出VEGF-2578A等位基因攜帶者患鼻咽癌風(fēng)險(xiǎn)顯著增加,而-2578CC基因型鼻咽癌患者具有更高的腫瘤侵襲性,與-2578A等位基因攜帶者相比,分化差且處于晚期[12]。在廣西人群中VEGF-460 C 等位基因是鼻咽癌發(fā)生的易感基因,可明顯增加鼻咽癌患者淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)[13]。同時(shí)有研究表明VEGF-1154G/A多態(tài)性位點(diǎn)與鼻咽癌的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)具有相關(guān)性[14]。AKT1是一種抗凋亡蛋白激酶,其底物之一是MDM2蛋白。AKT1是細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn),在腫瘤的發(fā)生中起著重要作用。AKT1對(duì)MDM2的磷酸化促進(jìn)MDM2進(jìn)入細(xì)胞核,在細(xì)胞核中發(fā)揮下調(diào)p53活性的作用。有研究發(fā)現(xiàn)AKT1基因SNP4-5 AA中的一個(gè)雙SNP核心單倍型與NPC風(fēng)險(xiǎn)增加顯著相關(guān)[15], AKT1基因中的兩個(gè)位點(diǎn)(單獨(dú)或聯(lián)合rs3803300和rs2494738)與預(yù)后相關(guān)[16]。白細(xì)胞介素6(IL-6)在EBV感染患者鼻咽組織巨噬細(xì)胞中表達(dá),IL6-634基因的GG基因型與鼻咽癌復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)相關(guān),G等位基因是鼻咽癌復(fù)發(fā)的保護(hù)基因[17]。與正常鼻咽組織相比,鼻咽癌組織中c-Jun表達(dá)上調(diào),Egr-1表達(dá)下調(diào),c-Jun和Egr-1蛋白可以作為鼻咽癌早期診斷和預(yù)后預(yù)測(cè)的新的潛在生物標(biāo)志物[18];蛲蛔兛梢詤^(qū)分腫瘤的放射敏感性和放射抗性。癌基因突變可導(dǎo)致腫瘤的發(fā)生,并可為臨床抗癌治療提供潛在的治療靶點(diǎn)[19]。探討鼻咽癌放射敏感性與放射抵抗患者的腫瘤易感基因改變是否存在差異中,觀察到5個(gè)針對(duì)AKT1、PIK3CA、MET、TP53和STK11的放射敏感性特異性突變,提示PI3K/AKT和p53通路的遺傳改變參與了放射治療的反應(yīng)[20]。在病毒感染免疫反應(yīng)中,腫瘤壞死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)是一種由活化的巨噬細(xì)胞或單核細(xì)胞產(chǎn)生的促炎性反應(yīng)的細(xì)胞因子,TNFA AA基因型攜帶者與鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)[21]。圖3 鼻咽癌易感性相關(guān)基因相互作用的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖
圖2 鼻咽癌易感性相關(guān)基因表達(dá)產(chǎn)物構(gòu)建的蛋白質(zhì)互作關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖鼻咽癌是由多種因素引起,其中遺傳多態(tài)性不僅與鼻咽癌的患病風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān),而且還影響鼻咽癌的侵襲進(jìn)展和預(yù)后。了解遺傳變異對(duì)患者臨床結(jié)局的影響,可以更好地尋找鼻咽癌的生物標(biāo)志物進(jìn)行個(gè)體化治療,而臨床精確的治療和預(yù)后依賴于有效的生物標(biāo)記物,這些標(biāo)記物具有更強(qiáng)的篩選、診斷和監(jiān)測(cè)腫瘤的能力。近年來(lái)依賴生物信息學(xué)的知識(shí)及方法參與癌癥的治療(基因治療和分子靶向治療),已經(jīng)取得了顯著的成就和臨床效益[22]。本研究基于生物信息學(xué)的方法對(duì)鼻咽癌易感性基因進(jìn)行總結(jié)剖析,以確定關(guān)鍵基因作為潛在的生物標(biāo)記物,并了解鼻咽癌靶向治療的研究進(jìn)展。通過(guò)開展更加精細(xì)的研究與臨床相結(jié)合,對(duì)預(yù)防和早期診治鼻咽癌、明確鼻咽癌的發(fā)生機(jī)制具有重要的意義[23]。
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]鼻咽癌常見分子靶向藥物的臨床研究進(jìn)展[J]. 劉琳,鄧舒妮. 世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2019(28)
[2]食管癌易感性相關(guān)基因文獻(xiàn)計(jì)量學(xué)及生物信息學(xué)分析[J]. 曾燕玉,侯珍珠,倫永志. 大連大學(xué)學(xué)報(bào). 2018(03)
[3]鼻咽癌轉(zhuǎn)移相關(guān)分子標(biāo)志物的研究進(jìn)展[J]. 詹德超,余忠華. 中國(guó)現(xiàn)代醫(yī)生. 2015(13)
[4]肝癌易感性相關(guān)基因的文獻(xiàn)計(jì)量學(xué)與生物信息學(xué)分析[J]. 上官輝,譚淑燕,張積仁. 中華腫瘤防治雜志. 2015(04)
[5]p53基因多態(tài)性與鼻咽癌遺傳易感性的關(guān)系[J]. 樓建軍,朱小東,曲頌,潘聞燕,李小宇. 中國(guó)老年學(xué)雜志. 2012(18)
碩士論文
[1]廣西人群中VEGF基因啟動(dòng)子區(qū)-460T/C單核苷酸多態(tài)性與鼻咽癌易感性分析[D]. 程小偉.廣西醫(yī)科大學(xué) 2014
[2]VEGF-1154G/A基因多態(tài)性及環(huán)境因素與鼻咽癌遺傳易感性的病例對(duì)照研究[D]. 汪春林.廣西醫(yī)科大學(xué) 2013
本文編號(hào):3594604
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