第一部分基于生物信息學(xué)方法鑒定肥厚性心肌病的關(guān)鍵基因目的探索HCM潛在的分子機(jī)制和生物標(biāo)志物,并識(shí)別重要基因相關(guān)作用模塊。方法下載來自GEO的HCM的基因表達(dá)譜和來自MalaCards數(shù)據(jù)庫(kù)中與HCM有證據(jù)相關(guān)的基因數(shù)據(jù)。在通過在線工具GEO2R篩選差異表達(dá)基因（DEG）后,使用R中的clusterProfiler程序包進(jìn)行DEG的功能富集分析,并對(duì)所有基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行GSEA基因集富集分析。將DEG與Malacards數(shù)據(jù)庫(kù)下載基因組合得到HCM相關(guān)基因（HCMRG）。然后,使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)和Cytoscape中的CytoHubba與MCODE程序包構(gòu)建HCMRG的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)并識(shí)別中樞基因和相關(guān)模塊。結(jié)果GSE36961數(shù)據(jù)集分析得到154個(gè)DEGs,與MalaCards數(shù)據(jù)庫(kù)的72個(gè)基因合并后得到225個(gè)HCMRGs,綜合分析構(gòu)建了由214個(gè)節(jié)點(diǎn)組成的PPI網(wǎng)絡(luò),構(gòu)建了1151個(gè)邊緣,使用3種算法重疊鑒定了前16個(gè)中樞基因與3個(gè)相關(guān)模塊。我們發(fā)現(xiàn)TPM3、MYH6、PIM1、DUSP1、JAK2、STAT3、MYC、FOS、THBS1、SERPIN... 

【文章來源】：廣西醫(yī)科大學(xué)廣西壯族自治區(qū)

【文章頁(yè)數(shù)】：95 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

GSE36961中差異表達(dá)基因熱圖

圖 1-2.差異表達(dá)基因火山圖。備注：黑色：非差異表達(dá)的基因; 紅色：差異表達(dá)的基因;logFC：log2倍變化。Figure1-2. Volcano plot for differentially expressed genes.otes: Black: non-differentially expressed genes; Red: differentially expressed genes;logFC: log2fchange.2 GO 功能和通路富集分析采用 GO 分析，將所有 HCM 相關(guān)差異基因歸類到生物學(xué)過程（B胞組件（CC），分子功能（MF）3 種生物學(xué)關(guān)系中。富集分析結(jié)果表M 相關(guān)基因主要參與調(diào)節(jié)骨髓細(xì)胞分化、調(diào)節(jié)骨髓白細(xì)胞分化、血顆粒、細(xì)胞外結(jié)構(gòu)組織、免疫系統(tǒng)過程的負(fù)調(diào)節(jié)、細(xì)胞過渡金屬離、髓樣細(xì)胞分化的負(fù)調(diào)節(jié)、骨髓細(xì)胞分化等生物過程，此外與以往 H究相關(guān)的肌動(dòng)蛋白絲組織、細(xì)胞鈣離子穩(wěn)態(tài)也在顯著富集 BP 行列；H

miRNA-mRNA 差異表達(dá)與肥厚性心肌病關(guān)系的研究 2019 屆碩士學(xué)位論文組分；最后，HCM 相關(guān)基因主要參與熱休克蛋白結(jié)合、RAGE 受體結(jié)合、長(zhǎng)鏈脂肪酸結(jié)合、膠原結(jié)合、絲氨酸型內(nèi)肽酶活性、脂肪酸衍生物結(jié)合、脂蛋白顆粒結(jié)合、蛋白質(zhì)-脂質(zhì)復(fù)合物結(jié)合等分子功能。通過 KEGG 通路分析，得到 21 條具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的信號(hào)通路(p<0.05，F(xiàn)DR<0.05)。排名前 10 位的是補(bǔ)體和凝血級(jí)聯(lián)、吞噬體、瘧疾、百日咳、致病性大腸桿菌感染、金黃色葡萄球菌感染、礦物質(zhì)吸收、癌癥中的蛋白多糖、IL-17 信號(hào)通路、細(xì)胞凋亡等（圖 1-3）。

【參考文獻(xiàn)】：
博士論文
[1]microRNA-30c通過調(diào)節(jié)自噬參與調(diào)控糖尿病心肌病機(jī)制的研究[D]. 楊盛蘭.華中科技大學(xué) 2013

碩士論文
[1]β-細(xì)辛醚調(diào)控mir-31-5p靶向NFATC2ip抗高負(fù)荷型心肌肥厚[D]. 趙臘梅.安徽醫(yī)科大學(xué) 2017



本文編號(hào)：3286513