第一部分基于生物信息學方法鑒定肥厚性心肌病的關鍵基因目的探索HCM潛在的分子機制和生物標志物,并識別重要基因相關作用模塊。方法下載來自GEO的HCM的基因表達譜和來自MalaCards數(shù)據(jù)庫中與HCM有證據(jù)相關的基因數(shù)據(jù)。在通過在線工具GEO2R篩選差異表達基因（DEG）后,使用R中的clusterProfiler程序包進行DEG的功能富集分析,并對所有基因表達譜數(shù)據(jù)進行GSEA基因集富集分析。將DEG與Malacards數(shù)據(jù)庫下載基因組合得到HCM相關基因（HCMRG）。然后,使用STRING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape中的CytoHubba與MCODE程序包構(gòu)建HCMRG的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡并識別中樞基因和相關模塊。結(jié)果GSE36961數(shù)據(jù)集分析得到154個DEGs,與MalaCards數(shù)據(jù)庫的72個基因合并后得到225個HCMRGs,綜合分析構(gòu)建了由214個節(jié)點組成的PPI網(wǎng)絡,構(gòu)建了1151個邊緣,使用3種算法重疊鑒定了前16個中樞基因與3個相關模塊。我們發(fā)現(xiàn)TPM3、MYH6、PIM1、DUSP1、JAK2、STAT3、MYC、FOS、THBS1、SERPIN... 

【文章來源】：廣西醫(yī)科大學廣西壯族自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：95 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

GSE36961中差異表達基因熱圖

圖 1-2.差異表達基因火山圖。備注：黑色：非差異表達的基因; 紅色：差異表達的基因;logFC：log2倍變化。Figure1-2. Volcano plot for differentially expressed genes.otes: Black: non-differentially expressed genes; Red: differentially expressed genes;logFC: log2fchange.2 GO 功能和通路富集分析采用 GO 分析，將所有 HCM 相關差異基因歸類到生物學過程（B胞組件（CC），分子功能（MF）3 種生物學關系中。富集分析結(jié)果表M 相關基因主要參與調(diào)節(jié)骨髓細胞分化、調(diào)節(jié)骨髓白細胞分化、血顆粒、細胞外結(jié)構(gòu)組織、免疫系統(tǒng)過程的負調(diào)節(jié)、細胞過渡金屬離、髓樣細胞分化的負調(diào)節(jié)、骨髓細胞分化等生物過程，此外與以往 H究相關的肌動蛋白絲組織、細胞鈣離子穩(wěn)態(tài)也在顯著富集 BP 行列；H

miRNA-mRNA 差異表達與肥厚性心肌病關系的研究 2019 屆碩士學位論文組分；最后，HCM 相關基因主要參與熱休克蛋白結(jié)合、RAGE 受體結(jié)合、長鏈脂肪酸結(jié)合、膠原結(jié)合、絲氨酸型內(nèi)肽酶活性、脂肪酸衍生物結(jié)合、脂蛋白顆粒結(jié)合、蛋白質(zhì)-脂質(zhì)復合物結(jié)合等分子功能。通過 KEGG 通路分析，得到 21 條具有統(tǒng)計學意義的信號通路(p<0.05，F(xiàn)DR<0.05)。排名前 10 位的是補體和凝血級聯(lián)、吞噬體、瘧疾、百日咳、致病性大腸桿菌感染、金黃色葡萄球菌感染、礦物質(zhì)吸收、癌癥中的蛋白多糖、IL-17 信號通路、細胞凋亡等（圖 1-3）。

【參考文獻】：
博士論文
[1]microRNA-30c通過調(diào)節(jié)自噬參與調(diào)控糖尿病心肌病機制的研究[D]. 楊盛蘭.華中科技大學 2013

碩士論文
[1]β-細辛醚調(diào)控mir-31-5p靶向NFATC2ip抗高負荷型心肌肥厚[D]. 趙臘梅.安徽醫(yī)科大學 2017



本文編號：3286513