目的探究潰瘍性結(jié)腸炎(ulcerative colitis,UC)發(fā)生發(fā)展的致病高風(fēng)險驅(qū)動基因,以及UC異常改變的信號通路。方法從GEO(gene expression omnibus)數(shù)據(jù)庫下載基因表達譜數(shù)據(jù)GSE16879,通過R中WGCNA軟件包進行加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),篩選出UC高風(fēng)險因子共表達模塊基因;采用limmar軟件包篩選UC以及正常結(jié)腸樣本的差異表達基因(Differentially expressed genes,DEGs),使用ggplot2軟件包繪制差異表達基因的火山圖。采用VENN網(wǎng)站在線繪制差異表達基因和共表達模塊基因的維恩圖,以確定疾病高風(fēng)險DEGs。使用DAVID(database for annotation,visualization and intergrated discovery)數(shù)據(jù)庫進行GO(Gene Ontology)分析以及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析,解析UC高風(fēng)險...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 共表達網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與模塊識別
        1.2.2 模塊基因與UC關(guān)聯(lián)分析
        1.2.3 UC高風(fēng)險驅(qū)動基因的篩選
        1.2.4 基因功能的注釋
    1.3 統(tǒng)計學(xué)處理
2 結(jié)果
    2.1 計算軟閾值、構(gòu)建共表達矩陣以及模塊的劃分
    2.2 UC高風(fēng)險致病基因模塊的篩選以及DEGs的篩選
    2.3 UC高風(fēng)險驅(qū)動基因的篩選
    2.4 UC高風(fēng)險DEGs生物學(xué)功能注釋
3 討論



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