背景幽門螺桿菌在世界范圍內(nèi)感染率高,參與胃潰瘍、胃惡性腫瘤等多種疾病的發(fā)生發(fā)展,亟需對(duì)其感染及致癌機(jī)制進(jìn)行研究。目的通過基因集富集分析（GSEA）、加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（WGCNA）預(yù)測(cè)幽門螺桿菌感染的可能分子機(jī)制及樞紐基因。方法從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)（GEO數(shù)據(jù)庫(kù)）下載GSE27411數(shù)據(jù)集,通過GSEA分析與幽門螺桿菌感染相關(guān)的通路。利用WGCNA分析與幽門螺桿菌感染相關(guān)模塊及樞紐基因,并對(duì)模塊內(nèi)的基因進(jìn)行GO和KEGG富集分析。使用GEPIA對(duì)樞紐基因表達(dá)水平與胃癌的生存預(yù)后進(jìn)行探索。結(jié)果通過GSEA分析挑選出10條hallmark通路和13條KEGG通路。通過構(gòu)建WGCNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),確定brown模塊與幽門螺桿菌感染密切相關(guān),該模塊內(nèi)的基因富集得到16個(gè)生物學(xué)過程及19條KEGG相關(guān)通路。GSEA和WGCNA交集得到4條KEGG通路。對(duì)模塊基因篩選得到TNF、KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B共8個(gè)樞紐基因。利用GEPIA探索發(fā)現(xiàn),KIF2C、RRM2、CHEK1、PLK1、RAD51、CENPA、ASF1B在胃癌組織中高表達(dá),其中... 

【文章來源】：現(xiàn)代消化及介入診療. 2020,25(03)

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【部分圖文】：

GSEA富集Hallmark基因集

GSEA富集KEGG pathway基因集

為了解整個(gè)樞紐模塊的可能功能，對(duì)brown模塊內(nèi)的基因進(jìn)行了GO注釋和通路富集分析。結(jié)果提示模塊基因主要富集在細(xì)胞因子介導(dǎo)的信號(hào)通路、防御反應(yīng)、炎癥反應(yīng)、DNA復(fù)制等多種生物學(xué)過程(圖4A)和細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體、IL17、Toll樣受體、NF-κB通路、細(xì)胞周期等通路(圖4B)，其中KEGG通路富集結(jié)果與GSEA通路結(jié)果進(jìn)行交集發(fā)現(xiàn)存在4條重復(fù)通路:細(xì)胞因子與細(xì)胞因子受體的相互作用，細(xì)胞周期，系統(tǒng)性紅斑狼瘡和利什曼病(圖4C)。圖4 GO和KEGG富集結(jié)果A.GO富集結(jié)果泡泡圖;B.KEGG Pathway富集結(jié)果泡泡圖;C.GSEA和Metascape中KEGG通路富集交集韋恩圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]我國(guó)幽門螺桿菌感染防治中面臨的問題與對(duì)策[J]. 胡奕,呂農(nóng)華.  現(xiàn)代消化及介入診療. 2019(03)
[2]我國(guó)幽門螺桿菌感染的現(xiàn)狀分析[J]. 王雪,李異玲,呂曉輝.  胃腸病學(xué)和肝病學(xué)雜志. 2017(06)
[3]我國(guó)幽門螺旋桿菌抗生素耐藥現(xiàn)狀[J]. 歐碧云,劉代華.  中國(guó)醫(yī)藥指南. 2013(07)



本文編號(hào)：3016465