多位點(diǎn)基因多態(tài)性分析與乙肝肝硬化風(fēng)險(xiǎn)的分子預(yù)測(cè)
發(fā)布時(shí)間:2020-04-10 08:10
【摘要】: 背景與目的:乙肝肝硬化一般不可逆轉(zhuǎn),應(yīng)重在預(yù)防。慢性乙肝病毒(HBV)感染者只有少數(shù)發(fā)展為肝硬化,多數(shù)可長(zhǎng)期處于無(wú)癥狀HBsAg攜帶狀態(tài),因此從中篩選出肝硬化高危個(gè)體并實(shí)施個(gè)體化預(yù)防措施,才是經(jīng)濟(jì)而有效的乙肝肝硬化預(yù)防策略。基于臨床危險(xiǎn)因素難以定量預(yù)測(cè)慢性HBV感染者肝硬化發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)。單核苷酸多態(tài)性(SNP)占人類可遺傳變異的90%以上,是目前詮釋疾病遺傳易感性最好的遺傳標(biāo)記,可用于疾病風(fēng)險(xiǎn)的定量預(yù)測(cè)。遺傳背景差異可能是慢性HBV感染者肝硬化發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)高低的重要原因。乙肝肝硬化屬多基因病,必須篩選出一組相關(guān)SNP才能有效地判斷個(gè)體的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。本研究的目的就是對(duì)乙肝肝硬化發(fā)生過(guò)程中各個(gè)環(huán)節(jié)相關(guān)的多個(gè)基因多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行分析,探討它們與肝硬化易感性的關(guān)系,同時(shí)建立數(shù)學(xué)模型對(duì)慢性HBV感染者的肝硬化發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行個(gè)體化的分子定量預(yù)測(cè)。目前尚未見(jiàn)乙肝肝硬化易感性相關(guān)的多位點(diǎn)基因多態(tài)性的系統(tǒng)分析及相應(yīng)的分子預(yù)測(cè)模型研究報(bào)道。 方法:本研究采用成組病例對(duì)照研究設(shè)計(jì)方案,病例組為乙肝肝硬化患者,對(duì)照組為無(wú)癥狀HBsAg攜帶者。選擇11個(gè)基因的17個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)(IL-1A-889C/T、IL-1B+3953C/T和-511C/T、IL-10-592A/C、IFN-γ+874T/A和+2109A/G、TNF-α-308G/A和-238G/A、CD14-159C/T、CTLA-4-318C/T、MEH Tyr113His和-613C/T、GSTM1null/normal、MMP-9-1562C/T、ER1+29T/C、AGT-20A/C和-6A/G)進(jìn)行分析。采取酚-氯仿法抽提患者血凝塊基因組DNA。采用PCR-RFLP或PCR-SSP技術(shù)對(duì)各基因位點(diǎn)進(jìn)行基因型分析。計(jì)算不同組別的基因型和等位基因頻率。單因素和多因素非條件Logistic回歸分析觀察各基因型和等位基因與乙肝肝硬化發(fā)生的相關(guān)性及其強(qiáng)度(OR值)。采用多因素Logistic逐步回歸分析篩選獨(dú)立的相關(guān)基因型或等位基因,建立乙肝肝硬化發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)的分子預(yù)測(cè)模型,并對(duì)模型的預(yù)測(cè)效率進(jìn)行評(píng)價(jià)。 結(jié)果:共有323例患者入選本研究,男226例,女97例,平均年齡51歲。乙肝肝硬化組168例,HBsAg攜帶組155例。兩組間各年齡段例數(shù)構(gòu)成比以及按性別分層統(tǒng)計(jì)的兩組間各年齡段例數(shù)構(gòu)成比的差異均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.143~0.241);蚨鄳B(tài)性與乙肝肝硬化易感性的研究結(jié)果如下: (1)基于總樣本的單因素分析顯示,IFN-γ+874T/A多態(tài)位點(diǎn)與乙肝肝硬化易感性相關(guān),其中TT是保護(hù)基因型(OR=0.55,P=0.039),TA是易感基因型(OR=1.93,P=0.025),A是易感等位基因(OR=1.82,P=0.036);IL-10-592A/C多態(tài)位點(diǎn)與乙肝肝硬化易感性弱相關(guān)(P=0.057~0.077),其他多態(tài)位點(diǎn)無(wú)關(guān)(P0.1)。多因素分析顯示ER1+29TC為易感基因型(OR=2.00,P=0.024),ER1+29T等位基因、AGT-20AA基因型和C等位基因與乙肝肝硬化弱相關(guān)(P=0.059~0.072)。 (2)基于男性樣本的單因素分析顯示,IL-10-592A/C位點(diǎn)與男性乙肝肝硬化相關(guān),其中AC是易感基因型(OR=1.86, P=0.042),AA基因型和C等位基因與肝硬化弱相關(guān)(P=0.076);IFN-γ+874T/A位點(diǎn)TA基因型也與男性乙肝肝硬化弱相關(guān)(P=0.074);其他多態(tài)位點(diǎn)無(wú)關(guān)(P0.1)。多因素分析顯示IL-10-592A/C位點(diǎn)的AC基因型(OR=3.79,P=0.002)或A等位基因(OR=3.70,P=0.049)、C等位基因(OR=3.70,P=0.049)均為危險(xiǎn)因素。 (3)基于女性樣本的單因素分析顯示,ER1+29T/C多態(tài)位點(diǎn)與女性乙肝肝硬化易感性相關(guān),其中TC為易感基因型(OR=3.28,P=0.006),T為易感等位基因(OR=3.10,P=0.013),CC為保護(hù)基因型(OR=0.32,P=0.013);IL-1B+3953C/T位點(diǎn)和MEH-613C/T位點(diǎn)與女性乙肝肝硬化易感性弱相關(guān)(P=0.076-0.089),其他多態(tài)位點(diǎn)無(wú)關(guān)(P0.1)。多因素分析顯示危險(xiǎn)基因型和等位基因有ER1+29 TC基因型(OR=5.33,P=0.019)或T等位基因(OR=7.63,P=0.017)、CTLA-4-318CT基因型(OR=8.84,P=0.017)或T等位基因(OR=6.33,P=0.031)、IFN-γ+2109 AA基因型(OR=4.38,P=0.032),保護(hù)性基因型或等位基因有IL-1B+3593 CT基因型(OR=0.076,P=0.036)或T等位基因(OR=0061,P=0.026)、IFN-γ+2109 G等位基因(OR=0.174,P=0.012)。 (4)基于男女混合樣本、男性樣本和女性樣本的基因多態(tài)性檢測(cè)數(shù)據(jù),能分別建立起3個(gè)相應(yīng)的乙肝肝硬化風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型。3個(gè)模型對(duì)各自的建模病人的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率分別為70.1%、69.3%和79.4%,對(duì)各自對(duì)應(yīng)的全部病人的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率分別為67.1%、67.5%和77.9%。以各模型對(duì)所對(duì)應(yīng)的全部病人的預(yù)測(cè)概率值繪制ROC曲線,曲線下面積分別為0.692、0.670和0.813。 結(jié)論:根據(jù)上述研究結(jié)果得出結(jié)論如下: (1)所檢測(cè)的多個(gè)基因多態(tài)性位點(diǎn)中,只有少數(shù)與慢性HBV感染者肝硬化易感性有關(guān),多數(shù)關(guān)聯(lián)不強(qiáng)或不相關(guān); (2)與乙肝肝硬化相關(guān)的基因多態(tài)性主要集中在免疫相關(guān)基因和雌激素受體α基因,尤其是細(xì)胞因子基因; (3)男性與女性患者乙肝肝硬化易感性相關(guān)基因多態(tài)性位點(diǎn)有所不同,男性主要涉及細(xì)胞因子基因,女性患者除細(xì)胞因子基因外,還涉及雌激素受體α和細(xì)胞免疫相關(guān)基因; (4)女性患者的乙肝肝硬化與遺傳變異的相關(guān)性強(qiáng)于男性患者,更多的基因多態(tài)性位點(diǎn)與女性患者相關(guān),提示男性乙肝肝硬化的預(yù)防應(yīng)該更重視環(huán)境因素控制,而女性乙肝肝硬化的預(yù)防應(yīng)該更重視遺傳因素的影響。 (5)基于不同的基因多態(tài)性數(shù)據(jù)(混合樣本、男性樣本和女性樣本),均能建立起有意義的乙肝肝硬化風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)模型,女性患者的預(yù)測(cè)模型的預(yù)測(cè)效率良好,優(yōu)于男性和不分性別的預(yù)測(cè)模型。
【圖文】:
結(jié)果.1 IL-1A -889C/T 位點(diǎn)1.1 IL-1A -889C/T 位點(diǎn)各基因型及等位基因頻率采用 PCR-RFLP 方法能明確地判定 IL-1A-889C/T 位點(diǎn)的基因型(圖 4.共檢測(cè) 294 例患者,各基因型及等位基因的頻率見(jiàn)表 4.1。1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 M型 CC CC CC CT CT CT CC CC CC CC CC3
otype CT 2.100(0.551-8.000) 0.277 1.756(0.439-7.019) type TTb- - - llele Cc- - - llele T 2.100(0.551-8.000) 0.277 1.756(0.439-7.019) 制了年齡、性別。組中 TT 基因型過(guò)少,無(wú)法計(jì)算 OR 值。組中各例均含 C 等位基因,無(wú)法計(jì)算 OR 值。IL-1B -511C/T 位點(diǎn) IL-1B -511C/T 位點(diǎn)各基因型及等位基因頻率用 PCR-RFLP 方法能明確地判定 IL-1B -511C/T 位點(diǎn)的基因型(檢測(cè) 301 例患者,,各基因型及等位基因的頻率見(jiàn)表 4.5。1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 M型 CT CT CC CT CT TT CT TT CT CC CT
【學(xué)位授予單位】:南昌大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2009
【分類號(hào)】:R512.62;R575.2
本文編號(hào):2621981
【圖文】:
結(jié)果.1 IL-1A -889C/T 位點(diǎn)1.1 IL-1A -889C/T 位點(diǎn)各基因型及等位基因頻率采用 PCR-RFLP 方法能明確地判定 IL-1A-889C/T 位點(diǎn)的基因型(圖 4.共檢測(cè) 294 例患者,各基因型及等位基因的頻率見(jiàn)表 4.1。1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 M型 CC CC CC CT CT CT CC CC CC CC CC3
otype CT 2.100(0.551-8.000) 0.277 1.756(0.439-7.019) type TTb- - - llele Cc- - - llele T 2.100(0.551-8.000) 0.277 1.756(0.439-7.019) 制了年齡、性別。組中 TT 基因型過(guò)少,無(wú)法計(jì)算 OR 值。組中各例均含 C 等位基因,無(wú)法計(jì)算 OR 值。IL-1B -511C/T 位點(diǎn) IL-1B -511C/T 位點(diǎn)各基因型及等位基因頻率用 PCR-RFLP 方法能明確地判定 IL-1B -511C/T 位點(diǎn)的基因型(檢測(cè) 301 例患者,,各基因型及等位基因的頻率見(jiàn)表 4.5。1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 M型 CT CT CC CT CT TT CT TT CT CC CT
【學(xué)位授予單位】:南昌大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2009
【分類號(hào)】:R512.62;R575.2
【引證文獻(xiàn)】
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