發(fā)布時(shí)間：2020-02-09 03:08

【摘要】：目的：建立一種適用于口咽部微生物群落結(jié)構(gòu)研究的DNA富集方案,描述肝硬化患者及并發(fā)肺炎患者口咽部?jī)?yōu)勢(shì)菌群結(jié)構(gòu)特征。 方法：采集健康對(duì)照組、肝硬化組及肝硬化并發(fā)肺炎組的咽拭子,提取咽拭子的DNA,經(jīng)全基因組擴(kuò)增技術(shù)(WGA)富集后再使用細(xì)菌16S rRNA基因V3區(qū)通用引物進(jìn)行PCR變性梯度凝膠電泳(PCR-DGGE)獲得優(yōu)勢(shì)菌群的指紋圖譜。對(duì)優(yōu)勢(shì)條帶進(jìn)行割膠回收測(cè)序,對(duì)DGGE指紋圖譜進(jìn)行多樣性分析,主成分分析,對(duì)優(yōu)勢(shì)條帶進(jìn)行灰度分析及檢出率分析。 結(jié)果：(1)經(jīng)WGA富集后結(jié)合PCR-DGGE,我們成功地獲得了清晰的口咽部DGGE指紋圖譜。(2)肝硬化并發(fā)肺炎組口咽部?jī)?yōu)勢(shì)菌群的多樣性最高,其次是肝硬化組,健康對(duì)照組最低。主成分分析結(jié)果顯示肝硬化并發(fā)肺炎組、肝硬化組和健康對(duì)照組各組各自聚集,區(qū)分良好,肝硬化并發(fā)肺炎組感染相同病原菌的個(gè)體聚在一起。(3)肝硬化組與健康對(duì)照組相比,發(fā)現(xiàn)有7個(gè)菌群發(fā)生變化,彎曲桿菌屬(32.4)菌群水平降低,嗜血桿菌屬(34.5)、鏈球菌屬/乳桿菌屬(45.5)、月形單胞菌屬(61.3)和Olsenella(90.9)菌群水平增高,Bulleidia(26.5)和鏈球菌屬(33.0)菌群檢出率增高。 結(jié)論：優(yōu)化的WGA富集方案結(jié)合PCR-DGGE技術(shù)可以直觀地展示口咽部?jī)?yōu)勢(shì)菌群的分子生態(tài)結(jié)構(gòu)。肝硬化患者口咽部粘膜優(yōu)勢(shì)菌群結(jié)構(gòu)顯著不同于健康人。初步篩選出的7個(gè)微生物的變化可能是肝硬化患者并發(fā)肺部感染的誘因,但確定這些標(biāo)志性微生物仍需要后期的大樣本量的驗(yàn)證。
【圖文】：

首先對(duì)4個(gè)個(gè)體咽拭子DNA直接進(jìn)行PCR-DGGE評(píng)估口嚼部枯膜細(xì)菌群落，，結(jié)果如圖1-1中的AO-DO所示。AO能顯示出3個(gè)模糊的條帶；B0和CO的DGGE指紋圖譜僅能較清晰地顯示出3-4個(gè)條帶，其它條帶較為模糊；DO能清晰地顯示出1個(gè)條帶，其它條帶較為模糊。對(duì)于清晰的條帶后續(xù)能進(jìn)行割膠回收測(cè)序獲得條帶種系型的信息，但從模糊的條帶中難以得到DNA信息，且每個(gè)泳道的條帶數(shù)都較少，獲得的細(xì)菌種系的信息還不如直接培養(yǎng)獲得的物種信息多。A1 AO B1 BO CI CO D1 DO. ? ‘ "? --ff.；P璱基暴徐pc ■, 丨W：,：：:IS: ?一ssa.j _ o ~ ,■?--- ? . a8Wm?-<v.,：；?一的 、 :17' 'Si tts(iMgi(a|Ml 分 Ml X -6 悘N

本文編號(hào)：2577689