目的利用微陣列芯片技術(shù)篩選老年性白內(nèi)障患者外周血中差異性表達(dá)的環(huán)狀RNA(circular RNAs,circRNAs)進(jìn)行生物信息學(xué)數(shù)據(jù)預(yù)測和分析,以探究外周血circRNAs在老年性白內(nèi)障發(fā)病中的作用。方法選取成都醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院已診斷為老年性白內(nèi)障患者3例(試驗(yàn)組)和健康體檢者3人(對照組)作為研究對象,運(yùn)用Arraystar circRNAs基因芯片技術(shù)檢測兩組外周血中circRNAs表達(dá)譜及分析兩組間差異表達(dá)的circRNAs。同時(shí),運(yùn)用在線生物信息學(xué)軟件對差異circRNAs進(jìn)行分析以及對下游相互作用的微小RNA(miRNA)進(jìn)行預(yù)測。結(jié)果與對照組比較,試驗(yàn)組外周血中異常表達(dá)的circRNAs共有242個(gè)(fold change絕對值≥2.0),其中上調(diào)的100個(gè)(fold change≥2.0),下調(diào)的142個(gè)(fold change≤-2.0);生物信息分析數(shù)據(jù)提示,差異circRNAs在調(diào)節(jié)細(xì)胞代謝、發(fā)育及RNA轉(zhuǎn)錄等功能方面高度富集;4個(gè)circRNAs與白內(nèi)障相關(guān)的miR-15a-3p、miR-34a-5p等吸附相關(guān)miRNA可能具有miRNA海綿吸附作用。結(jié)論...

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圖1總RNA凝膠電泳圖

表1試驗(yàn)組和對照組總RNA濃度和質(zhì)量樣本號(hào)光密度比值(D260/D280)光密度比值(D260/D230)濃度/mg·L-1體積/μLRNA質(zhì)量/ngC11.821.98206.62153099.30C21.871.86386.3715579....

圖2差異circRNAs表達(dá)譜圖

利用生物信息學(xué)工具,將試驗(yàn)組和對照組分析獲得的差異circRNAs繪制成散點(diǎn)圖(見圖2)。結(jié)果顯示,與對照組比較,試驗(yàn)組外周血中異常表達(dá)的circRNAs共有242個(gè)(foldchange絕對值≥2.0),其中上調(diào)的有100個(gè)(foldchange≥2.0),差異倍數(shù)>3的有....

圖3上調(diào)與下調(diào)差異circRNAs的GO富集分析及KEGG富集分析

表4差異表達(dá)的circRNAs與下游靶向吸附miRNA的預(yù)測結(jié)果circRNAs名稱Foldchange值吸附相關(guān)miRNAhsa_circRNA_1025342.3397457miR-432-5p、miR-766-5p、miR-874-5p、miR-34....

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