發(fā)布時間：2022-01-27 05:25

　　設(shè)計了一種蟻群算法,用于進行基因多位點組合與連續(xù)型表型的關(guān)聯(lián)分析。在歐洲生物信息學研究所發(fā)布的一項基因及眼壓的數(shù)據(jù)集上,評估了本文設(shè)計方法的性能,實驗結(jié)果表明,利用本文設(shè)計的蟻群算法能夠發(fā)現(xiàn)與眼壓顯著相關(guān)的基因雙位點組合,這為研究青光眼的發(fā)病機制提供了新的線索。另外,對于研究其他疾病的多位點組合和連續(xù)型表型的關(guān)聯(lián),本文設(shè)計的蟻群算法提供了一種新的思路。 

【文章來源】：北京化工大學學報(自然科學版). 2020,47(04)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

覆蓋前750個組合次數(shù)隨迭代次數(shù)增加的變化

圖2(a)展示了秩和檢驗P值小于1×10-2的結(jié)果在染色體上分布的熱圖,圖中色塊的灰度深淺代表位點對的多少。橫縱坐標為位點所在染色體位置編號(1～21),組成位點分別位于橫縱坐標標示的染色體上。圖2(b)是將圖2(a)的內(nèi)容反映在點和邊上的分布圖,圖中節(jié)點度數(shù)代表兩位點在同一染色體的結(jié)果個數(shù),有2對雙位點組合的組成位點都在2號染色體上;3號和11號染色體各有1對雙位點組合的組成位點都在同一染色體上;其余染色體不包含雙位點組合的組成位點都位于同一染色體的情況。圖2(b)中連接各節(jié)點的邊的粗細代表組成雙位點組合的各位點分別位于兩不同染色體的組合個數(shù)。如圖2(b)所示,最粗的一條邊(染色體之間雙位點組合最多)在1號染色體和3號染色體之間,包含8對雙位點組合;其次為2號染色體和6號染色體之間的邊,包含6對雙位點組合。圖2表明,137對顯著雙位點組合涉及2號染色體的個數(shù)最多,因此對涉及到2號染色體位點的所有結(jié)果進行了分析,發(fā)現(xiàn)2號染色體基因LOC107985962上的位點與其他11個染色體上的位點組成了顯著性較高的組合。其中包括位點rs7742590,該位點與基因FOXC1都位于6號染色體,且距離基因FOXC1大約1 600萬個堿基。據(jù)文獻[12]報道,6號染色體上基因FOXC1被懷疑與POAG發(fā)病高度相關(guān)。

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3611853