發(fā)布時間：2021-07-11 06:16

　　目的構(gòu)建以miRNA為中心的綜合調(diào)控網(wǎng)絡(luò),探討關(guān)鍵miRNA、靶基因、轉(zhuǎn)錄因子、長鏈非編碼RNA與先天性小耳畸形發(fā)病間的關(guān)系,為進一步明確病因提供新的研究思路。方法分析小耳畸形殘耳軟骨與健側(cè)耳軟骨間miRNAs差異表達譜,基于24個差異表達的miRNAs,預(yù)測靶基因、轉(zhuǎn)錄因子和長鏈非編碼RNA,構(gòu)建綜合調(diào)控圖并對關(guān)鍵節(jié)點進行生物信息學(xué)分析。結(jié)果基于24個差異miRNAs,共預(yù)測到154個靶基因,209個轉(zhuǎn)錄因子和22個長鏈非編碼RNA。MiR-221/222-3p、miR-320c、miR-3122、miR-4521,靶基因ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1、PDPK1,轉(zhuǎn)錄因子EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2和長鏈非編碼RNA TUG1、MIAT間存在相互調(diào)節(jié)作用構(gòu)成關(guān)鍵模塊。MiR-221/222-3p可與靶基因TRPS1、ZEB2,轉(zhuǎn)錄因子FOS、EP300、STAT1及l(fā)ncRNA MIAT相互調(diào)控,靶基因ZEB2與轉(zhuǎn)錄因子STAT1在調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中作為關(guān)鍵節(jié)點可連接多個靶點構(gòu)成綜合調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。結(jié)論初步建立了先天性小耳畸形綜合調(diào)控網(wǎng)絡(luò),找到了... 

【文章來源】：世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘. 2019,19(51)

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

綜合調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖

世界最新醫(yī)學(xué)信息文摘2019年第19卷第51期115投稿郵箱：zuixinyixue@126.com橙色三角形代表TF，藍色正方形代表lncRNA。2.2篩選關(guān)鍵調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。通過文獻查詢及預(yù)測結(jié)果，篩選出與胚胎發(fā)育、耳發(fā)育、軟骨發(fā)育、先天性疾病等相關(guān)的靶點，初步得到miRNA-gene-LncRNA-TFs主要的綜合調(diào)控圖（圖2）。再根據(jù)各個節(jié)點間連接度的大小，篩選出關(guān)鍵模塊（圖3）。圖2miRNA-gene-TF-LncRNA主要關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖3討論本研究從miRNA角度對先天性小耳畸形進行研究，致力于尋找新的致病靶點及調(diào)控途徑。通過生物信息學(xué)圖3調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵模塊分析構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)miR-221/222-3p、miR-320c、miR-3122、miR-4521，靶基因ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1、PDPK1，轉(zhuǎn)錄因子EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2，長鏈非編碼RNATUG1、MIAT在先天性小耳畸形中可能起關(guān)鍵作用。表1與小耳畸形相關(guān)的差異表達的miRNAmiRNAs序列（5’-3’）Foldchangep-value殘耳軟骨組織中上調(diào)的miRNAsmiR-3613-3pACAAAAAAAAAAGCCCAACCCUUC3.2880.036miR-1255b-2-3pAACCACUUUCUUUGCUCAUCCA2.1410.019miR-151a-3pCUAGACUGAAGCUCCUUGAGG3.1030.035miR-4699-3pAAUUUACUCUGCAAUCUUCUCC2.3270.039miR-4521GCUAAGGAAGUCCUGUGCUCAG2.4780.011miR-221-3pAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC2.4660.024miR-320cAAAAGCUGGGUUGAGAGGGU2.3350.033miR-181a-3pACCAUCGACCGUUGAUUGUACC2.8220.023miR-222-3pAGCUACAUCUGGCUACUGGGU,2.8880.036miR-4324CCCUGAGACCCUAACCUUAA3.0680.037miR-4668-5pAGGGAAAAAAAAAAGGAUUUGUC3.1480.029miR-301a-3pCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC2.4810.034殘耳軟骨組織中下調(diào)的miRNAsmiR-43

钚亂窖?畔⑽惱?019年第19卷第51期115投稿郵箱：zuixinyixue@126.com橙色三角形代表TF，藍色正方形代表lncRNA。2.2篩選關(guān)鍵調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。通過文獻查詢及預(yù)測結(jié)果，篩選出與胚胎發(fā)育、耳發(fā)育、軟骨發(fā)育、先天性疾病等相關(guān)的靶點，初步得到miRNA-gene-LncRNA-TFs主要的綜合調(diào)控圖（圖2）。再根據(jù)各個節(jié)點間連接度的大小，篩選出關(guān)鍵模塊（圖3）。圖2miRNA-gene-TF-LncRNA主要關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖3討論本研究從miRNA角度對先天性小耳畸形進行研究，致力于尋找新的致病靶點及調(diào)控途徑。通過生物信息學(xué)圖3調(diào)控網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵模塊分析構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)miR-221/222-3p、miR-320c、miR-3122、miR-4521，靶基因ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1、PDPK1，轉(zhuǎn)錄因子EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2，長鏈非編碼RNATUG1、MIAT在先天性小耳畸形中可能起關(guān)鍵作用。表1與小耳畸形相關(guān)的差異表達的miRNAmiRNAs序列（5’-3’）Foldchangep-value殘耳軟骨組織中上調(diào)的miRNAsmiR-3613-3pACAAAAAAAAAAGCCCAACCCUUC3.2880.036miR-1255b-2-3pAACCACUUUCUUUGCUCAUCCA2.1410.019miR-151a-3pCUAGACUGAAGCUCCUUGAGG3.1030.035miR-4699-3pAAUUUACUCUGCAAUCUUCUCC2.3270.039miR-4521GCUAAGGAAGUCCUGUGCUCAG2.4780.011miR-221-3pAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC2.4660.024miR-320cAAAAGCUGGGUUGAGAGGGU2.3350.033miR-181a-3pACCAUCGACCGUUGAUUGUACC2.8220.023miR-222-3pAGCUACAUCUGGCUACUGGGU,2.8880.036miR-4324CCCUGAGACCCUAACCUUAA3.0680.037miR-4668-5pAGGGAAAAAAAAAAGGAUUUGUC3.1480.029miR-301a-3pCAGUGCAAUAGUAUUGUCAAAGC2.4810.034殘耳軟骨組織中下調(diào)的miRNAsmiR-4309CUG

【參考文獻】：
期刊論文
[1]先天性小耳畸形microRNA及mRNA表達譜的變化及關(guān)鍵靶基因的篩選[J]. 宋宇鵬,楊慶華,林琳,蔣海越,張玲,潘博,何樂人,趙延勇.  醫(yī)學(xué)研究雜志. 2017(06)



本文編號：3277511