第一部分 基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的乳腺癌DNA甲基化分析目的近年來,DNA甲基化已成為生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)之一,尤其是其與腫瘤的關(guān)系,DNA甲基化或許可以作為一種檢測(cè)手段來診斷腫瘤甚至是預(yù)測(cè)腫瘤的發(fā)生。本研究利用公共數(shù)據(jù)庫(kù)TCGA上乳腺癌患者及健康對(duì)照者的甲基化數(shù)據(jù)進(jìn)行差異性分析,嘗試解讀乳腺癌患者的DNA甲基化譜與正常人的差異所在,并通過進(jìn)一步的分析和篩選,甄選出有利于乳腺癌診斷、監(jiān)測(cè)的甲基化基因。方法從TCGA下載乳腺癌樣本和乳腺癌旁組織樣本的Illumina Human Methyla-tion 450芯片甲基化數(shù)據(jù),使用R語(yǔ)言篩選乳腺癌組織樣本與癌旁組織樣本中差異甲基化位點(diǎn),并參考Illumina Human Methylation 450 hg19的芯片注釋文件進(jìn)行基因注釋。然后使用DAVID在線工具進(jìn)行GO(Gene Ontology)功能富集分析和 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。最后結(jié)合下載數(shù)據(jù)的臨床信息對(duì)部分選擇的基因進(jìn)行cox回歸分析,篩選出與生存相關(guān)的甲基化基因。結(jié)果于TCGA下載共得到791個(gè)乳腺...

【文章頁(yè)數(shù)】：89 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－１操作流程圖??

?基于ＴＣＧＡ數(shù)據(jù)庫(kù)的乳腺癌組織ＤＮＡ?xí)趸治???整理與轉(zhuǎn)換數(shù)指??篩選乳味癌組織與癌旁組織的差異甲基化位點(diǎn)??ＳＭａＭＭＳａＷｉａＷＢＷｉＷＳＷＳＨＷａＢａＷＭＷＭＫＳＳＳＷＭｉｌＷＢｉｔｗａｗＷＷＷＳｔＢＭＳＳＳｆａＷＢＷＩＭＳＳＷａＳＭｌＷＳＭＸｌＳｔＭＷＳＳＳＷＳ?，....

圖１－４差異化甲基化位點(diǎn)的結(jié)構(gòu)注釋??Ｆｉｇｕｒｅ?１－４?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ?ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ?ｓｉｔｅ?ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ?ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ??

?碩士學(xué)位論文???Ｒｅｇｉｏｎ?ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ??ｓ＿ｓｈｅｌｆ?：＿ｌ＿：?．．?口?ＨｙｐｅｒＤＭＣ％??Ｅ２１?ＨｙｐｏＤＭＣ％??ｎ＿ｓｈｅｌｆ??ｓ．ｓｈｏｒｅ?ＨＨＨＩ??ｎ＿ｓｈｏｒｅ??ｃｐｇｌｓｌａｎｄ??ｅｘｏｎ??■??ｔｓｓ１５００??ｔｓｓ２００....

圖２－５?ＧＯ基因功能分類??Ｆｉｇ２－５?ｔｈｅ?ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｇｅｎｅ?ｆｕｎｃｔｉｏｎ?ｉｎ?ＧＯ?ａｎａｌｙｓｉｓ??

?頌士學(xué)位論文???１５－??（０??ｃ??〇＞?１０?滿?ｂｉｏｌｏｇｉｃａＬｐｒｏｃｅｓｓ??ｕ?ｃｅｌｌｕｌａｒ＿ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ??＾?｜?ｍｏｌｅｃｕｌａｒ?Ｊｕｎｃｔｉｏｎ??ｉｉｉｉｉ?ｉｌｌ??＃１麵歷腦爾辦??§§§§§§§§§§§＾§§§§§§＾§§§§§§....

圖２－８與腫瘤分期關(guān)聯(lián)的差異性位點(diǎn)散點(diǎn)圖及各分期樣本的趨勢(shì)曲線

?利用高通量曱基化測(cè)序?qū)θ橄侔┗颊哐h(huán)游離ＤＮＡ進(jìn)行檢測(cè)分析???低甲基化?Ｓ甲基化??ｍ?Ｗ?：??職？?ｙｉ／?ｒ??Ｉ?Ｉ?！?ｉ?ｒ?ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?Ｉ?ｒ??０?１００?２００?３００?４００?０?５０?１５０?２５０??（Ａ）?（Ｂ）??圖２－８與腫瘤分期關(guān)聯(lián)的差....

本文編號(hào)：3895475