目的通過新一代高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)機(jī)械張力作用下皮膚組織細(xì)胞再生后與正常皮膚組織細(xì)胞的進(jìn)行對(duì)比轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,探討在機(jī)械張力下,擴(kuò)張皮膚組織細(xì)胞再生過程中與正常皮膚組織細(xì)胞的差異基因表達(dá),以期揭示轉(zhuǎn)錄組在擴(kuò)張皮膚細(xì)胞分裂增殖過程中對(duì)基因的調(diào)控機(jī)制。在新的層次上進(jìn)一步了解皮膚生物性生長的基因表達(dá)調(diào)控方式。方法收集四例年齡在18-25歲的中國籍病例,均為額部皮膚擴(kuò)張修復(fù)瘢痕患者。經(jīng)過3-6個(gè)月注水?dāng)U張后,擴(kuò)張倍數(shù)在2-3倍之間。實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組樣各取大小約0.5cm×0.5cm的全厚皮一片。術(shù)中取樣置于凍存管中,并即刻使用液氮速凍。提取樣本RNA。本研究利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法,對(duì)機(jī)械張力作用下皮膚表皮細(xì)胞加快分化增殖后的mRNA、lncRNA、circRNA和microRNA表達(dá)譜與正常表皮細(xì)胞進(jìn)行對(duì)比分析,并對(duì)全轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果1.通過對(duì)機(jī)械張力作用下mRNA表達(dá)譜與正常表皮細(xì)胞的mRNA表達(dá)譜進(jìn)行對(duì)比分析,最終共鑒定出18912個(gè)mRNA。實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組中有1470個(gè)mRNA出現(xiàn)差異表達(dá)。與對(duì)照組相比,實(shí)驗(yàn)組中有516個(gè)lncRNA表達(dá)上調(diào),954個(gè)lncRNA表達(dá)下調(diào)。2.通過對(duì)實(shí)驗(yàn)... 

【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院北京市211工程院校985工程院校

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
前言
第一部分 機(jī)械張力對(duì)人皮膚再生的mRNA表達(dá)譜的影響
    1.1 研究對(duì)象
        1.1.1 樣本來源與分組
        1.1.2 樣本采集
    1.2 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2.1 主要試劑
        1.2.2 主要儀器設(shè)備
        1.2.3 數(shù)據(jù)庫及分析軟件
    1.3 實(shí)驗(yàn)方法
        1.3.1 RNA提取
        1.3.2 轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建和測(cè)序
    1.4 生物信息分析
        1.4.1 參考基因組比對(duì)
        1.4.2 轉(zhuǎn)錄本組裝
        1.4.3 編碼潛力分析
        1.4.4 保守性分析
        1.4.5 基因表達(dá)水平的量化
        1.4.6 差異表達(dá)分析
        1.4.7 GO和KEGG富集分析
    1.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        1.5.1 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估
        1.5.2 序列比對(duì)與拼接
        1.5.3 mRNA的篩選
        1.5.4 差異表達(dá)mRNA鑒定
        1.5.5 差異表達(dá)的mRNA功能注釋分析
    1.6 討論
    1.7 小結(jié)
第二部分 機(jī)械張力對(duì)人皮膚再生的lncRNA表達(dá)譜的影響
    2.1 研究對(duì)象
        2.1.1 樣本來源與分組
        2.1.2 樣本采集
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2.1 主要試劑
        2.2.2 主要儀器設(shè)備
        2.2.3 數(shù)據(jù)庫及分析軟件
    2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 RNA提取
        2.3.2 轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建和測(cè)序
    2.4 生物信息分析
        2.4.1 數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.4.2 參考基因組比對(duì)
        2.4.3 轉(zhuǎn)錄本組裝
        2.4.4 編碼潛力分析
        2.4.5 保守性分析
        2.4.6 基因表達(dá)水平的置化
        2.4.7 IncRNA 篩選
        2.4.8 差異表達(dá)分析
        2.4.9 GO和KEGG富集分析
    2.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.5.1 lncRNA的篩選
        2.5.2 lncRNA特征分析
        2.5.3 差異表達(dá)lncRNA鑒定
        2.5.4 差異表達(dá)的lncRNA功能注釋分析
    2.6 討論
    2.7 小結(jié)
第三部分 機(jī)械張力對(duì)人皮膚再生的CircRNA表達(dá)譜的影響
    3.1 研究對(duì)象
        3.1.1 樣本來源與分組
        3.1.2 樣本采集
    3.2 實(shí)驗(yàn)材料
        3.2.1 主要試劑
        3.2.2 主要儀器設(shè)備
        3.2.3 數(shù)據(jù)庫及分析軟件
    3.3 實(shí)驗(yàn)方法
        3.3.1 RNA提取
        3.3.2 轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建和測(cè)序
    3.4 生物信息分析
        3.4.1 數(shù)據(jù)質(zhì)控
        3.4.2 參考基因組比對(duì)
        3.4.3 circRNA 鑒定
        3.4.4 基因表達(dá)水平的置化
        3.4.5 差異表達(dá)分析
        3.4.6 GO和KEGG富集分析
    3.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.5.1 circRNA的鑒定
        3.5.2 差異circRNA篩選與聚類分析
        3.5.3 差異表達(dá)circRNA的功能注釋分析
        3.5.4 qRT-PCR 技術(shù)驗(yàn)證 circRNA結(jié)果
    3.6 討論
    3.7 小結(jié)
第四部分 機(jī)械張力對(duì)人皮膚再生的microRNA表達(dá)譜的影響
    4.1 研究對(duì)象
        4.1.1 樣本來源與分組
        4.1.2 樣本采集
    4.2 實(shí)驗(yàn)材料
        4.2.1 主要試劑
        4.2.2 主要儀器設(shè)備
        4.2.3 數(shù)據(jù)庫及分析軟件
    4.3 實(shí)驗(yàn)方法
        4.3.1 RNA提取
        4.3.2 轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建和測(cè)序
    4.4 生物信息分析
        4.4.1 數(shù)據(jù)質(zhì)控
        4.4.2 參考基因組比對(duì)
        4.4.3 已知miRNA比對(duì)與新的miRNA預(yù)測(cè)
        4.4.4 差異表達(dá)分析
        4.4.5 GO和KEGG富集分析
    4.5 應(yīng)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)方法驗(yàn)證miRNA
        4.5.1 提取RNA
        4.5.2 反轉(zhuǎn)錄
        4.5.3 qPCR擴(kuò)增
    4.6 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.6.1 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估
        4.6.2 序列比對(duì)與拼接
        4.6.3 已知miRNA與新的miRNA篩選
        4.6.4 差異表達(dá)miRNA鑒定
        4.6.5 差異表達(dá)的miRNA功能注釋分析
        4.6.6 qPT-PCR技術(shù)方法驗(yàn)證miRNA結(jié)果
    4.7 討論
    4.8 小結(jié)
第五部分 全轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析
    5.1 實(shí)驗(yàn)材料
        5.1.1 樣本來源與分組
        5.1.2 樣本采集
    5.2 實(shí)驗(yàn)方法
        5.2.1 LncRNA與miRNA關(guān)聯(lián)分析
        5.2.2 CircRNA與miRNA關(guān)聯(lián)分析
        5.2.3 miRNA與mRNA關(guān)聯(lián)分析
    5.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        5.3.1 LncRNA與miRNA關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
        5.3.2 CircRNA與miRNA關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
        5.3.3 miRNA與mRNA關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
    5.4 討論
    5.5 小結(jié)
全文總結(jié)
參考文獻(xiàn)
文獻(xiàn)綜述
    參考文獻(xiàn)
中英文符號(hào)及縮略語說明
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]長鏈非編碼RNA的作用機(jī)制及其研究方法[J]. 夏天,肖丙秀,郭俊明.  遺傳. 2013(03)
[2]植物非編碼RNA調(diào)控春化作用的表觀遺傳[J]. 張紹峰,李曉榮,孫傳寶,何玉科.  遺傳. 2012(07)



本文編號(hào)：3630590