目的通過新一代高通量測序技術對機械張力作用下皮膚組織細胞再生后與正常皮膚組織細胞的進行對比轉錄組測序分析,探討在機械張力下,擴張皮膚組織細胞再生過程中與正常皮膚組織細胞的差異基因表達,以期揭示轉錄組在擴張皮膚細胞分裂增殖過程中對基因的調控機制。在新的層次上進一步了解皮膚生物性生長的基因表達調控方式。方法收集四例年齡在18-25歲的中國籍病例,均為額部皮膚擴張修復瘢痕患者。經過3-6個月注水擴張后,擴張倍數在2-3倍之間。實驗組與對照組樣各取大小約0.5cm×0.5cm的全厚皮一片。術中取樣置于凍存管中,并即刻使用液氮速凍。提取樣本RNA。本研究利用轉錄組測序的方法,對機械張力作用下皮膚表皮細胞加快分化增殖后的mRNA、lncRNA、circRNA和microRNA表達譜與正常表皮細胞進行對比分析,并對全轉錄組進行關聯分析。結果1.通過對機械張力作用下mRNA表達譜與正常表皮細胞的mRNA表達譜進行對比分析,最終共鑒定出18912個mRNA。實驗組和對照組中有1470個mRNA出現差異表達。與對照組相比,實驗組中有516個lncRNA表達上調,954個lncRNA表達下調。2.通過對實驗... 

【文章來源】：北京協(xié)和醫(yī)學院北京市211工程院校985工程院校

【文章頁數】：86 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
前言
第一部分 機械張力對人皮膚再生的mRNA表達譜的影響
    1.1 研究對象
        1.1.1 樣本來源與分組
        1.1.2 樣本采集
    1.2 實驗材料
        1.2.1 主要試劑
        1.2.2 主要儀器設備
        1.2.3 數據庫及分析軟件
    1.3 實驗方法
        1.3.1 RNA提取
        1.3.2 轉錄組文庫構建和測序
    1.4 生物信息分析
        1.4.1 參考基因組比對
        1.4.2 轉錄本組裝
        1.4.3 編碼潛力分析
        1.4.4 保守性分析
        1.4.5 基因表達水平的量化
        1.4.6 差異表達分析
        1.4.7 GO和KEGG富集分析
    1.5 實驗結果
        1.5.1 測序質量評估
        1.5.2 序列比對與拼接
        1.5.3 mRNA的篩選
        1.5.4 差異表達mRNA鑒定
        1.5.5 差異表達的mRNA功能注釋分析
    1.6 討論
    1.7 小結
第二部分 機械張力對人皮膚再生的lncRNA表達譜的影響
    2.1 研究對象
        2.1.1 樣本來源與分組
        2.1.2 樣本采集
    2.2 實驗材料
        2.2.1 主要試劑
        2.2.2 主要儀器設備
        2.2.3 數據庫及分析軟件
    2.3 實驗方法
        2.3.1 RNA提取
        2.3.2 轉錄組文庫構建和測序
    2.4 生物信息分析
        2.4.1 數據質控
        2.4.2 參考基因組比對
        2.4.3 轉錄本組裝
        2.4.4 編碼潛力分析
        2.4.5 保守性分析
        2.4.6 基因表達水平的置化
        2.4.7 IncRNA 篩選
        2.4.8 差異表達分析
        2.4.9 GO和KEGG富集分析
    2.5 實驗結果
        2.5.1 lncRNA的篩選
        2.5.2 lncRNA特征分析
        2.5.3 差異表達lncRNA鑒定
        2.5.4 差異表達的lncRNA功能注釋分析
    2.6 討論
    2.7 小結
第三部分 機械張力對人皮膚再生的CircRNA表達譜的影響
    3.1 研究對象
        3.1.1 樣本來源與分組
        3.1.2 樣本采集
    3.2 實驗材料
        3.2.1 主要試劑
        3.2.2 主要儀器設備
        3.2.3 數據庫及分析軟件
    3.3 實驗方法
        3.3.1 RNA提取
        3.3.2 轉錄組文庫構建和測序
    3.4 生物信息分析
        3.4.1 數據質控
        3.4.2 參考基因組比對
        3.4.3 circRNA 鑒定
        3.4.4 基因表達水平的置化
        3.4.5 差異表達分析
        3.4.6 GO和KEGG富集分析
    3.5 實驗結果
        3.5.1 circRNA的鑒定
        3.5.2 差異circRNA篩選與聚類分析
        3.5.3 差異表達circRNA的功能注釋分析
        3.5.4 qRT-PCR 技術驗證 circRNA結果
    3.6 討論
    3.7 小結
第四部分 機械張力對人皮膚再生的microRNA表達譜的影響
    4.1 研究對象
        4.1.1 樣本來源與分組
        4.1.2 樣本采集
    4.2 實驗材料
        4.2.1 主要試劑
        4.2.2 主要儀器設備
        4.2.3 數據庫及分析軟件
    4.3 實驗方法
        4.3.1 RNA提取
        4.3.2 轉錄組文庫構建和測序
    4.4 生物信息分析
        4.4.1 數據質控
        4.4.2 參考基因組比對
        4.4.3 已知miRNA比對與新的miRNA預測
        4.4.4 差異表達分析
        4.4.5 GO和KEGG富集分析
    4.5 應用實時熒光定量PCR技術方法驗證miRNA
        4.5.1 提取RNA
        4.5.2 反轉錄
        4.5.3 qPCR擴增
    4.6 實驗結果
        4.6.1 測序質量評估
        4.6.2 序列比對與拼接
        4.6.3 已知miRNA與新的miRNA篩選
        4.6.4 差異表達miRNA鑒定
        4.6.5 差異表達的miRNA功能注釋分析
        4.6.6 qPT-PCR技術方法驗證miRNA結果
    4.7 討論
    4.8 小結
第五部分 全轉錄組關聯分析
    5.1 實驗材料
        5.1.1 樣本來源與分組
        5.1.2 樣本采集
    5.2 實驗方法
        5.2.1 LncRNA與miRNA關聯分析
        5.2.2 CircRNA與miRNA關聯分析
        5.2.3 miRNA與mRNA關聯分析
    5.3 實驗結果
        5.3.1 LncRNA與miRNA關聯分析結果
        5.3.2 CircRNA與miRNA關聯分析結果
        5.3.3 miRNA與mRNA關聯分析結果
    5.4 討論
    5.5 小結
全文總結
參考文獻
文獻綜述
    參考文獻
中英文符號及縮略語說明
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]長鏈非編碼RNA的作用機制及其研究方法[J]. 夏天,肖丙秀,郭俊明.  遺傳. 2013(03)
[2]植物非編碼RNA調控春化作用的表觀遺傳[J]. 張紹峰,李曉榮,孫傳寶,何玉科.  遺傳. 2012(07)



本文編號：3630590