背景:骨肉瘤（Osteosarcoma,OS）是一種常見的原發(fā)惡性骨腫瘤,多見于兒童和青少年。很長一段時間以來,OS的治療方案沒有顯著的改變。目前OS患者的5年總生存率約為65%且患者的遠(yuǎn)期預(yù)后仍不理想。隨著測序技術(shù)的高速的發(fā)展,R NA-seq已經(jīng)越來越多的應(yīng)用于臨床疾病的診斷和治療當(dāng)中。為了深入研究OS的發(fā)病機制并篩選生物學(xué)標(biāo)志物,本研究使用GEO和TARGET數(shù)據(jù)庫中的OS基因表達譜數(shù)據(jù)和臨床信息,深入挖掘OS中的核心基因與OS轉(zhuǎn)移相關(guān)的危險因素。此外,基于TARGET數(shù)據(jù)庫中OS患者的臨床信息構(gòu)建臨床預(yù)測模型。目的:應(yīng)用生物信息學(xué)方法篩選OS的生物學(xué)標(biāo)志物并構(gòu)建臨床預(yù)測模型。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫中下載OS的測序數(shù)據(jù)集GSE87624和GSE126209,在R軟件中分別對兩個數(shù)據(jù)集做差異表達分析并得到差異基因的交集�；赗中clust erProfile軟件包對交集的差異基因做GO與KEGG富集分析并在STRING網(wǎng)站中構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)�；贑ytoscape中的插件篩選出PPI網(wǎng)絡(luò)中的核心基因,并在GSE 21257、GSE39055和GSE33382三個芯片數(shù)據(jù)集中對核心基因的... 

【文章來源】：蚌埠醫(yī)學(xué)院安徽省

【文章頁數(shù)】：64 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

差異基因火山圖（A：GSE87624中的差異基因

21TM4SF20-4.497<0.001<0.001MEST-4.493<0.001<0.001KCND3-4.398<0.001<0.001C6-4.3830.0010.004XIST-4.3510.0070.020GREM2-4.336<0.001<0.001APBB1IP-4.238<0.001<0.001CHN1-4.232<0.001<0.001LAMP5-4.194<0.001<0.001GREM1-4.1630.0020.008ITGA8-4.161<0.0010.001LMOD1-4.153<0.001<0.001LHX8-4.149<0.001<0.001CLEC3B-4.140<0.001<0.001B3GALT2-4.134<0.001<0.001SYNPO2-4.091<0.001<0.001GRIA3-4.069<0.0010.001SNORD113-2-4.0350.0090.025圖2差異基因韋恩圖（深藍色表示GSE126209，粉紅色表示GSE87624。）Figure2Venndiagramofdifferentialgenes(darkblueindicatesGSE126209,pinkindicatesGSE87624.)

22對GSE87624與GSE126209中的1299個交集的DEGs分別做GO與KEGG富集分析。GO富集分析結(jié)果提示，DEGs顯著富集在胚胎器官發(fā)育（embryonicorgandevelopment）、細(xì)胞外基質(zhì)組織（extracellularmatrixorganization）、細(xì)胞外結(jié)構(gòu)組織（extracellularstructureorganization）、DNA復(fù)制（DNAreplication）等生物學(xué)過程（圖3）；顯著富集在細(xì)胞間連接（cell-celljunction）、含膠原的細(xì)胞外基質(zhì)（collagen-containingextracellularmatrix）、基底膜（basementmembrane）等細(xì)胞成分（圖4）；顯著富集于細(xì)胞粘附分子結(jié)合（celladhesionmoleculebinding）、硫化合物結(jié)合（sulfurcompoundbinding）、糖胺聚糖結(jié)合（glycosaminoglycanbinding）、生長因子活性（growthfactoractivity）等分子功能（圖5）。KEGG代謝通路富集分析結(jié)果表明，DEGs顯著富集的代謝通路有細(xì)胞周期（Cellcycle）、DNA復(fù)制（DNAreplication）、小細(xì)胞肺癌（Smallcelllungcancer）、細(xì)胞外基質(zhì)受體互相作用（ECM-receptorinteraction）、軸突導(dǎo)向（Axonguidance）、細(xì)胞粘附分子（Celladhesionmolecules，CAMs）、PI3K-Akt信號通路（PI3K-Aktsignalingpathway）以及cAMP信號通路（cAMPsignalingpathway）（圖6）。圖3差異基因BP富集分析（GeneRatio：基因富集比率，count：基因富集的個數(shù)，p.adjust:校正后的P值）Figure3BPenrichmentanalysisofdifferentialgenes(GeneRatio:geneenrichmentr1.2GO與KEGG富集分析atio,count:numberofgeneenrichment,p.adjust:adjustedPvalue)

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Super enhancer inhibitors suppress MYC driven transcriptional amplification and tumor progression in osteosarcoma[J]. Demeng Chen,Zhiqiang Zhao,Zixin Huang,Du-Chu Chen,Xin-Xing Zhu,Yi-Ze Wang,Ya-Wei Yan,Shaojun Tang,Subha Madhavan,Weiyi Ni,Zhan-peng Huang,Wen Li,Weidong Ji,Huangxuan Shen,Shuibin Lin,Yi-Zhou Jiang.  Bone Research. 2018(02)



本文編號：3245075