本文關(guān)鍵詞：Has-miR-150及其潛在靶向調(diào)控的紅細(xì)胞膜蛋白的生物信息學(xué)挖掘

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【摘要】：紅系發(fā)育是一個(gè)高度有序的過程,紅系分化發(fā)生了包括細(xì)胞膜蛋白組成成份和構(gòu)造的改變?cè)趦?nèi)的一系列巨大的變化,紅細(xì)胞膜蛋白結(jié)構(gòu)和功能的穩(wěn)定性是成熟紅細(xì)胞維持形變能力和穩(wěn)定性的必備元件。紅細(xì)胞膜蛋白在生成的過程受到多層次、多因素的調(diào)控。miRNA是一種非蛋白質(zhì)的新型基因表達(dá)調(diào)控因子,為內(nèi)源性非編碼小分子RNA(18-25個(gè)核苷酸),通過結(jié)合到靶分子mRNA的3'UTR,引起靶分子1nRNA的降解或翻譯抑制導(dǎo)致目的蛋白表達(dá)減少。本文通過對(duì)has-miR-150的生物信息學(xué)分析并篩選發(fā)現(xiàn)5種紅系膜骨架蛋白共6種編碼基因均是has-miR-150的可能靶標(biāo),包括SLC4A1(band3)、 EPB41(4.1R)、ANK1(ankyrin R)、GYPC (GPC)、SPTA1(a-spectrin)和SPTB(β-spectrin)等,這些基因3'UTR均含有has-miR-150預(yù)測(cè)靶點(diǎn)；進(jìn)一步利用各種線上線下軟件對(duì)這些紅細(xì)胞膜蛋白的編碼基因、理化性質(zhì)、跨膜結(jié)構(gòu)、氨基酸修飾情況、二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)等進(jìn)行了分析。為進(jìn)一步通過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證has-miR-150與這些基因的靶向關(guān)系提供了生物信息學(xué)數(shù)據(jù)。紅細(xì)胞膜蛋白分子結(jié)構(gòu)最新模型認(rèn)為spectrin四聚體構(gòu)成紅細(xì)胞基礎(chǔ)骨架,此骨架一蛋白位點(diǎn)通過與膜蛋白4.1R、Band3和GPC結(jié)合,另一蛋白位點(diǎn)通過與膜蛋白ankyrin R、Band3結(jié)合,形成4.1R復(fù)合物和Band3復(fù)合物。has-miR-150能夠同時(shí)靶向調(diào)控這群蛋白,體現(xiàn)了has-miR-150在紅細(xì)胞膜蛋白生成中發(fā)揮的重要作用。
【關(guān)鍵詞】：has-miR-150 紅細(xì)胞膜蛋白 靶向調(diào)控 生物信息學(xué)
【學(xué)位授予單位】：中南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號(hào)】：Q78
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 目錄7-10
• 1 緒論10-14
• 1.1 研究背景10-11
• 1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀11-12
• 1.3 論文的研究?jī)?nèi)容及意義12
• 1.4 本文的組織結(jié)構(gòu)12-14
• 2 miR-150生物信息學(xué)分析14-19
• 2.1 has-miR-150基本信息檢索14-15
• 2.2 has-miR-150靶基因查找15-18
• 2.2.1 實(shí)驗(yàn)已證實(shí)的has-miR-150靶基因查找15
• 2.2.2 has-miR-150預(yù)測(cè)靶基因的查找15-16
• 2.2.3 查找紅系膜骨架蛋白編碼基因中被預(yù)測(cè)為has-miR-150的靶基因16-18
• 2.3 小結(jié)18-19
• 3 基因SLC4A1及其翻譯產(chǎn)物的分析19-34
• 3.1 SLC4A1基因的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索19-20
• 3.2 SLC4A1 MRNA序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索20-22
• 3.3 band3(SLC4A1)蛋白氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索22-23
• 3.4 band3蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析23-24
• 3.5 band3親水性/疏水性分析24-25
• 3.6 band3信號(hào)肽分析25-26
• 3.7 band3跨膜結(jié)構(gòu)域分析26-27
• 3.8 band3氨基酸翻譯后修飾分析27-31
• 3.9 band3亞細(xì)胞定位分析31
• 3.10 band3二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)31-32
• 3.11 band3三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)32-33
• 3.12 小結(jié)33-34
• 4 基因EPB41及其翻譯產(chǎn)物的分析34-48
• 4.1 EPB41基因的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索34-35
• 4.2 EPB41 mRNA序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索35-37
• 4.3 4.1R(EPB41)蛋白氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索37-38
• 4.4 4.1R蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析38-39
• 4.5 4.1R親水性/疏水性分析39-40
• 4.6 4.1R信號(hào)肽分析40-41
• 4.7 4.1R跨膜結(jié)構(gòu)域分析41-42
• 4.8 4.1R氨基酸翻譯后修飾分析42-45
• 4.9 4.1R亞細(xì)胞定位分析45
• 4.10 4.1R二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)45-46
• 4.11 4.1R三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)46-47
• 4.12 小結(jié)47-48
• 5 基因ANK1及其翻譯產(chǎn)物的分析48-67
• 5.1 ANK1基因的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索48-49
• 5.2 ANK1 mRNA序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索49-52
• 5.3 ankyrin(ANK1)蛋白氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索52-53
• 5.4 ankyrin蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析53-55
• 5.5 ankyrin親水性/疏水性分析55
• 5.6 ankyrin信號(hào)肽分析55-56
• 5.7 ankyrin跨膜結(jié)構(gòu)域分析56-57
• 5.8 ankyrin氨基酸翻譯后修飾分析57-64
• 5.9 ankyrin亞細(xì)胞定位分析64
• 5.10 ankyrin二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)64-65
• 5.11 ankyrin三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)65-66
• 5.12 小結(jié)66-67
• 6 基因GYPC及其翻譯產(chǎn)物的分析67-77
• 6.1 GYPC基因的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索67
• 6.2 GYPC mRNA序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索67-68
• 6.3 GPC(GYPC)蛋白氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索68-69
• 6.4 GPC蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析69-70
• 6.5 GPC親水性/疏水性分析70-71
• 6.6 GPC信號(hào)肽分析71
• 6.7 GPC跨膜結(jié)構(gòu)域分析71-72
• 6.8 GPC氨基酸翻譯后修飾分析72-73
• 6.9 GPC亞細(xì)胞定位分析73-74
• 6.10 GPC二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)74-75
• 6.11 GPC三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)75-76
• 6.12 小結(jié)76-77
• 7 基因SPTA1和SPTB及其翻譯產(chǎn)物的分析77-87
• 7.1 SPTA1和SPTB基因的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索77-79
• 7.1.1 SPTA1基因的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索77-78
• 7.1.2 SPTB基因的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索78-79
• 7.2 SPTA1和SPTB MRNA序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索79-80
• 7.2.1 SPTA1 mRNA序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索79
• 7.2.2 SPTB mRNA序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索79-80
• 7.3 α-spectrin和β-spectrin氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索80-81
• 7.4 α-spectrin和β-spectrin理化性質(zhì)分析81-85
• 7.4.1 α-spectrin理化性質(zhì)分析81-83
• 7.4.2 β-spectrin理化性質(zhì)分析83-85
• 7.5 α-spectrin和β-spectrin二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)85-86
• 7.5.1 α-spectrin二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)85
• 7.5.2 β-spectrin二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)85-86
• 7.6 小結(jié)86-87
• 8 總結(jié)與展望87-89
• 參考文獻(xiàn)89-92
• 致謝92

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 王志偉;;miR-191通過下調(diào)Riok3和Mxi1基因來(lái)調(diào)節(jié)小鼠成紅細(xì)胞去核[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào);2011年02期

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本文編號(hào)：778002