本文關鍵詞：Has-miR-150及其潛在靶向調(diào)控的紅細胞膜蛋白的生物信息學挖掘

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【摘要】：紅系發(fā)育是一個高度有序的過程,紅系分化發(fā)生了包括細胞膜蛋白組成成份和構(gòu)造的改變在內(nèi)的一系列巨大的變化,紅細胞膜蛋白結(jié)構(gòu)和功能的穩(wěn)定性是成熟紅細胞維持形變能力和穩(wěn)定性的必備元件。紅細胞膜蛋白在生成的過程受到多層次、多因素的調(diào)控。miRNA是一種非蛋白質(zhì)的新型基因表達調(diào)控因子,為內(nèi)源性非編碼小分子RNA(18-25個核苷酸),通過結(jié)合到靶分子mRNA的3'UTR,引起靶分子1nRNA的降解或翻譯抑制導致目的蛋白表達減少。本文通過對has-miR-150的生物信息學分析并篩選發(fā)現(xiàn)5種紅系膜骨架蛋白共6種編碼基因均是has-miR-150的可能靶標,包括SLC4A1(band3)、 EPB41(4.1R)、ANK1(ankyrin R)、GYPC (GPC)、SPTA1(a-spectrin)和SPTB(β-spectrin)等,這些基因3'UTR均含有has-miR-150預測靶點；進一步利用各種線上線下軟件對這些紅細胞膜蛋白的編碼基因、理化性質(zhì)、跨膜結(jié)構(gòu)、氨基酸修飾情況、二級和三級結(jié)構(gòu)等進行了分析。為進一步通過實驗驗證has-miR-150與這些基因的靶向關系提供了生物信息學數(shù)據(jù)。紅細胞膜蛋白分子結(jié)構(gòu)最新模型認為spectrin四聚體構(gòu)成紅細胞基礎骨架,此骨架一蛋白位點通過與膜蛋白4.1R、Band3和GPC結(jié)合,另一蛋白位點通過與膜蛋白ankyrin R、Band3結(jié)合,形成4.1R復合物和Band3復合物。has-miR-150能夠同時靶向調(diào)控這群蛋白,體現(xiàn)了has-miR-150在紅細胞膜蛋白生成中發(fā)揮的重要作用。
【關鍵詞】：has-miR-150 紅細胞膜蛋白 靶向調(diào)控 生物信息學
【學位授予單位】：中南大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：Q78
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 目錄7-10
• 1 緒論10-14
• 1.1 研究背景10-11
• 1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀11-12
• 1.3 論文的研究內(nèi)容及意義12
• 1.4 本文的組織結(jié)構(gòu)12-14
• 2 miR-150生物信息學分析14-19
• 2.1 has-miR-150基本信息檢索14-15
• 2.2 has-miR-150靶基因查找15-18
• 2.2.1 實驗已證實的has-miR-150靶基因查找15
• 2.2.2 has-miR-150預測靶基因的查找15-16
• 2.2.3 查找紅系膜骨架蛋白編碼基因中被預測為has-miR-150的靶基因16-18
• 2.3 小結(jié)18-19
• 3 基因SLC4A1及其翻譯產(chǎn)物的分析19-34
• 3.1 SLC4A1基因的數(shù)據(jù)庫檢索19-20
• 3.2 SLC4A1 MRNA序列的數(shù)據(jù)庫檢索20-22
• 3.3 band3(SLC4A1)蛋白氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫檢索22-23
• 3.4 band3蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析23-24
• 3.5 band3親水性/疏水性分析24-25
• 3.6 band3信號肽分析25-26
• 3.7 band3跨膜結(jié)構(gòu)域分析26-27
• 3.8 band3氨基酸翻譯后修飾分析27-31
• 3.9 band3亞細胞定位分析31
• 3.10 band3二級結(jié)構(gòu)預測31-32
• 3.11 band3三維結(jié)構(gòu)預測32-33
• 3.12 小結(jié)33-34
• 4 基因EPB41及其翻譯產(chǎn)物的分析34-48
• 4.1 EPB41基因的數(shù)據(jù)庫檢索34-35
• 4.2 EPB41 mRNA序列的數(shù)據(jù)庫檢索35-37
• 4.3 4.1R(EPB41)蛋白氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫檢索37-38
• 4.4 4.1R蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析38-39
• 4.5 4.1R親水性/疏水性分析39-40
• 4.6 4.1R信號肽分析40-41
• 4.7 4.1R跨膜結(jié)構(gòu)域分析41-42
• 4.8 4.1R氨基酸翻譯后修飾分析42-45
• 4.9 4.1R亞細胞定位分析45
• 4.10 4.1R二級結(jié)構(gòu)預測45-46
• 4.11 4.1R三維結(jié)構(gòu)預測46-47
• 4.12 小結(jié)47-48
• 5 基因ANK1及其翻譯產(chǎn)物的分析48-67
• 5.1 ANK1基因的數(shù)據(jù)庫檢索48-49
• 5.2 ANK1 mRNA序列的數(shù)據(jù)庫檢索49-52
• 5.3 ankyrin(ANK1)蛋白氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫檢索52-53
• 5.4 ankyrin蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析53-55
• 5.5 ankyrin親水性/疏水性分析55
• 5.6 ankyrin信號肽分析55-56
• 5.7 ankyrin跨膜結(jié)構(gòu)域分析56-57
• 5.8 ankyrin氨基酸翻譯后修飾分析57-64
• 5.9 ankyrin亞細胞定位分析64
• 5.10 ankyrin二級結(jié)構(gòu)預測64-65
• 5.11 ankyrin三維結(jié)構(gòu)預測65-66
• 5.12 小結(jié)66-67
• 6 基因GYPC及其翻譯產(chǎn)物的分析67-77
• 6.1 GYPC基因的數(shù)據(jù)庫檢索67
• 6.2 GYPC mRNA序列的數(shù)據(jù)庫檢索67-68
• 6.3 GPC(GYPC)蛋白氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫檢索68-69
• 6.4 GPC蛋白質(zhì)理化性質(zhì)分析69-70
• 6.5 GPC親水性/疏水性分析70-71
• 6.6 GPC信號肽分析71
• 6.7 GPC跨膜結(jié)構(gòu)域分析71-72
• 6.8 GPC氨基酸翻譯后修飾分析72-73
• 6.9 GPC亞細胞定位分析73-74
• 6.10 GPC二級結(jié)構(gòu)預測74-75
• 6.11 GPC三維結(jié)構(gòu)預測75-76
• 6.12 小結(jié)76-77
• 7 基因SPTA1和SPTB及其翻譯產(chǎn)物的分析77-87
• 7.1 SPTA1和SPTB基因的數(shù)據(jù)庫檢索77-79
• 7.1.1 SPTA1基因的數(shù)據(jù)庫檢索77-78
• 7.1.2 SPTB基因的數(shù)據(jù)庫檢索78-79
• 7.2 SPTA1和SPTB MRNA序列的數(shù)據(jù)庫檢索79-80
• 7.2.1 SPTA1 mRNA序列的數(shù)據(jù)庫檢索79
• 7.2.2 SPTB mRNA序列的數(shù)據(jù)庫檢索79-80
• 7.3 α-spectrin和β-spectrin氨基酸序列的數(shù)據(jù)庫檢索80-81
• 7.4 α-spectrin和β-spectrin理化性質(zhì)分析81-85
• 7.4.1 α-spectrin理化性質(zhì)分析81-83
• 7.4.2 β-spectrin理化性質(zhì)分析83-85
• 7.5 α-spectrin和β-spectrin二級結(jié)構(gòu)預測85-86
• 7.5.1 α-spectrin二級結(jié)構(gòu)預測85
• 7.5.2 β-spectrin二級結(jié)構(gòu)預測85-86
• 7.6 小結(jié)86-87
• 8 總結(jié)與展望87-89
• 參考文獻89-92
• 致謝92

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 王志偉;;miR-191通過下調(diào)Riok3和Mxi1基因來調(diào)節(jié)小鼠成紅細胞去核[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學報;2011年02期

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本文編號：778002