本文關(guān)鍵詞：基于生物學(xué)通路的差異表達(dá)基因檢測(cè)

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【摘要】：生命科學(xué)正在經(jīng)歷大數(shù)據(jù)的時(shí)代,數(shù)據(jù)庫(kù)的大小正以指數(shù)形式增加.目前,數(shù)據(jù)庫(kù)包含了上百萬(wàn)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)和數(shù)以千計(jì)的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù).差異表達(dá)分析,即比較不同條件下的基因表達(dá)水平,現(xiàn)已成為尋找生物標(biāo)記,目標(biāo)靶向和候選基因的主要工具.傳統(tǒng)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析是以單個(gè)基因?yàn)閱挝?這忽略了基因間復(fù)雜的相關(guān)性和協(xié)同機(jī)制.忽視潛在的生物學(xué)信息不僅使分析的功效降低,而且不易發(fā)現(xiàn)隱藏的重要生物學(xué)信號(hào).因此,基因集分析方法更加適用于高維的基因數(shù)據(jù). 在本篇論文中,我們研究的是兩組與疾病相關(guān)的差異通路檢測(cè)方法：傳統(tǒng)的Hotelling's T2檢驗(yàn)、對(duì)角線Hotelling's T2檢驗(yàn)和修正的Hotelling's T2檢驗(yàn).傳統(tǒng)的Hotelling's T2統(tǒng)計(jì)量要求樣本數(shù)大于變量數(shù).然而,對(duì)于基因集分析,樣本數(shù)普遍小于基因個(gè)數(shù).結(jié)果導(dǎo)致Hotelling's T2統(tǒng)計(jì)量的值不唯一.對(duì)角線的Hotelling'sT2統(tǒng)計(jì)量忽視協(xié)方差陣S的非對(duì)角線元素雖然能夠解決協(xié)方差陣的奇異問(wèn)題,但這種方法忽略了基因集內(nèi)部基因的相關(guān)性.在這篇論文里,我提出了一種修正的Hotelling's T2統(tǒng)計(jì)量,記為RT2統(tǒng)計(jì)量.它彌補(bǔ)了上述兩種方法的不足.在模擬實(shí)驗(yàn)中,以ROC曲線作為評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn),比較本文改進(jìn)的方法與Hotelling's T2檢驗(yàn)法和對(duì)角線Hotelling's T2檢驗(yàn)法在檢驗(yàn)差異通路能力方面的優(yōu)劣.通過(guò)模擬實(shí)驗(yàn)證實(shí)本文的方法對(duì)差異通路的識(shí)別能力更強(qiáng).
【關(guān)鍵詞】：差異表達(dá) 通路 RT~2統(tǒng)計(jì)量 B-H過(guò)程 ROC曲線
【學(xué)位授予單位】：黑龍江大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號(hào)】：Q811.4
【目錄】：

• 中文摘要3-4
• Abstract4-5
• 目錄5-7
• 第1章 緒論7-11
• 1.1 研究的背景及其意義7-8
• 1.2 國(guó)內(nèi)外研究概況8-9
• 1.3 本文的主要內(nèi)容9-11
• 第2章 差異基因檢測(cè)的方法11-17
• 2.1 多重假設(shè)檢驗(yàn)中錯(cuò)誤率的控制11
• 2.2 單基因檢測(cè)方法11-13
• 2.2.1 t檢驗(yàn)法12-13
• 2.2.2 SAM法13
• 2.2.3 單基因檢測(cè)的缺點(diǎn)13
• 2.3 基因集檢測(cè)方法13-15
• 2.3.1 傳統(tǒng)的Hotelling's T~2檢驗(yàn)法14-15
• 2.3.2 對(duì)角線Hotelling's T~2檢驗(yàn)法15
• 2.4 修正的Hotelling's T~2檢驗(yàn)法15-17
• 第3章 檢驗(yàn)方法的評(píng)價(jià)17-21
• 3.1 靈敏度和特異性17-19
• 3.1.1 靈敏度和特異性的概念17-18
• 3.1.2 靈敏度和特異性的應(yīng)用18-19
• 3.2 ROC曲線19-21
• 3.2.1 ROC曲線概述19
• 3.2.2 ROC曲線作用19-21
• 第4章 模擬研究21-34
• 4.1 數(shù)據(jù)模擬21-23
• 4.1.1 模擬實(shí)驗(yàn)介紹21-22
• 4.1.2 模擬過(guò)程22-23
• 4.2 模擬結(jié)果和分析23-34
• 結(jié)論34-35
• 參考文獻(xiàn)35-41
• 致謝41-42
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文42-43

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 劉文文;bHLH122提高植物抗逆能力的分子機(jī)制初探[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2013年

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本文編號(hào)：570810