A3/A1復合物對接及結構域之間相互作用的分子動力學研究
發(fā)布時間:2024-06-28 21:04
目的探究血管性血友病因子(von Willbrand factor,v WF) A1、A3結構域間的相互作用及A3的2 M型突變W1745C對A3/A1熱穩(wěn)定性和機械穩(wěn)定性的影響。方法 A1、A3的晶體結構取自PDB數(shù)據(jù)庫,首先通過柔性對接獲得WT-A3/A1(野生型)復合物結構;再利用計算機突變技術構建W1745C-A3/A1復合物體系;最后采用拉伸分子動力學模擬,觀察接觸面氫鍵和鹽橋的形成與演化,對比分析WT-A3/A1與W1745C-A3/A1在復合物構象、解離力和解離時間的差異。結果 WT-A3/A1接觸面之間存在5對生存率大于0. 2的氫鍵和1對生存率大于0. 5的鹽橋; W1745C-A3突變提高了結合面氫鍵的生存率并增加1對穩(wěn)定鹽橋,從而能夠抵抗更大的拉伸力,延緩A1/A3的解離。結論 v WF分子內(nèi)部A1與A3的相互作用阻礙A1與血小板的結合,而W1745C-A3突變則強化這種分子內(nèi)部的相互作用,降低A1對血小板的親和力。研究結果為深入揭示臨床中突變導致的血管性血友病的分子機制及相應藥物研制提供參考。
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 材料
1.2 分子對接
1.3 分子動力學模擬
1.4 恒速度拉伸分子動力學模擬
1.5 數(shù)據(jù)分析
2 結果與討論
2.1 A3/A1分子對接結果及結合面的相互作用
2.2 平衡過程中A3/A1復合物的穩(wěn)定性
2.3 突變體W1745C-A3/A1的構建及熱穩(wěn)定性
2.4 W1745C型突變增強A3/A1復合物機械穩(wěn)定性
3 討論與展望
本文編號:3996670
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【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 材料
1.2 分子對接
1.3 分子動力學模擬
1.4 恒速度拉伸分子動力學模擬
1.5 數(shù)據(jù)分析
2 結果與討論
2.1 A3/A1分子對接結果及結合面的相互作用
2.2 平衡過程中A3/A1復合物的穩(wěn)定性
2.3 突變體W1745C-A3/A1的構建及熱穩(wěn)定性
2.4 W1745C型突變增強A3/A1復合物機械穩(wěn)定性
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