隨著“人類基因組計(jì)劃”的完成,“后基因組時(shí)代”漸漸拉開序幕。蛋白質(zhì)組學(xué)作為其中最為重要的一個(gè)研究領(lǐng)域,開始受到廣泛關(guān)注。蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域的快速發(fā)展為醫(yī)學(xué)和臨床領(lǐng)域注入了新的活力,使得疾病本身的特質(zhì)、疾病進(jìn)展的機(jī)理以及疾病發(fā)生的原因,都可以在分子水平上被進(jìn)一步深入研究。隨著生物領(lǐng)域在蛋白質(zhì)組學(xué)研究方向上的逐漸加深,以及國際人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃、中國人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃、美國臨床蛋白質(zhì)組腫瘤分析計(jì)劃等各大國際、國內(nèi)蛋白質(zhì)組計(jì)劃的逐步開展實(shí)施,在這十幾年間,蛋白質(zhì)組學(xué)已對(duì)各大主要模式生物的生理和病理狀態(tài)下的蛋白質(zhì)表達(dá)譜和變化規(guī)律進(jìn)行了深入、有力的探索。此外,蛋白質(zhì)組學(xué)的最新進(jìn)展還為臨床應(yīng)用提供了新的機(jī)會(huì),包括新生物標(biāo)志物的識(shí)別、疾病進(jìn)展監(jiān)測以及藥物副作用評(píng)估等等。然而,蛋白質(zhì)組學(xué)對(duì)于人類的各個(gè)組織器官在生理?xiàng)l件下的蛋白質(zhì)組還從未涉及。另外,人體的組織或者器官并非完全具有質(zhì)地和組織結(jié)構(gòu)上的均一性。因此,對(duì)這些組織的不同區(qū)域、不同細(xì)胞、不同組織結(jié)構(gòu)也還缺乏更為精細(xì)的研究。此外,在將復(fù)雜的蛋白質(zhì)組學(xué)分析更廣泛地引入臨床應(yīng)用之前,真正意義上的生理狀態(tài)還缺乏準(zhǔn)確的定義,這些真正健康的樣本的采集、制備、存儲(chǔ)、蛋白... 

【文章來源】：華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：91 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

胃黏膜蛋白質(zhì)組分析流程

由于倫理上我們很難收集到絕對(duì)健康人的胃黏膜樣本，因此我們收集的胃黏膜樣本都來自于患有輕度胃病的患者，包括：淺表性胃炎、膽汁返流性胃炎、伴有幽門螺旋桿菌感染的胃炎以及其他輕度胃部不適癥。我們采集了來自 36 個(gè)有輕度胃病的患者的無患病區(qū)域的胃黏膜樣本，總計(jì) 82 例，每個(gè)區(qū)域至少 10 例，其中包括：賁門（Ca）12 例，胃底（Fu）12 例，小彎（LC）11 例，大彎（GC）12 例，角切跡（AI）15 例，胃竇（An）10 例，幽門（Py）10 例。這些樣本的采集都是通過常規(guī)胃鏡活檢從胃的 7 個(gè)解剖區(qū)域中正常的部位獲得的標(biāo)本。舉例來說，如果患者在賁門（Ca）部位患有胃潰瘍，那么我們則采集遠(yuǎn)離賁門的健康部位（如圖 2-2 所示）。此外，對(duì)于每一個(gè)個(gè)體，同一個(gè)區(qū)域的樣本最多被采樣一次。

華東師范大學(xué)博士學(xué)術(shù)論文值除以其對(duì)應(yīng)樣本中所有檢測到的蛋白的 iBAQ 總和。隨后，為了讓這個(gè) F的大小更便于讀寫，我們將該 FOT 值乘以 105，稱之為 iFOT 值。所有的胃黏膜蛋白質(zhì)組的質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)和搜庫數(shù)據(jù)均已經(jīng)通過 iProX 上傳國際標(biāo)準(zhǔn)的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)倉庫 ProteomeXchange，數(shù)據(jù)集 ID 標(biāo)識(shí)PXD011821，可在線下載。2.5 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制數(shù)據(jù)質(zhì)量控制方面，我們使用了覆蓋三個(gè)月采樣時(shí)間段的總計(jì) 26 個(gè) 29準(zhǔn)品進(jìn)行質(zhì)量控制，從而對(duì)質(zhì)譜儀的性能進(jìn)行了評(píng)估。結(jié)果表明，質(zhì)譜儀器穩(wěn)定，可重現(xiàn)性高，Spearman 相關(guān)系數(shù)都能夠達(dá)到 0.8 以上（圖 2-3）。


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