本文關(guān)鍵詞：應(yīng)用主成分分析和分層聚類識別阿爾茨海默病候選基因，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：阿爾茨海默病是一種最常見的癡呆癥。這種疾病是不能治愈的退化性疾病。據(jù)估計，再過40年，全世界每85人就將有一個人會患阿爾茨海默病。然而人們對該病的致病機理知道得并不多。但是阿爾茨海默病的致病機理已經(jīng)有多種假說提出，其中A沉淀假說較為流行。目前，人們已成功識別了4個與阿爾茨海默病有關(guān)的基因，其中有三個是早發(fā)性家族性AD基因（APP、PSEN1和PSEN2）和一個晚發(fā)性AD風(fēng)險因子（APOE）。識別更多與AD病相關(guān)的候選基因變成為了一項重要的研究。目前，通過計算方法分析由DNA微陣列技術(shù)獲得的DNA微陣列數(shù)據(jù)，從而識別與阿爾茨海默病相關(guān)的基因已經(jīng)成為研究AD病成因的一個熱點。主成分分析是一種較為有效的數(shù)據(jù)模型識別方法。聚類分析也是研究事物相似性的一種有效方法。本文將應(yīng)用這兩種方法識別阿爾茨海默病的候選基因。 本文通過主成分分析法發(fā)現(xiàn)了基因表達數(shù)據(jù)的一些數(shù)據(jù)特征。根據(jù)這些特征，應(yīng)用分裂分層聚類法，，將共表達基因聚在一起，從而識別出與已知的四個AD基因的共表達基因168個和63個孤立點基因，其中共表達基因中有4個基因被其它的文獻證實與阿爾茨海默病有關(guān)。從本文的分層聚類效果優(yōu)于Cluster軟件中分層聚類效果，以及4個已被其它文獻證實的候選基因可以看出，本文的算法是有效的。 通過分析本文識別的候選基因，本文得出了一些關(guān)于阿爾茨海默病的可能的致病原因：阿爾茨海默病是因蛋白功能減弱而致細胞凋亡的過程，其中,這些蛋白可能主要位于膜和核上，并且其活性還可能主要與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和調(diào)控轉(zhuǎn)錄有關(guān)。最后，本文還簡要分析了其中的7個候選基因潛在的影響。
【關(guān)鍵詞】：阿爾茨海默病 DNA微陣列技術(shù) 共表達基因 孤立點基因
【學(xué)位授予單位】：四川師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2013
【分類號】：R311;R749.16
【目錄】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 1 引言7-10
• 1.1 阿爾茨海默病及其致病基因研究現(xiàn)狀7-8
• 1.2 基因芯片技術(shù)的介紹與它在識別 AD 候選基因上的應(yīng)用8-9
• 1.3 本文研究的目的和意義9-10
• 2 預(yù)備知識10-12
• 2.1 AD 基因芯片數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)介紹10-11
• 2.2 緊致性介紹11
• 2.3 緊致性與共表達基因之間的一致性11-12
• 3 應(yīng)用主成分分析處理基因表達數(shù)據(jù)12-17
• 3.1 主成分分析的原理介紹12
• 3.2 應(yīng)用主成分分析方法處理基因表達數(shù)據(jù)12-14
• 3.3 觀察數(shù)據(jù)特征14-15
• 3.4 數(shù)據(jù)特征可能的生物學(xué)解釋15-17
• 4 基因數(shù)據(jù)的分層聚類算法介紹17-19
• 5 共表達基因和孤立點基因的識別19-21
• 5.1 共表達基因的識別19
• 5.2 孤立點基因的識別19-21
• 6 實驗結(jié)果21-29
• 6.1 分層聚類算法的比較21-22
• 6.2 候選基因分析22-28
• 6.3 實驗結(jié)果總結(jié)28-29
• 7 候選基因可能的致病機理29-31
• 8 結(jié)論31-33
• 參考文獻33-37
• 附錄37-51
• 1 共表達基因37-39
• 2 孤立點基因39-40
• 3 程序代碼40-51
• 致謝51-52
• 在校期間的科研成果52

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 朱明華;組織微陣列及其在腫瘤病理研究中的應(yīng)用[J];中華病理學(xué)雜志;2002年01期

  本文關(guān)鍵詞：應(yīng)用主成分分析和分層聚類識別阿爾茨海默病候選基因，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：323403