發(fā)布時間：2021-04-24 18:59

　　生活中存在著各種各樣的細菌,其中在革蘭氏染色劑作用下變成紫色的細菌稱之為革蘭氏陽性菌,而被染成紅色的稱為革蘭氏陰性菌。通過齊尼抗酸染色法鑒別呈抗酸性的菌落稱為結(jié)核分枝桿菌,感染革蘭氏陽性菌和結(jié)核分枝桿菌會導致各種各樣的疾病,因此研究革蘭氏陽性菌和結(jié)核分枝桿菌蛋白質(zhì)亞細胞的定位對了解這些疾病的發(fā)病原理具有重要的意義。本文利用最新的UniProtKB/Swiss-Prot蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫重新建立了相似性不超過25%的革蘭氏陽性菌蛋白質(zhì)亞細胞定位的數(shù)據(jù)集,將該數(shù)據(jù)集分為細胞壁、細胞膜、細胞質(zhì)以及細胞外四個位置預測其亞細胞定位。本文先提取了每類革蘭氏陽性菌蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)域信息,分析了這些結(jié)構(gòu)域的結(jié)構(gòu)和功能。選取氨基酸單肽組分信息（AAC）、氨基酸二肽組分信息（DC）、親疏水性二肽組分信息（hpDC）、基因本體注釋信息（GO）、平均化學位移（acACS）以及結(jié)構(gòu)域信息（DI）這六種特征信息作為參數(shù),利用支持向量機算法對革蘭氏陽性菌蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集進行預測。在單特征信息當中氨基酸單肽組分信息預測的結(jié)果最好,預測成功率為74.6%,將單特征信息進行融合,發(fā)現(xiàn)融合特征的預測結(jié)果好于單特征的預測結(jié)果,其中氨基酸單... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
1 緒論
    1.1 研究的背景與意義
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
    1.3 革蘭氏陽性菌的結(jié)構(gòu)和功能
    1.4 論文的研究內(nèi)容和結(jié)構(gòu)安排
2 革蘭氏陽性菌蛋白的結(jié)構(gòu)分析
    2.1 引言
    2.2 數(shù)據(jù)集
    2.3 革蘭氏陽性菌的結(jié)構(gòu)域分析
        2.3.1 細胞壁區(qū)域的結(jié)構(gòu)域
        2.3.2 細胞外區(qū)域的結(jié)構(gòu)域
        2.3.3 細胞質(zhì)區(qū)域的結(jié)構(gòu)域
        2.3.4 細胞膜區(qū)域的結(jié)構(gòu)域
    2.4 小結(jié)
3 特征參數(shù)的選取及預測算法
    3.1 引言
    3.2 特征提取
        3.2.1 氨基酸單肽組分信息
        3.2.2 氨基酸二肽組分信息
        3.2.3 基因本體信息
        3.2.4 親疏水性二肽信息
        3.2.5 平均化學位移
        3.2.6 結(jié)構(gòu)域信息
    3.3 預測算法
        3.3.1 支持向量機
        3.3.2 算法評價
    3.4 小結(jié)
4 革蘭氏陽性菌亞細胞定位的識別
    4.1 引言
    4.2 數(shù)據(jù)集
    4.3 特征參數(shù)預測的結(jié)果
        4.3.1 氨基酸單肽組分信息的預測結(jié)果
        4.3.2 氨基酸二肽組分信息的預測結(jié)果
        4.3.3 基因本體信息的預測結(jié)果
        4.3.4 親疏水性二肽信息的預測結(jié)果
        4.3.5 平均化學位移的預測結(jié)果
        4.3.6 結(jié)構(gòu)域信息的預測結(jié)果
    4.4 結(jié)果與討論
        4.4.1 單特征預測結(jié)果與分析
        4.4.2 融合特征預測結(jié)果與分析
        4.4.3 與他人預測結(jié)果的比較
    4.5 小結(jié)
5 結(jié)核分枝桿菌亞細胞定位的識別
    5.1 引言
    5.2 數(shù)據(jù)集
    5.3 特征參數(shù)的提取
    5.4 結(jié)核分枝桿菌亞細胞定位的預測結(jié)果分析
        5.4.1 單特征參數(shù)的結(jié)果和分析
        5.4.2 融合特征參數(shù)的結(jié)果和分析
        5.4.3 與他人預測結(jié)果的比較
    5.5 小結(jié)
6 論文總結(jié)和展望
    6.1 工作總結(jié)
    6.2 工作展望
致謝
參考文獻
附錄
作者簡介


【參考文獻】：
期刊論文
[1]革蘭氏陽性菌蛋白結(jié)構(gòu)域特征分析[J]. 高曉偉,李鳳敏.  生物信息學. 2020(01)
[2]人類免疫缺陷病毒與結(jié)核分枝桿菌合并感染發(fā)病機制的研究進展[J]. 吳雪韻,沈銀忠.  內(nèi)科理論與實踐. 2019(04)
[3]核定位蛋白的結(jié)構(gòu)域特征分析[J]. 王文娟,李鳳敏.  內(nèi)蒙古大學學報(自然科學版). 2018(01)
[4]使用蛋白質(zhì)和mRNA序列信息預測蛋白質(zhì)亞線粒體定位[J]. 劉娟娟,李前忠,閆振河,薛濟先.  內(nèi)蒙古大學學報(自然科學版). 2017(01)
[5]基于聚類的蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)與三級結(jié)構(gòu)關(guān)聯(lián)研究[J]. 閆慶華,陳綺.  沈陽農(nóng)業(yè)大學學報. 2013(03)
[6]DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具（第三版）[J]. 薛慶中.  新疆農(nóng)業(yè)科學. 2012(07)
[7]革蘭氏染色原理[J]. 李彥華.  遼寧工程技術(shù)大學學報. 2006(S2)

博士論文
[1]核蛋白的亞核定位和植物、非植物及小鼠蛋白質(zhì)的亞細胞定位預測研究[D]. 李鳳敏.內(nèi)蒙古大學 2007

碩士論文
[1]核蛋白的結(jié)構(gòu)分析及蛋白質(zhì)亞核定位預測研究[D]. 王文娟.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學 2018
[2]基于序列和結(jié)構(gòu)信息預測蛋白質(zhì)亞高爾基體定位[D]. 張蕾.內(nèi)蒙古大學 2018
[3]抗凋亡與促凋亡蛋白質(zhì)的高級結(jié)構(gòu)分析及分類預測[D]. 趙晉桃.內(nèi)蒙古大學 2016



本文編號：3157899