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基于VAE的編碼DNA載體阻斷事件聚類(lèi)分析與研究

發(fā)布時(shí)間:2021-04-06 19:45
  納米孔道檢測(cè)技術(shù)是單分子檢測(cè)領(lǐng)域一個(gè)重要的研究方向。對(duì)納米孔道阻斷電流信號(hào)進(jìn)行特征提取和轉(zhuǎn)換,是對(duì)阻斷事件進(jìn)行分類(lèi)以確定分析物種類(lèi)的關(guān)鍵。由于有監(jiān)督學(xué)習(xí)只能對(duì)已知種類(lèi)的阻斷事件進(jìn)行預(yù)測(cè),難以實(shí)現(xiàn)對(duì)信號(hào)本質(zhì)特征的區(qū)分,因此本文基于編碼DNA載體的阻斷事件,利用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的特征提取特性,提出了一種應(yīng)用于納米孔道信號(hào)的無(wú)監(jiān)督聚類(lèi)方法。結(jié)合深度嵌入聚類(lèi)和變分自編碼器(Variational Autoencoder, VAE),實(shí)現(xiàn)了對(duì)阻斷事件的特征轉(zhuǎn)換和聚類(lèi)的整體性訓(xùn)練。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,該聚類(lèi)方法能對(duì)編碼DNA載體阻斷事件提供較好的聚類(lèi)結(jié)果,與其他聚類(lèi)算法相比,最高提升了29%的聚類(lèi)精度,具有更高的聚類(lèi)準(zhǔn)確度。 

【文章來(lái)源】:華東理工大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2020,46(03)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】:8 頁(yè)

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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本文編號(hào):3122022

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