發(fā)布時(shí)間：2021-03-07 14:00

　　目的:通過生物信息學(xué)方法對(duì)Netrin-1蛋白的結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行全面的預(yù)測(cè)分析,從而為癌癥發(fā)病機(jī)制及治療提供理論依據(jù)。方法:利用ProtParam、Genecards、STRING等數(shù)據(jù)庫對(duì)Netrin-1蛋白的序列同源性、亞細(xì)胞定位、理化性質(zhì)、空間結(jié)構(gòu)及蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)及表達(dá)譜進(jìn)行綜合分析。結(jié)果:人Netrin-1蛋白由604個(gè)氨基酸組成,在進(jìn)化過程中高度保守,屬于Laminin_N超家族和NTR_like超家族,是一種親水、不穩(wěn)定的分泌蛋白。該蛋白主要二級(jí)結(jié)構(gòu)為無規(guī)卷曲,存在較多潛在的磷酸化、乙�；稽c(diǎn),其互作蛋白有DCC、UNC5H家族、FYN、BCAR1、MAP1B等,在結(jié)腸癌、乳腺癌、前列腺癌等實(shí)體腫瘤中表達(dá)較高。結(jié)論:綜合Netrin-1蛋白的結(jié)構(gòu)、功能信息,提示其可能通過調(diào)節(jié)多種腫瘤相關(guān)信號(hào)通路促進(jìn)腫瘤惡性進(jìn)展。 

【文章來源】：現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué). 2019,27(09)

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

人Netrin－1蛋白的親水性/疏水性分析Fig．1Hydrophilicity/hydrophobicityanalysisofhumanNetrin－1protein

?潿?Ne-trin－1蛋白的3維結(jié)構(gòu)分析(圖4A)可以看出，Netrin－1的結(jié)構(gòu)為頭對(duì)柄排列，其中球形N末端結(jié)構(gòu)域VI形成頭部，并且三個(gè)連續(xù)桿狀LE結(jié)構(gòu)域構(gòu)成莖。VI(藍(lán)灰)、V－1(淺黃)、V－2(棕黃)和V－3(橙紅)的顏色相應(yīng)地被著色［19］。通過使用Ｒosetta比較模型軟件，我們也初步預(yù)測(cè)了Netrin－1NTＲ區(qū)的三維結(jié)構(gòu)(圖4B)［20］。圖1人Netrin－1蛋白的親水性/疏水性分析Fig．1Hydrophilicity/hydrophobicityanalysisofhumanNetrin－1protein圖2人Netrin－1蛋白的亞細(xì)胞定位Fig．2SubcellularlocalizationofhumanNetrin－1protein圖3人Netrin－1蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)Fig．3SecondarystructurepredictionofhumanNetrin－1protein2．5人Netrin－1蛋白基本結(jié)構(gòu)分析Uniprot網(wǎng)站分析提示人Netrin－1是由N－端VI結(jié)構(gòu)域，三個(gè)層粘連蛋白型表皮生長因子(LE)重復(fù)序列(V－1、V－2和V－3)和帶正電荷的C－端NTＲ結(jié)構(gòu)域構(gòu)成。其中VI區(qū)包含第47～284位的氨基酸，V－1包含第285～340位的氨基酸，V－2包含第341～403位的氨基酸，V－3包含第404～453位的氨基酸，NTＲ區(qū)包含第472～601位的氨基酸(圖5)。NCBIConservedDomain數(shù)據(jù)庫中CD－search(ht-tps://www．ncbi．nlm．nih．gov/Structure/cdd/wrpsb．cgi)的預(yù)測(cè)Netrin－1蛋白屬于Laminin_N超家族和NTＲ_like超家族(圖6)。而其保守結(jié)構(gòu)域與V－1、V－2、V－3結(jié)構(gòu)域相對(duì)應(yīng)，提示它們?cè)诠δ苌暇哂兄匾囊饬x。2．6人Netrin－1蛋白的同源序列對(duì)比與進(jìn)化關(guān)系分析從Uniprot?

圖7Netrin－1蛋白同源序列比對(duì)Fig．7HomologoussequencealignmentofNetrin－1protein圖8人Netrin－1蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹Fig．8ThephylogenetictreeofhumanNetrin－1protein2．9人Netrin－1相互作用蛋白預(yù)測(cè)分析使用STＲING網(wǎng)站對(duì)蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)，得到了如圖11所示的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，該網(wǎng)絡(luò)中標(biāo)注了所能預(yù)測(cè)的與人Netrin－1蛋白相互作用密切的蛋白。蛋白與蛋白之間的距離越近，score越高說明它們之間的關(guān)系越密切，某蛋白發(fā)出的直線越多則說明該蛋白在網(wǎng)絡(luò)中越重要。從圖11中可以看出Netrin－1與UNC5A(Unc－5NetrinreceptorA)、UNC5B(Unc－5NetrinreceptorB)、UNC5C(Unc－5Netrinre-ceptorC)、UNC5D(Unc－5NetrinreceptorD)、DCC(deletedincolorectalcarcinoma)、NEO1(Neogenin1)、DSCAM(DScellad-hesionmolecule)(紅色)已被實(shí)驗(yàn)證明與Netrin－1蛋白相互結(jié)合(實(shí)線)。而FYN(FYNproto－oncogene，Srcfamilytyro-sinekinase)、BCAＲ1(breastcanceranti－estrogenresistance1)、MAP1B(microtubuleassociatedprotein1B)未被實(shí)驗(yàn)證明與Netrin－1直接結(jié)合(虛線)，它們的亞細(xì)胞定位主要在細(xì)胞質(zhì)中。其中FYN與BCAＲ1(綠色)為一簇，MAP1B(藍(lán)色)為另一簇。2．10人Netrin－1蛋白表達(dá)譜分析THEHUMANPＲOTEINATLAS數(shù)據(jù)庫顯示了人Netrin－1蛋白在44個(gè)不同正常組織中的表達(dá)(圖12A)，按照由高表達(dá)到低表達(dá)的順序排列，從圖中可以發(fā)現(xiàn)Netrin－1蛋白在人結(jié)腸、膀胱等組織中中等表達(dá)，在肺等組織中低表達(dá)，在前列腺、乳腺、肝等組織中幾乎無


本文編號(hào)：3069231