本文關(guān)鍵詞：基于Gene Ontology的miRNA功能相似性的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：miRNA功能相似性可以用來預(yù)測未知的miRNA的功能,研究miRNAs之間的相互作用。miRNA序列和結(jié)構(gòu)的相似性可以用來度量miRNA的功能相似性,然而有些miRNA具有相似的序列和結(jié)構(gòu),但是它們卻有不同的功能。因此,需要一個有效的度量方法來度量miRNA之間的功能。由于在很多生物過程中,miRNA通過改變轉(zhuǎn)錄后的靶標(biāo)基因來調(diào)控,所以miRNA的功能相似性可以由它的靶標(biāo)基因來度量。而靶標(biāo)基因的相似性可以用Gene Ontology (GO)來計算。本文提出了一個GO項的混合值來度量兩個miRNA相對應(yīng)的靶標(biāo)基因的GO項的相似性。這個相似性可以轉(zhuǎn)換成為兩個miRNA之間的相似性。這個混合值主要基于項的后繼節(jié)點、深度權(quán)重和項到根項之間邊的關(guān)系。通過譜聚類算法將miRNA聚類,來驗證算法的可行性。采用自我調(diào)整的方法和最小的類內(nèi)距離方差的方法來分別計算出譜聚類中miRNA的鄰矩陣的較優(yōu)參數(shù)和聚類的個數(shù)。結(jié)果表明,本文的方法對算法時間不敏感,能夠很好的度量GO項之間的相似性,從而將功能相似的miRNA聚到一起。與其他傳統(tǒng)的基于邊或基于節(jié)點算法相比,具有更高的準(zhǔn)確度。本文的方法還可以用來對新發(fā)現(xiàn)的miRNA進(jìn)行功能注釋。
【關(guān)鍵詞】：miRNA Gene Ontology 混合值 譜聚類
【學(xué)位授予單位】：廣西大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：Q811.4;Q522
【目錄】：

• 摘要4-5
• ABSTRACT5-8
• 第一章 緒論8-13
• 1.1 研究背景及意義8-9
• 1.2 研究現(xiàn)狀9-11
• 1.3 論文主要內(nèi)容11
• 1.4 本文組織結(jié)構(gòu)11-13
• 第二章 相關(guān)理論知識介紹13-26
• 2.1 Gene Ontology介紹13
• 2.2 相關(guān)定義13-15
• 2.3 相關(guān)研究方法介紹15-21
• 2.3.1 基于節(jié)點的方法15-16
• 2.3.2 基于邊的方法16-19
• 2.3.3 配對和組對的方法19-20
• 2.3.4 選擇GO算法的方法20-21
• 2.4 譜聚類算法介紹21-25
• 2.5 本章小結(jié)25-26
• 第三章 基于混合值的miRNA功能聚類26-38
• 3.1 混合值的計算方法26-29
• 3.2 靶標(biāo)基因的相似度計算29-32
• 3.3 miRNA功能聚類32-34
• 3.4 譜聚類的參數(shù)選擇34-37
• 3.5 本章小結(jié)37-38
• 第四章 實驗結(jié)果與分析38-49
• 4.1 實驗數(shù)據(jù)來源38
• 4.2 時間復(fù)雜度分析38-40
• 4.3 混合值的優(yōu)點40-42
• 4.4 與其他算法的比較42-44
• 4.5 譜聚類參數(shù)比較44-47
• 4.6 miRNA功能聚類的生物學(xué)意義47-48
• 4.7 本章小結(jié)48-49
• 第五章 總結(jié)與展望49-52
• 5.1 全文總結(jié)49-50
• 5.2 未來展望50-52
• 參考文獻(xiàn)52-57
• 致謝57-58
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表論文情況58

【相似文獻(xiàn)】

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 藍(lán)朝旺;基于Gene Ontology的miRNA功能相似性的研究[D];廣西大學(xué);2015年

  本文關(guān)鍵詞：基于Gene Ontology的miRNA功能相似性的研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號：306177