本文關(guān)鍵詞：CUDA平臺(tái)下的復(fù)雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

上海交通大學(xué)工程碩士學(xué)位論文 摘要 CUDA平臺(tái)下的復(fù)雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究 摘 要 復(fù)雜疾病的全基因組基因-基因掃描可以有效發(fā)現(xiàn)多個(gè)基因的相互作 用對(duì)疾病易感性的貢獻(xiàn)。但是這種掃描的計(jì)算量通常非常巨大，限制了它 的實(shí)際應(yīng)用�，F(xiàn)代圖形處理器（GPU，顯卡）已具有非常強(qiáng)大的并行計(jì)算 能力，同時(shí)價(jià)格低廉。因此，在這項(xiàng)研究中我們使用了基于GPU 的算法， 即SHEsisEpi。它僅與多個(gè)位點(diǎn)在全基因組中的易感性相關(guān)，而不受單個(gè)位 點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果（即邊際函數(shù)）影響。 我們分析了 WTCCC 數(shù)據(jù)庫(kù)提供的雙向情感障礙（bipolar disorder, BPD）數(shù)據(jù)，僅耗時(shí)27 小時(shí)就完成了全基因組一共500K 個(gè)SNP 的掃描，， 比傳統(tǒng)的CPU 程序快將近300 倍。 -12 然后，我們通過(guò)對(duì)掃描結(jié)果進(jìn)行篩選（p 5.37×10 ），對(duì)p 值最小并且 符合條件的SNP 組合，用獨(dú)立的樣本進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)（475 個(gè)BPD 病例，480 個(gè)對(duì)照組，漢族人群），證明兩對(duì)基因組合與BPD 的易感性相關(guān)（a 0.05 ）。 可執(zhí)行文件和源代碼可從SHEsis 主頁(yè)進(jìn)行下載（ -x.cn ）。 關(guān)鍵詞：基因-基因相互作用，雙向情感障礙，GPU編程，CUDA 上海交通大學(xué)工程碩士學(xué)位論文 ABSTRACT Genome-wide gene-gene interaction analysis for complex diseases using CUDA platform ABSTRACT Genome-wide gene-gene interaction scan is a promising method to study susceptibility epistasis effects of complex diseases, but its huge computational burden is the biggest challenge for practice. Graphic Processing Unit GPU is highlighted to have extremely high parallel computing ability and low cost. In this study, we developed a GPU-based analytical method, named as SHEsisEpi, which purely focuses on risk epistasis in genome-wide association study GWAS

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