發(fā)布時(shí)間：2017-12-24 08:14

  本文關(guān)鍵詞：CUDA平臺(tái)下的復(fù)雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究　出處：《上海交通大學(xué)》2010年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： 基因-基因相互作用 雙向情感障礙 GPU編程 CUDA

【摘要】： 復(fù)雜疾病的全基因組基因-基因掃描可以有效發(fā)現(xiàn)多個(gè)基因的相互作用對(duì)疾病易感性的貢獻(xiàn)。但是這種掃描的計(jì)算量通常非常巨大,限制了它的實(shí)際應(yīng)用�，F(xiàn)代圖形處理器(GPU,顯卡)已具有非常強(qiáng)大的并行計(jì)算能力,同時(shí)價(jià)格低廉。因此,在這項(xiàng)研究中我們使用了基于GPU的算法,即SHEsisEpi。它僅與多個(gè)位點(diǎn)在全基因組中的易感性相關(guān),而不受單個(gè)位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果(即邊際函數(shù))影響。 我們分析了WTCCC數(shù)據(jù)庫提供的雙向情感障礙(bipolar disorder, BPD)數(shù)據(jù),僅耗時(shí)27小時(shí)就完成了全基因組一共500K個(gè)SNP的掃描,比傳統(tǒng)的CPU程序快將近300倍。 然后,我們通過對(duì)掃描結(jié)果進(jìn)行篩選(p=5.37×10-12),對(duì)p值最小并且符合條件的SNP組合,用獨(dú)立的樣本進(jìn)行重復(fù)實(shí)驗(yàn)(475個(gè)BPD病例,480個(gè)對(duì)照組,漢族人群),證明兩對(duì)基因組合與BPD的易感性相關(guān)( a=0.05 )�？蓤�(zhí)行文件和源代碼可從SHEsis主頁進(jìn)行下載(http://analysis.bio-x.cn)。
【學(xué)位授予單位】：上海交通大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2010
【分類號(hào)】：R318

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 張參軍,劉朝霞;CPU相關(guān)概念淺議[J];衛(wèi)生職業(yè)教育;2003年07期

2 農(nóng)振輝;;CPU故障排除隨我來[J];衛(wèi)生職業(yè)教育;2007年01期

3 張菊芬;成自力;張瓊;;我院服務(wù)器升級(jí)前后性能分析[J];醫(yī)療設(shè)備信息;2006年12期

4 洪國慧;;程控X線機(jī)無故障代碼故障一例[J];醫(yī)療裝備;2009年03期

5 郭剛;;珊頓自動(dòng)染色機(jī)芯片故障維修一例[J];中國醫(yī)療設(shè)備;2010年10期

6 洪國慧;;F52-8C北京萬東程控500mA X線機(jī)ERR11故障成因分析[J];醫(yī)療裝備;2010年11期

7 洪國慧;尚文文;;北京程控500mA X線機(jī)ERR4的排除總結(jié)[J];現(xiàn)代醫(yī)學(xué)儀器與應(yīng)用;2008年01期

8 楊映江;;淺談B超設(shè)備的維修方法[J];中國醫(yī)療設(shè)備;2010年07期

9 洪國慧;;淺談北京高頻機(jī)KV工作原理及其相關(guān)故障分析[J];現(xiàn)代醫(yī)學(xué)儀器與應(yīng)用;2008年03期

10 李梅,呂煒鋒,高向東;產(chǎn)輔酶Q_(10)細(xì)菌CPU0402的初步研究[J];藥物生物技術(shù);2005年03期

相關(guān)會(huì)議論文 前10條

1 李全鋼;張芳;宋振興;;基于CPU卡的一卡通系統(tǒng)在宣鋼2#服務(wù)區(qū)的應(yīng)用[A];2011年河北省冶金信息化自動(dòng)化年會(huì)論文集[C];2011年

2 鄒云鵬;康雁;;基于CPU的光線投射算法的并行計(jì)算方法[A];中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)會(huì)成立30周年紀(jì)念大會(huì)暨2010中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)大會(huì)青年優(yōu)秀論文[C];2010年

3 李求實(shí);王秋月;王珊;;平衡IO和CPU的XML關(guān)鍵詞檢索技術(shù)[A];第26屆中國數(shù)據(jù)庫學(xué)術(shù)會(huì)議論文集（A輯）[C];2009年

4 胡益新;奚永新;;基于雙32位CPU的電除塵控制器的設(shè)計(jì)[A];第十四屆中國電除塵學(xué)術(shù)會(huì)議論文集[C];2011年

5 羅宗揚(yáng);薛利興;左德承;張展;楊孝宗;;基于JTAG的CPU故障注入工具的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[A];第十四屆全國容錯(cuò)計(jì)算學(xué)術(shù)會(huì)議(CFTC'2011)論文集[C];2011年

6 趙朝霞;;淺論梅山2~#石灰豎窯控制系統(tǒng)[A];第十一屆全國自動(dòng)化應(yīng)用技術(shù)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文集[C];2006年

7 樊番;;PLC與智能從站之間的通訊[A];2008年全國軋鋼生產(chǎn)技術(shù)會(huì)議文集[C];2008年

8 樊番;;PLC與智能從站之間的通訊[A];2008年河北省軋鋼技術(shù)與學(xué)術(shù)年會(huì)論文集（下）[C];2008年

9 謝衛(wèi)才;林友杰;彭磊;謝澍;;基于雙CPU的電機(jī)節(jié)能控制[A];第十六屆中國小電機(jī)技術(shù)研討會(huì)論文摘要集[C];2011年

10 肖永順;陳志強(qiáng);張麗;;工業(yè)CT斷層重建算法的通用計(jì)算硬件加速[A];2004年CT和三維成像學(xué)術(shù)年會(huì)論文集[C];2004年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前10條

1 本報(bào)記者 湯銘;CPU：迎接融合時(shí)代[N];計(jì)算機(jī)世界;2011年

2 蘇州國芯科技有限公司董事長 鄭茳;打開國產(chǎn)嵌入式CPU應(yīng)用之路[N];中國電子報(bào);2011年

3 重慶 陳靜;移動(dòng)CPU大躍進(jìn)性能競賽引擔(dān)憂[N];電腦報(bào);2011年

4 本報(bào)記者 劉肖勇;網(wǎng)絡(luò)藍(lán)軍:一塊CPU，，就是一架轟炸機(jī)[N];廣東科技報(bào);2011年

5 劉清;稅務(wù)總局嚴(yán)打虛假出口CPU騙取退稅行為[N];中國貿(mào)易報(bào);2009年

6 何雨欣　李延霞;稅務(wù)總局：嚴(yán)打虛假出口CPU騙稅行為[N];中國企業(yè)報(bào);2009年

7 上海硅知識(shí)產(chǎn)權(quán)交易中心 俞慧月;中國須盡早確定CPU專利對(duì)策[N];中國電子報(bào);2009年

8 黑龍江 高林;彩電CPU故障的分析與速修兩例[N];電子報(bào);2011年

9 記者 孫勇;稅務(wù)總局嚴(yán)打虛假出口CPU騙稅行為[N];經(jīng)濟(jì)日?qǐng)?bào);2009年

10 本報(bào)記者 劉麗麗;浪潮 推新服務(wù)器 國產(chǎn)CPU市場化啟程[N];計(jì)算機(jī)世界;2011年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 肖漢;基于CPU+GPU的影像匹配高效能異構(gòu)并行計(jì)算研究[D];武漢大學(xué);2011年

2 葛海通;32位高性能嵌入式CPU及平臺(tái)研發(fā)[D];浙江大學(xué);2009年

3 朱二周;基于CPU/GPU平臺(tái)的虛擬化技術(shù)研究[D];上海交通大學(xué);2012年

4 王明宇;低功耗雙界面CPU智能卡芯片的研究與設(shè)計(jì)[D];復(fù)旦大學(xué);2011年

5 李波;基于異構(gòu)多核平臺(tái)的優(yōu)化編程研究[D];華中科技大學(xué);2011年

6 鄭丹丹;嵌入式CPU的納米尺度SRAM設(shè)計(jì)研究[D];浙江大學(xué);2009年

7 李敏;基于協(xié)同異構(gòu)模型的成形模擬計(jì)算加速[D];華中科技大學(xué);2010年

8 柴志雷;Java實(shí)時(shí)性及嵌入式實(shí)時(shí)Java處理器研究[D];復(fù)旦大學(xué);2006年

9 廖永波;SOC軟硬件協(xié)同方法及其在FPGA芯片測試中的應(yīng)用研究[D];電子科技大學(xué);2010年

10 林一松;面向GPU的低功耗軟件優(yōu)化關(guān)鍵技術(shù)研究[D];國防科學(xué)技術(shù)大學(xué);2012年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 胡曉菡;CUDA平臺(tái)下的復(fù)雜疾病全基因組基因-基因相互作用研究[D];上海交通大學(xué);2010年

2 徐連軍;雙CPU冗余通信控制系統(tǒng)的研究與實(shí)現(xiàn)[D];西安電子科技大學(xué);2011年

3 林守林;基于CPU利用率的功率調(diào)整策略的研究與實(shí)現(xiàn)[D];中國地質(zhì)大學(xué)（北京）;2010年

4 馮元華;嵌入式多CPU控制器硬件體系分析與設(shè)計(jì)[D];暨南大學(xué);2010年

5 徐峰;雙界面CPU智能卡并行測試儀設(shè)計(jì)開發(fā)[D];復(fù)旦大學(xué);2011年

6 奧飚;運(yùn)用CPU卡的電力收費(fèi)系統(tǒng)中密鑰管理系統(tǒng)的安全性研究與設(shè)計(jì)[D];華北電力大學(xué)（北京）;2011年

7 范曉亮;基于FPGA的雙核模型機(jī)CPU的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[D];東北大學(xué);2008年

8 胡杰;CPU-GPU異構(gòu)平臺(tái)計(jì)算模型的研究與應(yīng)用[D];大連理工大學(xué);2011年

9 成思遠(yuǎn);異構(gòu)（CPU-GPU）計(jì)算機(jī)系統(tǒng)性能評(píng)測與優(yōu)化技術(shù)研究[D];國防科學(xué)技術(shù)大學(xué);2011年

10 謝萌;針對(duì)Multi-core CPU和General Purpose GPU在MATLAB下微分方程常用算法的優(yōu)化[D];河北科技大學(xué);2012年

本文編號(hào)：1327540