本文關(guān)鍵詞：基因功能預(yù)測(cè)的整合算法及其在結(jié)核分枝桿菌基因表達(dá)譜分析中的應(yīng)用

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【摘要】：基因功能預(yù)測(cè)是后基因組時(shí)代生物信息學(xué)領(lǐng)域的重要課題.生物學(xué)機(jī)理的闡釋需要準(zhǔn)確的基因功能的信息,但目前還缺少大規(guī)模測(cè)定基因功能的實(shí)驗(yàn)手段,這使得運(yùn)用計(jì)算方法對(duì)基因功能進(jìn)行預(yù)測(cè)顯得尤為重要,對(duì)這些算法的效率和準(zhǔn)確性要求也越來(lái)越高.在本項(xiàng)研究中開(kāi)發(fā)了一種新的整合算法,將3種比較典型的基于蛋白質(zhì)序列預(yù)測(cè)基因功能的算法GOtcha、PFP和conFunc整合起來(lái),并將其應(yīng)用于結(jié)核分枝桿菌的全基因組功能預(yù)測(cè)中.預(yù)測(cè)結(jié)果通過(guò)不同的角度得到了驗(yàn)證,結(jié)果表明該整合方法不僅使得基于序列進(jìn)行基因功能預(yù)測(cè)的算法可以達(dá)到較高的準(zhǔn)確度,而且較原來(lái)3種方法大幅度提升了預(yù)測(cè)的性能.另外,預(yù)測(cè)結(jié)果也被用于分析結(jié)核分枝桿菌受到卷曲霉素處理前后的基因表達(dá)譜,功能富集分析揭示了卷曲霉素新的可能的抗菌作用機(jī)制,從而顯示出基因功能預(yù)測(cè)重要的潛在應(yīng)用價(jià)值.
【作者單位】： 復(fù)旦大學(xué)生物統(tǒng)計(jì)學(xué)與計(jì)算生物學(xué)系;
【分類(lèi)號(hào)】：Q811.4;R378.911
【正文快照】： 隨著高通量測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展,基因組測(cè)序的效率與質(zhì)量都在不斷提高,同時(shí)測(cè)序的成本持續(xù)下降,使得基因組序列數(shù)據(jù)庫(kù)迅速擴(kuò)容.然而在數(shù)據(jù)庫(kù)中,大量基因的功能仍然是未知的.因此如何利用這些序列數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)其中所包含的生物學(xué)信息,已經(jīng)成為生物科學(xué)領(lǐng)域中的一個(gè)重要課題.由于實(shí)

【共引文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 趙宇中;謝建平;;全球分枝桿菌組學(xué)研究十年縱覽:以結(jié)核分枝桿菌為例[J];微生物學(xué)通報(bào);2013年10期

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 溫書(shū)香;PMA-qPCR技術(shù)用于結(jié)核分支桿菌耐藥性快速檢測(cè)的初步研究[D];石河子大學(xué);2014年

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 張麗娟;成軍;羅軍;;新基因功能預(yù)測(cè)的理論及方法[J];醫(yī)學(xué)分子生物學(xué)雜志;2006年04期

2 邊春象;李勁濤;彭正松;阮期平;;蛇苔細(xì)胞色素C(Cyt C)的序列分析及功能預(yù)測(cè)[J];武漢植物學(xué)研究;2009年04期

3 徐建華,朱家勇;生物信息學(xué)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測(cè)中的應(yīng)用[J];醫(yī)學(xué)分子生物學(xué)雜志;2005年03期

4 劉美;蘇智先;齊剛;胡進(jìn)耀;阮期平;;珙桐熱休克蛋白序列分析及功能預(yù)測(cè)[J];光譜實(shí)驗(yàn)室;2011年01期

5 陳玉芹;王U喼，

本文編號(hào)：1210293