目的:以基因芯片技術(shù)篩查卡波西肉瘤患者腫瘤組織和瘤旁組織中的circRNA差異性,進(jìn)行差異性circRNA的生物學(xué)功能富集及預(yù)測(cè),討論差異性circRNA可能具備的生物學(xué)功能及價(jià)值;為進(jìn)一步研究卡波西肉瘤在非編碼RNA領(lǐng)域的調(diào)控機(jī)制及治療靶點(diǎn)、提供理論支持。方法:選取冷凍保存的卡波西肉瘤患者腫瘤及瘤旁組織標(biāo)本五組(男:女=2:3),檢驗(yàn)標(biāo)本質(zhì)量后提取總RNA之后反轉(zhuǎn)錄為cDNA,使用circRNA芯片雜交后進(jìn)一步掃描篩選出差異性circRNA(篩選標(biāo)準(zhǔn):差異倍數(shù)≥1.5倍,P<0.05);通過(guò)計(jì)算P值篩選出circRNA,將差異性circRNA導(dǎo)入circBase數(shù)據(jù)庫(kù),及circNet,circ2Trait數(shù)據(jù)庫(kù),查找其轉(zhuǎn)錄本、母基因、來(lái)源染色體及區(qū)域,預(yù)測(cè)差異性circRNA的miRNA結(jié)合位點(diǎn),并構(gòu)建circRNA-miRNA-gene_symbol(來(lái)源母基因)表達(dá)網(wǎng)絡(luò),預(yù)測(cè)miRNAs和人類(lèi)的蛋白質(zhì)編碼基因、長(zhǎng)鏈非編碼基因及環(huán)狀RNA間的相互作用關(guān)系,構(gòu)建了相互作用網(wǎng)絡(luò),對(duì)miRNAs-circRNA相互作用組中的蛋白編碼基因運(yùn)用基因本體論(Gene...

【文章頁(yè)數(shù)】：84 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
中英文縮略詞對(duì)照表
前言
1 材料與方法
    1.1 材料和試劑
        1.1.1 主要試劑
        1.1.2 主要儀器
    1.2 研究對(duì)象和臨床標(biāo)本的選擇
    1.3 實(shí)驗(yàn)方法
        1.3.1 對(duì)采集的標(biāo)本進(jìn)行實(shí)驗(yàn)前處理
        1.3.2 對(duì)RNA樣品的檢測(cè)
    1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理
        1.4.1 環(huán)狀RNA芯片初篩
2 數(shù)據(jù)分析
    2.1 原始數(shù)據(jù)的歸一化處理
    2.2 原始數(shù)據(jù)的扁平化處理
    2.3 差異性circRNA數(shù)據(jù)進(jìn)一步分析
        2.3.1 差異基因?qū)蛹?jí)聚類(lèi)
        2.3.2 差異表達(dá)的基因進(jìn)行注釋及GO及KEGG富集分析
        2.3.3 circRNA吸附miRNA預(yù)測(cè)、circRNA-miRNA網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)分析
3 qRT-PCR驗(yàn)證候選環(huán)狀RNA
    3.1 引物設(shè)計(jì)
    3.2 提取總RNA
    3.3 反轉(zhuǎn)錄合成cDNA
    3.4 實(shí)時(shí)熒光定量PCR反應(yīng)
    3.5 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
4 結(jié)果
    4.1 質(zhì)量檢測(cè)結(jié)果
        4.1.1 總RNA質(zhì)量鑒定
    4.2 circRNA表達(dá)譜分布情況
        4.2.1 差異表達(dá)的circRNA
        4.2.2 分層聚類(lèi)分析
        4.2.3 生物信息學(xué)分析
        4.2.4 差異表達(dá)的circRNA的qRT-PCR驗(yàn)證
5 討論
    5.1 卡波西肉瘤國(guó)際及新疆流行現(xiàn)狀及特征
    5.2 卡波西肉瘤病毒特異性及其傳播途徑
    5.3 卡波西肉瘤病理特點(diǎn)與組織來(lái)源
    5.4 卡波西肉瘤與非編碼RNA
        5.4.1 卡波西肉瘤與miRNA
        5.4.2 環(huán)狀RNA與卡波西肉瘤
    5.5 Gene Ontology功能顯著性富集分析
    5.6 KEGG通路富集circRNA分析
    5.7 Y染色體來(lái)源的差異性circRNA:hsa_circ₀092207 及其余特征性circRNA分析
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
文獻(xiàn)綜述
    參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡(jiǎn)介
導(dǎo)師評(píng)閱表?



本文編號(hào)：3790966