痤瘡作為一種常見的皮膚病,發(fā)病率逐年增加。嘗試使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法分析痤瘡宏基因組測序數(shù)據(jù)。使用主成分分析（Principal Component Analysis,PCA）和核主成分分析（Kernel Principal Component Analysis,KPCA）方法分別分析痤瘡患者的患病皮膚（Diseased Skin,DS）樣本集和健康皮膚（Healthy Skin,HS）樣本集,以及正常對照（Normal Control,NC）樣本集,獲得對各自樣本集具有顯著影響的脂質(zhì)。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,KPCA方法可以得到比PCA更豐富的信息,并且得到僅對某一樣本集有顯著影響的脂質(zhì)可以作為判別皮膚狀態(tài)的指標(biāo)。 

【文章來源】：計(jì)算機(jī)仿真. 2020,37(11)北大核心

【文章頁數(shù)】：4 頁

【部分圖文】：

PCA和KPCA累計(jì)貢獻(xiàn)率為95%時(shí)實(shí)驗(yàn)結(jié)果

表1 圖1和圖2中脂質(zhì)編號的具體描述 編號 描述 608 PC(20:0/26:0) 776 PC(34:0/16:0) 1061 Tacrolimus 1205 1-(6-[5]-ladderane-hexanoyl)-2-(8-[3]-ladderane-octanyl)-sn-glycerophosphocholine 1236 1-(8-[3]-ladderane-octanoyl)-2-(8-[3]-ladderane-octanyl)-sn-glycerophosphoethanolamine 1240 PS(22:6(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z,19Z)/18:1(9Z)) 1244 PS(20:5(5Z,8Z,11Z,14Z,17Z)/20:0) 1245 1-(8-[3]-ladderane-octanoyl)-2-(8-[3]-ladderane-octanyl)-sn-glycerophosphoethanolamine 1264 PS(22:6(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z,19Z)/19:1(9Z)) 1266 1-(6-[3]-ladderane-hexanoyl)-2-(8-[3]-ladderane-octanyl)-sn-glycerophosphocholine 1279 1-(6-[3]-ladderane-hexanoyl)-2-(8-[3]-ladderane-octanyl)-sn-glycerophosphocholine 1283 PS(18:4(6Z,9Z,12Z,15Z)/22:0) 1302 PS(20:3(8Z,11Z,14Z)/19:0) 1304 (3"-sulfo)Galbeta-Cer(d18:0/18:0(2OH)) 1311 PS(22:6(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z,19Z)/19:0) 1315 PS(22:2(13Z,16Z)/16:0) 1317 PS(22:6(4Z,7Z,10Z,13Z,16Z,19Z)/19:0) 2331 cimicifoetiside A 2334 GlcAbeta-Cer(d18:1/18:0) 2336 PC(20:5(5Z,8Z,11Z,14Z,17Z)/14:1(9Z))當(dāng)累計(jì)貢獻(xiàn)率為99%時(shí),得到的具體實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖2所示。同樣的,圖中脂質(zhì)對樣本集的影響程度隨著箭頭的方向減小,圖中編號所代表的脂質(zhì)具體描述如表1所示。圖2(a)顯示了PCA和KPCA方法均獲得9種脂質(zhì)對DS樣本集具有很大影響,其中有8種脂質(zhì)是相同的,除此之外,PCA方法發(fā)現(xiàn)No.1302同樣是主成分之一,KPCA也獲得另一種脂質(zhì)No.1244對樣本集的影響較大。對于HS樣本集獲得的實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖2(b)所示,使用KPCA方法得到5種對樣本集有較大影響的脂質(zhì),分別是No.2334,No.2336,No.2331,No.608,No.776,其中4種與PCA方法發(fā)現(xiàn)的脂質(zhì)相同。在圖2(c)中,使用PCA和KPCA方法得到相同的實(shí)驗(yàn)結(jié)果,均包括15種脂質(zhì)對NC樣本集具有顯著影響。


本文編號：3038869