【摘要】： 研究背景銀屑病(Psoriasis,PS,OMIM#177900)是一種以紅斑、鱗屑為主要表現(xiàn)的慢性炎癥性皮膚病,人群中患病率為0.1-5%,漢族人群患病率約為0.123%,中國目前銀屑病患者已超過400萬。臨床上以尋常型銀屑病(Psoriasis vulgaris, PsV)最為多見,占患者總數(shù)的90%以上。銀屑病的發(fā)病機(jī)制尚未明確,多認(rèn)為是由遺傳、免疫及環(huán)境因素共同作用機(jī)制所致。在過去的20余年中,國內(nèi)外已有多項(xiàng)研究采用全基因組掃描的方法定位銀屑病的易感位點(diǎn),目前被OMIM(On line Mendelian Inheritance in Man,人類在線孟德爾遺傳)收錄的銀屑病易感基因位點(diǎn)共有11個(gè),它們分別是:6p21.3(PSOPS1)、17q25(PSOPS2)、4q(PSOPS3)、1q21(PSOPS4)、3q21(PSOPS5)、19p13(PSOPS6)、1p (PSOPS7)、16q (PSOPS8)、4q31 (PSOPS9)、18p11(PSORS10)和5q31.1-q33.1(PSORS11)。同時(shí),國內(nèi)外研究采用連鎖和關(guān)聯(lián)分析的方法,在這些區(qū)域內(nèi)進(jìn)一步確定了CCHCR1、HLA-C、HCG27、POU5F1、TCF19CDSN、LCE、IL12B、IL23R、IL15和IL20等銀屑病易感基因或者與銀屑病患病危險(xiǎn)度相關(guān)的遺傳變異體。 2002年,本課題組通過61個(gè)漢族人銀屑病家系進(jìn)行連鎖分析,發(fā)現(xiàn)在9q33上可能存在漢族人銀屑病的連鎖位點(diǎn),2005年,通過加大樣本量對160個(gè)漢族人銀屑病家系進(jìn)行全基因掃描精細(xì)定位研究,證實(shí)9q33-34區(qū)域內(nèi)存在銀屑病易感位點(diǎn)。近期,本課題組對漢族人銀屑病易感基因進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association study ,GWAS),在Illumina 610芯片基因分型數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)9q33-34區(qū)域內(nèi)可能存在與銀屑病易感性相關(guān)的單核甘酸多態(tài)性(Single nucleotide polymorphisms, SNP)。 目的研究9q33-34區(qū)域8個(gè)SNPs與漢族人銀屑病易感性的關(guān)系。 方法結(jié)合本課題組銀屑病易感基因的全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù),應(yīng)用Sequenom MassArray質(zhì)譜陣列技術(shù)對9q33-34區(qū)域8個(gè)SNPs進(jìn)行基因分型(1,103例銀屑病患者和1,104例正常對照),用Plink 1.03軟件對數(shù)據(jù)資料進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。 結(jié)果8個(gè)SNPs的等位基因頻率在病例組和對照組之間的差異無顯著性(P0.05)。 結(jié)論9q33-34區(qū)域8個(gè)SNPs與漢族人銀屑病易感性不相關(guān)。
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2009
【分類號(hào)】：R758.63
【圖文】：

等位基因 病例 對照 P OR 95%C09502 A/G 0.126 0.099 3.86×10-31.314 1.091-1.243648 C/A 0.240 0.201 1.66×10-31.253 1.088-1.379987 A/G 0.309 0.349 3.82×10-30.833 0.736-0.33922 A/G 0.188 0.219 9.99×10-30.827 0.715-0.23309 A/G 0.267 0.305 4.26×10-30.829 0.728-0.59525 A/G 0.223 0.261 2.60×10-30.811 0.708-0.5382 A/G 0.419 0.461 4.88×10-30.845 0.751-0.6620 A/G 0.289 0.342 1.21×10-40.782 0.690-0..3 引物設(shè)計(jì)及合成.3.1 基因的序列獲取在 Mysequenom網(wǎng)站中注冊成用戶。在NCBI的網(wǎng)頁（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/）分別輸入8個(gè)SN位點(diǎn)的名稱，按照dbSNP batch reportor格式顯示（圖1）。

圖 2 郵箱界面中的網(wǎng)址Fig 2 Web address in the interface of email4) 在 Mysequenom 網(wǎng)站的 TOOLS 工具欄選擇 Genotyping。5) 點(diǎn)擊 RS format，在 Browse 按鈕中選擇 NCBI 網(wǎng)站發(fā)送到郵箱的文件。6) 網(wǎng)站對序列的格式化完成后在 Sent to 欄中，選擇 ProxSNP。7) 開始 ProxSNP，點(diǎn)擊 Begin Start。8) 上述步驟完成后，在 Sent to 欄中欄中選擇 PreXTEND。9) 開始 ProxSNP，點(diǎn)擊 Begin Start。10) 在產(chǎn)生結(jié)果中，選擇 OUTPUT，并把文件內(nèi)容復(fù)制在新的 txt 文件中（圖 3）。

圖 3 txt 文件內(nèi)容Fig 3 Content of txt file.5.3.2 結(jié)合文獻(xiàn)并采用AssayDesigner3.0軟件進(jìn)行引物設(shè)計(jì)) 在軟件 SNP Group 欄中選擇 Browse 按鈕，找到上述產(chǎn)生的 txt 文件。) 在 Aassy Design 欄中選擇 SBE Mass Extend，并在 SBE stop mix 欄中選擇 Multiplex Level 按照實(shí)際情況選擇不同的反應(yīng)重?cái)?shù)（圖 4）。

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前3條

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3 張學(xué)軍,陳珊宇,王福喜,劉濤峰,魏生才,王紅艷,張學(xué)奇,楊森;尋常型銀屑病遺傳流行病學(xué)分析[J];中華皮膚科雜志;2000年06期

本文編號(hào)：2794304