【摘要】：背景:銀屑病是一種常見的慢性炎癥性皮膚病。其病因和發(fā)病機(jī)制不清。目前考慮其發(fā)病主要原因與感染、環(huán)境、遺傳等具有一定相關(guān)性。目前作為銀屑病可能病因之一的體表微生物的相關(guān)研究較少,并且其研究對象多以尋常型銀屑病為主,而針對具有上呼吸道感染史的急性點(diǎn)滴型銀屑病患者皮損表面微生物的研究則是空白。目的:收集急性點(diǎn)滴型銀屑病患者皮膚表面微生物樣本,進(jìn)行16SrDNA基因二代測序分析。通過測序分析結(jié)果觀察其皮損表面微生物與健康人皮膚表面微生物多樣性、微生物群落結(jié)構(gòu)差異及兩組間差異物種,并進(jìn)一步評價此差異與急性點(diǎn)滴型銀屑病發(fā)病的相關(guān)性。方法:臨床病例取材為天津市中醫(yī)藥研究院附屬醫(yī)院門診確診的急性點(diǎn)滴型銀屑病患者11例,對照組選擇與患者組年齡相近,性別一致的外觀正常的健康人11例,使用無菌棉拭子分別對患者組與對照組相一致的部位進(jìn)行取材,每個部位加壓取材不少于30s,并收集到無菌離心管中,置于低溫冰箱備用。隨后進(jìn)行DNA抽提、質(zhì)檢,PCR擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物的混樣及提純,構(gòu)建文庫、上機(jī)測序,對樣本進(jìn)行生物注釋。最后采用Alpha多樣性分析物種復(fù)雜度、Beta多樣性分析樣本間物種結(jié)構(gòu)差異性,t檢驗(yàn)及LEfSe分析組間差異物種。結(jié)果:(1)OTU聚類結(jié)果表明樣本間分布均勻,兩組各樣本在門水平上組成相似,無差異,以變形菌門(Proteobacteria)、放線菌門(Actinobacteria)、厚壁菌門(Firmicutes)為主。(2)Alpha多樣性分析樣品復(fù)雜度結(jié)果表示兩組無顯著差異,多樣性指數(shù)經(jīng)統(tǒng)計分析,p=0.592。Beta多樣性分析兩組間微生物群落結(jié)構(gòu)結(jié)果表示兩組無顯著差異,β多樣性指數(shù)統(tǒng)計分析,p=0.556。各樣本微生物群落結(jié)構(gòu)相似性分析表示兩組在微生物群落結(jié)構(gòu)上存在差異趨勢。(3)兩組間發(fā)現(xiàn)不動桿菌屬(Acinetobacter)為差異物種,并且在患者組中起主要作用,經(jīng)t檢驗(yàn)篩選屬水平具有顯著差異的物種,不動桿菌屬為豐度最高的具有顯著差異的物種,p=0.047,此外,藍(lán)藻菌門未命名的葉綠體屬在兩組對比中存在統(tǒng)計學(xué)差異,p=0.037。結(jié)論:初發(fā)或者復(fù)發(fā)的具有上呼吸道感染史的急性點(diǎn)滴型銀屑病病例,其皮損表面微生物可能正在由一個穩(wěn)定狀態(tài)發(fā)展到另一個穩(wěn)定狀態(tài),這種改變可能與疾病的發(fā)展程度有關(guān),而不動桿菌屬可能在此變化中起到一定作用。但不動桿菌屬與具有上呼吸道感染史的急性點(diǎn)滴型銀屑病發(fā)病的因果關(guān)系有待確定。一定豐度的藍(lán)藻菌門葉綠體綱及以下水平的物種可能參與維持正常皮膚的生態(tài)微生物的穩(wěn)定。
【圖文】：

圖 1a.1-19 二次實(shí)驗(yàn)樣本的 DNA 瓊脂糖凝膠電泳圖圖 1b.35-44 預(yù)實(shí)驗(yàn)樣本 DNA 瓊脂糖凝膠電泳圖注：圖 1a，b，中標(biāo)為標(biāo)準(zhǔn)品，上樣 5μL(10ng/μL)；M-1 為 Trans 2k plus，上樣 2μL；M-2 為 Trans15k plus，上樣 2μL；白色數(shù)字為樣本序列號，原液上樣 5μL。

12圖 1b.35-44 預(yù)實(shí)驗(yàn)樣本 DNA 瓊脂糖凝膠電泳圖注：圖 1a，b，中標(biāo)為標(biāo)準(zhǔn)品，上樣 5μL(10ng/μL)；M-1 為 Trans 2k plus，上樣 2μL；M-2 為 Trans15k plus，上樣 2μL；白色數(shù)字為樣本序列號，原液上樣 5μL。序列號由 1 到 19 為后期正式實(shí)驗(yàn)結(jié)果，序列號由 35 到 44 的 10 個條帶為前期 6 例樣本的預(yù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果（部分樣本包含多個序號）。從圖中可看出樣本有輕微的彌散和雜帶，無其他顏色，無雜質(zhì)或 RNA 污染。根據(jù) DNA 抽提質(zhì)量（m）與以上 DNA 瓊脂糖凝膠電泳顯示條帶情況綜合分析，m 不小于 200ng 為 A 等級，m 不足 200ng 為 B 等級，，m 小于 100ng 為 C等級。A 等級表示樣本產(chǎn)物目的條帶大小正確，總量滿足 2 次或者 2 次以上建庫，樣本可進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)；B 等級表示樣本產(chǎn)物目的條帶大小正確，總量滿足 1次但不足 2 次建庫需要，可嘗試進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)或啟用備份樣本；C 等級表示樣本
【學(xué)位授予單位】：天津醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：R758.63

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2599283