本文關(guān)鍵詞：miRNA調(diào)控惡性黑色素瘤細(xì)胞上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化的分子網(wǎng)絡(luò)及機(jī)制　出處：《遺傳》2015年07期 　論文類型：期刊論文

  更多相關(guān)文章： 黑素色瘤 轉(zhuǎn)錄組 miRNA組 上皮 間充質(zhì)細(xì)胞轉(zhuǎn)化

【摘要】：黑色素瘤是一種極易發(fā)生轉(zhuǎn)移的惡性皮膚腫瘤,具有高度的致死性。上皮 間充質(zhì)細(xì)胞轉(zhuǎn)化(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)在胚胎發(fā)育過(guò)程中起到非常重要的作用,同時(shí)在腫瘤的發(fā)生和惡化過(guò)程中也扮演著重要的角色。mi RNA具有廣譜的調(diào)節(jié)能力,對(duì)于腫瘤發(fā)生和EMT形成都能產(chǎn)生不同程度的影響。本文整合黑色素瘤細(xì)胞系轉(zhuǎn)錄組和mi RNA組測(cè)序數(shù)據(jù),在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中篩選得到參與腫瘤EMT過(guò)程的基因,通過(guò)Mirsystem軟件預(yù)測(cè)并從mi RNA組數(shù)據(jù)中篩選出與之負(fù)相關(guān)的11個(gè)mi RNA,包括mi R-130a-3p、mi R-130b-3p、mi R-125a-5p、mi R-30a-3p、mi R-195-5p、mi R-345-5p、mi R-509-3-5p、mi R-374a-5p、mi R-509-5p、mi R-148a-3p和mi R-330-3p。經(jīng)過(guò)生物信息學(xué)分析mi RNA靶基因富集的分子網(wǎng)絡(luò)和信號(hào)途徑,發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)與細(xì)胞發(fā)育和細(xì)胞間相互作用密切相關(guān)的網(wǎng)絡(luò),以及多個(gè)參與調(diào)控EMT過(guò)程的信號(hào)通路。對(duì)11個(gè)mi RNA進(jìn)行分子生物學(xué)驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)mi R-195-5p、mi R-130a-3p、mi R-509-5p和mi R-509-3-5p共4個(gè)可以調(diào)節(jié)重要腫瘤基因的mi RNA。本研究運(yùn)用m RNA和mi RNA兩種轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序數(shù)據(jù)篩選EMT相關(guān)mi RNA的方法,為腫瘤多組學(xué)數(shù)據(jù)整合分析提供了新的研究思路,并以期能為腫瘤精準(zhǔn)基因組學(xué)的發(fā)展發(fā)揮重要的推進(jìn)作用。
[Abstract]:Melanoma is a malignant skin tumor that can easily metastasize. Epithelial-mesenchymal transition (Epithelial-mesenchymal transition) is highly lethal. EMTs play a very important role in embryonic development, and also play an important role in tumorigenesis and progression. Mi RNA has broad-spectrum regulatory ability. It has different effects on tumorigenesis and EMT formation. This paper integrates the sequence data of melanoma cell line transcriptome and mi RNA group. The genes involved in tumor EMT process were screened from transcriptional data, and 11 mi RNA negatively correlated with these genes were predicted by Mirsystem software and screened from mi RNA group data. Including mi R-130a-3pnmmi R-130b-3pnmmi R-125a-5pnmi R-30a-3pnmmi R-195-5p. Mi R-345-5pN mi R-509-3-5pnmmi R-374a-5pnmmi R-509-5p. Mi R-148a-3p and mi R-330-3p. The molecular network and signal pathway of the enrichment of the target gene of mi RNA were analyzed by bioinformatics. Two networks were found to be closely related to cell development and intercellular interactions, as well as several signaling pathways involved in the regulation of EMT processes. Molecular biological verification of 11 mi RNA was performed. It was found that mi R-195-5png mi R-130a-3p. Mi R-509-5p and mi R-509-3-5p have four genes that can regulate important tumor genes. This study used m RNA and mi. Methods of screening EMT related mi RNA by sequencing data of two transcriptional groups of RNA. It provides a new research idea for the integration and analysis of tumor multi-group data, and hopes to play an important role in promoting the development of tumor precise genomics.
【作者單位】： 中國(guó)人民解放軍總醫(yī)院皮膚科;解放軍第309醫(yī)院;中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所中國(guó)科學(xué)院基因組科學(xué)與信息重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;中國(guó)科學(xué)院大學(xué);
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目(編號(hào):31471236) 國(guó)家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃項(xiàng)目(863計(jì)劃)(編號(hào):2012AA022502)資助
【分類號(hào)】：R739.5
【正文快照】： 1.中國(guó)人民解放軍總醫(yī)院皮膚科,北京100853;2.中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所,中國(guó)科學(xué)院基因組科學(xué)與信息重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,北京100101;3.中國(guó)科學(xué)院大學(xué),北京100049;4.解放軍第309醫(yī)院,北京100091Molecular networks and mechanisms of epithelial-mesenchymaltransition regulated b

【共引文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1380005