本文關(guān)鍵詞：中國漢族人群大皰性類天皰瘡全基因組關(guān)聯(lián)分析研究

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【摘要】：研究背景大皰性類天皰瘡（Bullous pemphigoid，BP）是一種慢性自身免疫性表皮下大皰病。好發(fā)于老年人，兒童罕見，臨床表現(xiàn)為皮膚皰壁緊張的漿液性水皰或大皰，尼氏征陰性，多散布在四肢的屈側(cè)、下肢以及腰部等處。BP的發(fā)病率低，歐洲人群BP的年發(fā)病率大約為1/10萬-7/10萬。在中國人群中，BP病例約占門診病例的0.02%左右。在年齡大于80歲的老年人群體中，BP的年發(fā)病率明顯增多，大約為150-330/100萬。罹患類天皰瘡的1年內(nèi)的死亡率大約為20%-40%，但在中國人群的死亡率（12%）低于歐洲人群。 迄今為止，BP的病因和發(fā)病機制尚不明確，自身免疫反應機制被認為是導致疾病發(fā)生的主要原因，其致病過程包括補體的激活、炎癥細胞的聚集、釋放蛋白水解酶以及直接干擾自身抗原的粘附功能等步驟。BP發(fā)病過程中，體液免疫與細胞免疫介導過程皆需要B淋巴細胞與CD4+Th細胞的共同參與。自身抗原被抗原遞呈細胞捕獲、處理，同時結(jié)合到主要組織相容性復合體II類分子而暴露在細胞的表面。T細胞通過受體介導的識別抗原，激發(fā)各種細胞因子的釋放，促進B細胞產(chǎn)生抗體。鑒于這種免疫機制，HLA基因可能是BP發(fā)病機制中最重要的遺傳易感性因素。 通過候選基因的方法發(fā)現(xiàn)MHC區(qū)域HLA-II類基因，以及非MHC基因與BP的相關(guān)性。在不同地域的高加索人群中，均發(fā)現(xiàn)HLA-DQB1*0301與BP具有顯著相關(guān)性。然而，不同種族和地域的遺傳背景差異可能是造成遺傳異質(zhì)性的主要因素。印度人群同樣發(fā)現(xiàn)HLA-DQB1*0301等位基因與BP相關(guān)，但在中國和日本人群中卻截然不同。其次是從BP可能的發(fā)病機制中，篩選如COL17A1基因、IGHV基因、以及細胞因子基因，探討與BP的遺傳易感性。BP可能是一種由多個因素共同作用而導致的復雜性疾病。當前對復雜疾病遺傳學研究的主要策略包括如連鎖分析研究、功能候選基因關(guān)聯(lián)研究等方法都存在一定的局限性。因此，開展BP的GWAS研究，對BP遺傳學基礎以及發(fā)病機制的認識具有重要意義。 目的利用全基因組關(guān)聯(lián)分析研究方法在全基因組范圍內(nèi)搜尋與BP關(guān)聯(lián)的遺傳變異，鑒定出中國漢族人群BP的易感基因/位點；構(gòu)建中國人群BP病例與對照的全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù)庫。 方法根據(jù)樣本收集的標準，從遺傳資源協(xié)作網(wǎng)醫(yī)院收集BP患者和正常對照樣本，分成2個各自獨立中國南方人群和北方人群樣本。利用HumanOmniZhongHua-8全基因組SNP分型芯片分別對來自中國北方的91例BP患者和575例正常對照，以及中國南方138例BP病例和991例對照進行SNPs分型；對兩組人群的SNP分型數(shù)據(jù)，分別經(jīng)過嚴格的質(zhì)控后進行聯(lián)合Meta分析以及單倍型分析。 結(jié)果1）經(jīng)過多種嚴格的數(shù)據(jù)質(zhì)控后，本課題組構(gòu)建了中國漢族北方與南方人群，包括229例BP病例和1566例正常對照801,392個常染色體SNPs的大皰性類天皰瘡GWAS數(shù)據(jù)庫。 2）通過對中國漢族北方人群和南方人群GWAS數(shù)據(jù)Meta分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)1個新的易感位點1q43（rs72766895，P=6.38×10-9，OR=3.14）與BP顯著相關(guān)；該區(qū)域內(nèi)的PLD5基因在功能學可能與BP發(fā)病過程中的發(fā)病機制相關(guān)，提示PLD5基因為BP的易感基因。 3）發(fā)現(xiàn)2個與BP相關(guān)聯(lián)的提示易感位點，分別位于18q21.31（SNP rs117788424,P=1.38×10~(-7)，，OR=2.51）和2p25.3區(qū)域內(nèi)（SNP rs12988270，P=1.96×10~(-7)，OR=2.52），該LD區(qū)域內(nèi)相關(guān)基因的功能學證據(jù)提示18q21.31和2p25.3為BP的遺傳易感區(qū)域。 4）對既往報道的HLA基因與BP的相關(guān)性進行驗證，進一步證實HLA與BP的相關(guān)性，同時發(fā)現(xiàn)位于HLA-II基因區(qū)域存在風險性的單倍型（P=3.29×10~(-8), OR=1.92）。結(jié)論本課題在中國漢族人群中開展BP的GWAS研究，首次在非MHC區(qū)域發(fā)現(xiàn)一個新的與疾病相關(guān)易感位點，兩個提示易感位點；通過單倍型分析發(fā)現(xiàn)與BP相關(guān)的HLA-II基因區(qū)域風險性單倍型，并進一步證實HLA與BP的相關(guān)性;首次構(gòu)建第一個中國漢族人群大皰性類天皰瘡病例與正常對照的全基因組關(guān)聯(lián)分析數(shù)據(jù)庫。本研究在強調(diào)免疫因素在BP發(fā)病過程中重要性的同時，還提示與BP致病通路相關(guān)的遺傳變異對疾病的影響。本研究將加深對BP的遺傳學基礎的認識，同時為BP的發(fā)病機制研究提供新的證據(jù)。
【關(guān)鍵詞】：大皰性類天皰瘡 全基因組關(guān)聯(lián)分析 易感基因
【學位授予單位】：安徽醫(yī)科大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2013
【分類號】：R758.66
【目錄】：

• 英文縮略詞表7-9
• 摘要9-12
• Abstract12-15
• 1 前言15-23
• 1.1 研究背景15-20
• 1.2 研究思路20-23
• 2 實驗材料與方法23-45
• 2.1 研究對象23
• 2.2 實驗試劑23-25
• 2.2.1 DNA 提取試劑23-24
• 2.2.2 電泳試劑24
• 2.2.3 全基因組基因分型試劑24-25
• 2.3 實驗儀器25-27
• 2.3.1 DNA 提取器材25
• 2.3.2 電泳儀器25-26
• 2.3.3 測 OD 值儀器26
• 2.3.4 全基因組 SNP 分型儀器26-27
• 2.5 實驗方法27-39
• 2.5.1 全血標本采集27
• 2.5.2 基因組 DNA 提取27-28
• 2.5.3 DNA 濃度檢測與標準化28-29
• 2.5.4 電泳液的配置29-30
• 2.5.5 上樣緩沖液的配置30
• 2.5.6 基因組 DNA 電泳檢測30-32
• 2.5.7 全基因組 SNPs 基因分型32-39
• 2.6 數(shù)據(jù)質(zhì)控和統(tǒng)計分析39-45
• 2.6.1 分析軟件和電子數(shù)據(jù)庫查詢信息39-42
• 2.6.2 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制42
• 2.6.3 初篩實驗的 SNP 質(zhì)控42-43
• 2.6.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析43-45
• 3 結(jié)果45-73
• 3.1 研究對象一般情況和 SNP 數(shù)據(jù)45
• 3.2 中國北方人群全基因組 SNPs 分型數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析結(jié)果45-55
• 3.3 中國南方人群全基因組 SNPs 分型數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析結(jié)果55-66
• 3.4 兩組人群全基因組分型數(shù)據(jù) Meta 結(jié)果分析66-73
• 3.4.1 BP 與 1q43 區(qū)域顯著相關(guān)66-70
• 3.4.2 BP 相關(guān)的提示易感位點70-71
• 3.4.3 HLA-II 基因與 BP 的相關(guān)性71-73
• 4 討論73-81
• 4.1 HLA 與大皰性類天皰瘡73-75
• 4.2 大皰性類天皰瘡新的易感區(qū)域 1q4375-78
• 4.3 大皰性類天皰瘡的提示易感位點78-80
• 4.4 后期研究展望80-81
• 5 結(jié)論81-82
• 6 參考文獻82-94
• 附錄94-97
• 致謝97-99
• 課題綜述99-125
• 參考文獻114-125

【共引文獻】

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9 李

本文編號：1014319