本文關(guān)鍵詞：云南省玉溪市50歲及以上HIV陽性人群分子流行病學研究

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【摘要】：[目的]了解云南省玉溪市50歲及以上HIV陽性人群HIV基因型、基因亞型的分布和特征,在此基礎(chǔ)上進一步探索和分析該市HIV在50歲及以上人群中的傳播規(guī)律以及HIV生物學特性,為遏制HIV在50歲及以上人群中的流行提供參考依據(jù)。[方法]本研究采用橫段面調(diào)查方法,對截至2014年8月31日玉溪市存活的50歲及以后感染HIV的感染者/AIDS患者進行流行病學調(diào)查。采集血樣,分離血漿后使用RNA核酸提取試劑盒提取核酸并進行RT-PCR和巢式PCR擴增HIV-1 gag和env基因片段；對目的基因片段進行序列測定后使用SeqMan軟件進行序列拼接和處理；使用MEGA軟件進行系統(tǒng)進化樹構(gòu)建以及遺傳距離的分析；使用SimPlot軟件對可能發(fā)生重組的毒株基因序列進行重組分析；利用R5/X4-pred在線服務(wù)軟件對HIV細胞輔助受體進行預(yù)測。使用SPSS軟件對玉溪市50歲及以上HIV陽性人群流行病學特征和分子流行病學資料進行分析。利用Epi Info和GeoDa軟件制作流行病學地圖和進行空間分布分析。[結(jié)果]本次研究共調(diào)查玉溪市50歲以上HIV陽性173人,其中男性108人(62.4%),女性65人(37.6%),平均年齡為57.6±7.9歲,HIV感染年齡主要集中在50歲～(112人,占64.7%),職業(yè)以農(nóng)民為主(66.7%),民族以漢族為主(75.1%),文化程度以小學文化程度為主(45.1%),接觸史以非婚異性性行為為主(71.1%),其次為配偶/固定性伴陽性(23.1%)；感染途徑以異性傳播感染為主(93.1%)。配偶HIV陽性66人(38.2%)。感染后首次平均CD4細胞計數(shù)為373.8±236.8/mm3,CD4細胞計數(shù)以300/mm3～及以下水平為主(58.9%),127人(73.4%)已接受抗病毒治療。玉溪市所轄9縣區(qū)共計有48個鄉(xiāng)鎮(zhèn)均有50歲及以上HIV感染者/AIDS患者分布；其中50歲及以上HIV感染者/AIDS患者人數(shù)排名前5的分別是元江縣、通�？h、新平縣、紅塔區(qū)和華寧縣。2009年以前玉溪市各縣區(qū)50歲及以上HIV感染者AIDS患者數(shù)量較少且分布較為分散,2009年以后各縣區(qū)報告的50歲及以上HIV/AIDS病例逐年增加�？臻g自相關(guān)分析后發(fā)現(xiàn),2012年以后50歲及以上HIV感染者AIDS患者在鄉(xiāng)鎮(zhèn)級的空間分布上存在負相關(guān)聚集性,即HIV/AIDS分布總體上為離散分布,局部地區(qū)為聚集分布。截至2014年9月,局部空間自相關(guān)Gi*熱點地圖顯示,玉溪市50歲及以上HIV感染者/AIDS患者在鄉(xiāng)鎮(zhèn)分布上有9個熱點鄉(xiāng)鎮(zhèn),主要集中在玉溪市西南部的元江和新平縣。本次研究共有100份樣本獲得有效HIV-1目的基因序列,HIV核酸提取和擴增成功率為57.8%；獲得的100分序列樣本在流行病病學特征和樣本地區(qū)來源上與173例納入研究的樣本基本一致,能代表和反應(yīng)玉溪市50歲及以上HIV陽性人群分子流行病學特征。100例HIV核酸陽性樣本中共檢出CRF08_BC型50例(50.0%), CRF07_BC型37例(37%),C型6例(6.0%),CRF01_AE型3例(4.0%)和CRF_01B型2例(2.0%)。CRF08_BC型是玉溪市50歲及以上HIV陽性人群中主要的流行毒株；彝族和傣族陽性人群則以CRF07_BC型為第一流行株,不同基因型毒株在不同民族人群中的分布差異有統(tǒng)計學意義(x2=66.982, Fisher's P=0.048)。CRF08_BC型毒株主要流行于玉溪市東部地區(qū),CRF07_BC型毒株主要流行于玉溪市西南地區(qū)的。遺傳距離分析結(jié)果推測CRF07_BC、 CRF08_BC和C型毒株進入玉溪市的時間較晚,在玉溪市流行的時間較短。根據(jù)系統(tǒng)進化樹上CRF07_BC、CRF08_BC亞型不同傳播簇遺傳距離的不同,推測CRF07_BC型毒株可能最早在新平縣50歲以上人群中流行并逐漸向其他縣區(qū)傳播和蔓延。CRF08_BC型毒株可能最早在通�？h50歲以上人群中流行并逐漸向縣區(qū)傳播和蔓延。在生物學特性方面,83例(89.2%)樣本使用CCR5輔助受體侵染細胞,10例(10.8%)樣本使用CXCR4輔助受體侵染細胞。不同基因型HIV-1樣本的細胞輔助受體類型差異有統(tǒng)計學意義(x2=23.805, Fisher's P值0.001); CRF07_BC、 CRF08 BC和C型毒株感染的樣本基本上多數(shù)使用CCR5型細胞輔助受體,而CRF01_AE和CRF_01B亞型毒株感染的樣本細胞輔助受體大多數(shù)為CXCR4型。[結(jié)論]近年來玉溪市50歲及以上人群中HIV疫情逐年上升,HIV在玉溪市50歲及以上人群中的流行具有一定程度的時間和空間特征,HIV感染者/AIDS患者主要分布在玉溪市經(jīng)濟水平相對發(fā)達的縣區(qū)和鄉(xiāng)鎮(zhèn)。50歲及以上人群HIV傳播模式基本為經(jīng)異性性接觸傳播同時還存在一定數(shù)量的婚內(nèi)性接觸傳播。大多數(shù)感染者在確證HIV感染時CD4細胞計數(shù)水平已處于較低的水平,部分感染者在確證HIV感染時已進入AIDS期。研究發(fā)現(xiàn)CRF08_BC亞型毒株是玉溪市50歲及以上HIV陽性人群中的第一流行毒株,不同基因型毒株在不同地區(qū)和不同民族人群中的分布不同。CRF07_BC和CRF08_BC亞型流行株在玉溪市50歲及以上人群中流行的時間不同,CRF08 BC亞型毒株開始流行的時間較晚、流行時間較短。玉溪市50歲及以上HIV陽性人群中HIV-1基因型豐富,應(yīng)強化和重視對該人群艾滋病的干預(yù)工作,也要注重多HIV陽性人群的干預(yù),避免HIV在該人群和其他人群中的流行以及不同基因型毒株在流行傳播過程中重組形成新的重組型毒株。
【關(guān)鍵詞】：玉溪市 50歲及以上人群 HIV 分子流行病學 基因型
【學位授予單位】：昆明醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R512.91
【目錄】：

• 縮略詞表8-9
• 中文摘要9-12
• 英文摘要12-78
• 1 前言16-25
• 1.1 國內(nèi)外50歲及以上人群HIV感染現(xiàn)狀16-18
• 1.1.1 國外50歲及以上人群HIV感染現(xiàn)狀16-17
• 1.1.2 中國50歲及以上人群HIV感染現(xiàn)狀17
• 1.1.3 云南省和玉溪市50歲及以上人群HIV感染現(xiàn)狀17-18
• 1.2 HIV-1基因型分布概況18-22
• 1.2.1 世界HIV-1基因型分布概況18-19
• 1.2.2 亞洲部分地區(qū)HIV-1基因型分布19
• 1.2.3 中國HIV-1基因型分布19-21
• 1.2.4 云南省HIV-1基因型的分布21-22
• 1.3 HIV-1的基因結(jié)構(gòu)和生物學特性22-24
• 1.4 HIV-1進化分析與流行傳播24-25
• 1.5 本研究的意義25
• 1.6 本研究目的25
• 2 材料與方法25-35
• 2.1 研究對象25
• 2.1.1 對象來源25
• 2.1.2 對象納入標準25
• 2.2 研究內(nèi)容25-26
• 2.3 研究方法26-31
• 2.3.1 文獻研究26
• 2.3.2 流行病學調(diào)查26
• 2.3.3 基因檢測26-31
• 2.4 統(tǒng)計分析31-32
• 2.5 質(zhì)量控制32-33
• 2.6 技術(shù)路線33-35
• 3 結(jié)果35-70
• 3.1 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群流行病學特征35-40
• 3.1.1 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群基本情況35-37
• 3.1.2 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群感染HIV的時間分布37
• 3.1.3 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群空間分布37-40
• 3.2 HIV核酸陽性樣本流行病學特征40-45
• 3.2.1 核酸陽性樣本基本特征41-43
• 3.2.2 核酸陽性樣本HIV感染的時間分布43
• 3.2.3 核酸陽性樣本的空間分布43-45
• 3.3 HIV核酸陽性樣本構(gòu)成特征的擬合優(yōu)度檢驗45-47
• 3.4 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群HIV-1基因型分布47-57
• 3.4.1 核酸提取擴增及目的基因序列獲得情況47-48
• 3.4.2 HIV-1基因型判定48-49
• 3.4.3 HIV-1基因型分布49-57
• 3.4.3.1 HIV-1基因型在不同人群中的分布49-52
• 3.4.3.2 HIV-1基因型在不同接觸史和感染途徑人群中的分布52-53
• 3.4.3.3 HIV-1基因型的時間分布53
• 3.4.3.4 HIV-1基因型的空間分布53-57
• 3.5 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群基因序列的系統(tǒng)進化樹分析57-62
• 3.6 基于env基因片段系統(tǒng)進化樹的傳播簇分析62-65
• 3.7 遺傳距離分析65-67
• 3.8 重組分析67-69
• 3.8.1 gag基因片段重組分析67-68
• 3.8.2 env基因片段重組分析68-69
• 3.9 細胞輔助受體預(yù)測69-70
• 4 討論70-76
• 4.1 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群流行病學特征70-71
• 4.2 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群時空分布和聚集性特征.71-73
• 4.3 玉溪市50歲及以上HIV陽性人群HIV-1基因型特征73-76
• 4.4 細胞輔助受體76
• 5 結(jié)論76-78
• 6 下一步研究方向78
• 參考文獻78-91
• 附錄91-95
• 玉溪市老年人AIDS調(diào)查表91-95
• HIV-1基因型及分子流行病學研究綜述95-118
• 參考文獻109-118
• 攻讀學位期間獲得的學術(shù)成果118-119
• 致謝119

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本文編號：752253