本文關(guān)鍵詞：男同性戀者HIV感染相關(guān)基因SNP多態(tài)性及DEFB1 rs11362功能驗(yàn)證研究

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【摘要】：背景:男同性戀人群因其生理結(jié)構(gòu)及其高危性行為特點(diǎn),致其成為HIV(Human Immunodeficiency Virus)的高暴露、高感染群體,然而個體的HIV感染存在一定的差異。宿主的遺傳差異,如單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)在HIV感染的個體差異中發(fā)揮重要作用。目前,男同性戀人群HIV感染相關(guān)基因SNP的篩查已逐漸引起研究者的關(guān)注。目的:在男同性戀人群中篩查與HIV感染相關(guān)的基因及SNP,構(gòu)建含易感基因相關(guān)SNP位點(diǎn)序列的表達(dá)載體,驗(yàn)證部分SNP不同基因型對基因功能的影響。方法:1.采用成組病例-對照研究設(shè)計(jì),方便抽樣方法抽取研究對象,其中病例組為HIV+,對照組為HIV-;2.從HIV感染相關(guān)的候選基因中,根據(jù)SNP的MAF(Minor Allele Frequency)值、功能意義等選擇SNP位點(diǎn),通過基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜法(Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry,MALDI-TOF-MS),對研究對象進(jìn)行基因分型檢測;3.以pGL3-Basic載體,構(gòu)建目的基因啟動子-pGL3-Basic重組質(zhì)粒,將重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)染至真核細(xì)胞中,測定細(xì)胞表達(dá)活力。結(jié)果:1.病例組與對照組人群社會人口學(xué)特征和HIV暴露風(fēng)險沒有顯著性差異;2.在176例HIV+和207例HIV-男同性戀樣本中共掃描檢測24個SNPs位點(diǎn),其中19個符合H-W平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium),TLR3基因編碼區(qū)rs3775291位點(diǎn)等位基因和基因型頻率在病例組和對照組中的分布具有顯著性差異(等位基因:??=8.105,P=0.004;基因型:??=9.410,P=0.009),其中T等位基因分布頻率在對照組中高于病例組(38.2%vs.28.4%),提示T可能作為保護(hù)性因素降低HIV易感性(OR=0.643,95%CI0.474-0.872),T可能以隱性模型(TT vs.CC+CT)方式降低HIV感染風(fēng)險(OR=0.372,95%CI 0.186-0.744,P=0.004),本研究還發(fā)現(xiàn)細(xì)胞防御素基因DEFB1啟動子區(qū)域多態(tài)性位點(diǎn)rs11362的等位基因分布頻率在病例組和對照組中有顯著性差異(??=4.707,P=0.03),其中,G等位基因在病例組中分布頻率高于對照組(65%vs.58%),G可能使宿主HIV感染風(fēng)險升高(OR=1.384,95%CI 1.031-1.857),G可能以隱性模型(AA+AG vs.GG)方式影響HIV易感性(OR=1.629,95%CI 1.076-2.465,P=0.021);3.本研究成功構(gòu)建了DEFB1啟動子-pGL3-Basic-重組質(zhì)粒,DEFB1基因啟動子能夠高效地啟動下游基因表達(dá),轉(zhuǎn)染rs11362-G型質(zhì)粒的的酶活性比rs11362-A型質(zhì)粒強(qiáng)(P0.01)。結(jié)論:1.本研究成功篩選24個HIV感染相關(guān)SNPs,19個SNPs符合H-W平衡;2.TLR3基因rs3775291多態(tài)性和DEFB1基因啟動子多態(tài)性位點(diǎn)rs11362與HIV易感性之間可能存在關(guān)聯(lián),rs3775291位點(diǎn)T等位基因可能降低宿主的HIV易感性;3.DEFB1基因啟動子能高效地啟動下游基因表達(dá),DEFB1基因的啟動子rs11362多態(tài)性可能對基因表達(dá)有調(diào)控作用,G等位基因可能使DEFB1啟動子活性增強(qiáng)。
【關(guān)鍵詞】：男同性戀 HIV 單核苷酸多態(tài)性 啟動子
【學(xué)位授予單位】：深圳大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R512.91
【目錄】：

• 摘要3-5
• Abstract5-9
• 第1章 緒論9-21
• 1.1 HIV9-10
• 1.1.1 HIV基本特征9
• 1.1.2 HIV流行現(xiàn)狀及危害9
• 1.1.3 HIV致病機(jī)制9-10
• 1.2 宿主遺傳差異性與HIV感染的關(guān)聯(lián)性10
• 1.2.1 HIV感染與發(fā)病的個體差異性10
• 1.2.2 宿主基因單核苷酸多態(tài)性與HIV易感性的關(guān)聯(lián)10
• 1.3 HIV感染相關(guān)宿主基因多態(tài)性早期研究10-12
• 1.3.1 HIV侵染相關(guān)受體及配體基因多態(tài)性11-12
• 1.3.2 調(diào)節(jié)宿主對HIV感染的免疫應(yīng)答的HLA基因12
• 1.4 影響HIV感染的宿主基因多態(tài)性研究新進(jìn)展12-16
• 1.4.1 基于全基因組掃描的研究12-13
• 1.4.2 基于候選基因研究的新進(jìn)展13-16
• 1.5 男同性戀人群HIV感染相關(guān)基因多態(tài)性的研究16-17
• 1.6 研究內(nèi)容和研究意義17-21
• 第2章 材料與方法21-37
• 2.1 研究設(shè)計(jì)21
• 2.2 研究對象21
• 2.3 樣本采集與保存21
• 2.4 核酸提取與保存21
• 2.5 候選基因SNP位點(diǎn)的選擇與確認(rèn)21-22
• 2.6 實(shí)驗(yàn)過程22-36
• 2.6.1 試劑耗材22-24
• 2.6.2 實(shí)驗(yàn)流程24-25
• 2.6.3 基因分型檢測25-30
• 2.6.4 rs11362功能驗(yàn)證30-36
• 2.7 統(tǒng)計(jì)分析36-37
• 第3章 結(jié)果分析37-52
• 3.1 病例對照人群社會人口學(xué)特征和HIV暴露風(fēng)險分析37-38
• 3.2 SNP位點(diǎn)多態(tài)性分析38-47
• 3.2.1 DNA樣本質(zhì)量檢測分析38-39
• 3.2.2 SNP位點(diǎn)多態(tài)性檢測結(jié)果分析39-47
• 3.3 rs11362功能驗(yàn)證結(jié)果47-52
• 3.3.1 質(zhì)粒構(gòu)建47-49
• 3.3.2 質(zhì)粒質(zhì)量檢測結(jié)果49-50
• 3.3.3 雙熒光報告實(shí)驗(yàn)結(jié)果50-52
• 第4章 討論52-56
• 4.1 病例組與對照組人群社會人口學(xué)特征和HIV暴露風(fēng)險52
• 4.2 SNP位點(diǎn)多態(tài)性與HIV易感性相關(guān)分析52-54
• 4.3 DEFB1基因rs11362功能驗(yàn)證分析54-56
• 第5章 結(jié)論56-57
• 參考文獻(xiàn)57-62
• 致謝62-63
• 攻讀碩士學(xué)位期間的研究成果63

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9 龔e，

本文編號：703434