【目的】通過生物信息學(xué)分析,篩選與硬皮病相關(guān)的差異表達基因,并找到調(diào)控它們的mi RNAs,通過實驗研究調(diào)控硬皮病關(guān)鍵基因的mi RNAs在硬皮病發(fā)病機制中的作用,為探索硬皮病發(fā)病的分子機制提供新線索。【方法】從GEO數(shù)據(jù)庫中下載微陣列數(shù)據(jù)GSE95065,使用GEO2R在線軟件對該數(shù)據(jù)庫進行分析。隨后,使用DAVID數(shù)據(jù)庫進行功能和通路富集分析,并使用Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。最后,Omics Net在線工具用于預(yù)測與篩選出的硬皮病差異表達的關(guān)鍵基因相關(guān)的mi RNAs�；谏鲜錾镄畔W(xué)分析,用hsa-mi R-26b-5p抑制劑轉(zhuǎn)染人皮膚成纖維細胞探索其在硬皮病發(fā)病機制中的作用。【結(jié)果】（1）對正常組織和硬皮病皮膚組織樣本進行分析,發(fā)現(xiàn)硬皮病皮膚組織與正常組織相比,共有770個差異表達基因。對這770個差異表達基因進行分析,其中,142個基因表達上調(diào),628個基因表達下調(diào)。（2）通過DAVID在線數(shù)據(jù)工具對差異表達基因進行功能和通路富集分析:GO功能注釋發(fā)現(xiàn),表達上調(diào)的基因主要參與免疫反應(yīng),表達下調(diào)的基因主要參與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)過程;KEGG通路分析發(fā)現(xiàn),上調(diào)... 

【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省211工程院校985工程院校教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：50 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

GSE95065詳細信息2差異表達基因的篩選

華 中 科 技 大 學(xué) 碩 士 學(xué) 位 論 文結(jié) 果1硬皮病差異表達基因的篩選在 GEO2R 軟件中對微陣列數(shù)據(jù) GSE95065 進行分析，篩選硬皮病差異表達基因，篩選標(biāo)準為 adj.P< 0.05、 logFC ≥ 1。結(jié)果顯示硬皮病皮膚組織與正常組織相比，共有 770 個差異表達基因。其中，142 個基因表達上調(diào)，628 個基因表達下調(diào)。用 R 語言繪制硬皮病差異表達基因火山圖（圖 2A）。前 100 個硬皮病差異表達基因采用NetworkAnalyst 工具繪制成熱圖（圖 2B）。

華 中 科 技 大 學(xué) 碩 士 學(xué) 位 論 文KEGG_PATHWAY hsa04620 Toll-like receptor signaling pathway 6 4.23 3.08E-03KEGG_PATHWAY hsa04151 PI3K-Akt signaling pathway 10 7.04 4.67E-03DownregulatedKEGG_PATHWAY hsa04080 Neuroactive ligand-receptor interaction 23 0.03 4.31E-03KEGG_PATHWAY hsa05414 Dilated cardiomyopathy 10 0.01 1.02E-02KEGG_PATHWAY hsa05412 Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) 9 0.01 1.13E-02KEGG_PATHWAY hsa04730 Long-term depression 8 0.01 1.46E-02KEGG_PATHWAY hsa05410 Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) 9 0.01 1.93E-02圖 4.硬皮病差異表達基因 KEGG 通路分析3硬皮病差異表達基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖及關(guān)鍵基因的篩選將 770 個硬皮病差異表達基因上傳至 STRING 數(shù)據(jù)庫，去除孤立節(jié)點和連接節(jié)點后，共篩選出 309 個差異表達基因編碼的蛋白產(chǎn)物之間存在相互作得分＞0.9），它們共同構(gòu)成多中心結(jié)構(gòu)復(fù)雜的差異表達基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖

【參考文獻】：
期刊論文
[1]MicroRNAs:New therapeutic targets for intestinal barrier dysfunction[J]. Lin Zhang,Jian Cheng,Xiao-Ming Fan.  World Journal of Gastroenterology. 2014(19)



本文編號：3621778