發(fā)布時(shí)間：2022-02-12 13:09

　　【目的】通過生物信息學(xué)分析,篩選與硬皮病相關(guān)的差異表達(dá)基因,并找到調(diào)控它們的mi RNAs,通過實(shí)驗(yàn)研究調(diào)控硬皮病關(guān)鍵基因的mi RNAs在硬皮病發(fā)病機(jī)制中的作用,為探索硬皮病發(fā)病的分子機(jī)制提供新線索。【方法】從GEO數(shù)據(jù)庫中下載微陣列數(shù)據(jù)GSE95065,使用GEO2R在線軟件對(duì)該數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析。隨后,使用DAVID數(shù)據(jù)庫進(jìn)行功能和通路富集分析,并使用Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。最后,Omics Net在線工具用于預(yù)測與篩選出的硬皮病差異表達(dá)的關(guān)鍵基因相關(guān)的mi RNAs�；谏鲜錾镄畔W(xué)分析,用hsa-mi R-26b-5p抑制劑轉(zhuǎn)染人皮膚成纖維細(xì)胞探索其在硬皮病發(fā)病機(jī)制中的作用�！窘Y(jié)果】（1）對(duì)正常組織和硬皮病皮膚組織樣本進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)硬皮病皮膚組織與正常組織相比,共有770個(gè)差異表達(dá)基因。對(duì)這770個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行分析,其中,142個(gè)基因表達(dá)上調(diào),628個(gè)基因表達(dá)下調(diào)。（2）通過DAVID在線數(shù)據(jù)工具對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能和通路富集分析:GO功能注釋發(fā)現(xiàn),表達(dá)上調(diào)的基因主要參與免疫反應(yīng),表達(dá)下調(diào)的基因主要參與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程;KEGG通路分析發(fā)現(xiàn),上調(diào)... 

【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省211工程院校985工程院校教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：50 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

GSE95065詳細(xì)信息2差異表達(dá)基因的篩選

華 中 科 技 大 學(xué) 碩 士 學(xué) 位 論 文結(jié) 果1硬皮病差異表達(dá)基因的篩選在 GEO2R 軟件中對(duì)微陣列數(shù)據(jù) GSE95065 進(jìn)行分析，篩選硬皮病差異表達(dá)基因，篩選標(biāo)準(zhǔn)為 adj.P< 0.05、 logFC ≥ 1。結(jié)果顯示硬皮病皮膚組織與正常組織相比，共有 770 個(gè)差異表達(dá)基因。其中，142 個(gè)基因表達(dá)上調(diào)，628 個(gè)基因表達(dá)下調(diào)。用 R 語言繪制硬皮病差異表達(dá)基因火山圖（圖 2A）。前 100 個(gè)硬皮病差異表達(dá)基因采用NetworkAnalyst 工具繪制成熱圖（圖 2B）。

華 中 科 技 大 學(xué) 碩 士 學(xué) 位 論 文KEGG_PATHWAY hsa04620 Toll-like receptor signaling pathway 6 4.23 3.08E-03KEGG_PATHWAY hsa04151 PI3K-Akt signaling pathway 10 7.04 4.67E-03DownregulatedKEGG_PATHWAY hsa04080 Neuroactive ligand-receptor interaction 23 0.03 4.31E-03KEGG_PATHWAY hsa05414 Dilated cardiomyopathy 10 0.01 1.02E-02KEGG_PATHWAY hsa05412 Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) 9 0.01 1.13E-02KEGG_PATHWAY hsa04730 Long-term depression 8 0.01 1.46E-02KEGG_PATHWAY hsa05410 Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) 9 0.01 1.93E-02圖 4.硬皮病差異表達(dá)基因 KEGG 通路分析3硬皮病差異表達(dá)基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖及關(guān)鍵基因的篩選將 770 個(gè)硬皮病差異表達(dá)基因上傳至 STRING 數(shù)據(jù)庫，去除孤立節(jié)點(diǎn)和連接節(jié)點(diǎn)后，共篩選出 309 個(gè)差異表達(dá)基因編碼的蛋白產(chǎn)物之間存在相互作得分＞0.9），它們共同構(gòu)成多中心結(jié)構(gòu)復(fù)雜的差異表達(dá)基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]MicroRNAs:New therapeutic targets for intestinal barrier dysfunction[J]. Lin Zhang,Jian Cheng,Xiao-Ming Fan.  World Journal of Gastroenterology. 2014(19)



本文編號(hào)：3621778