研究目的收集2015年1月-10月中央民族大學(xué)校醫(yī)院慢性病體檢人員的臨床生化檢測(cè)信息和糞便生物樣本,采用二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)糞便樣本中腸道菌群ASV（arnplicon sequence variant）的豐度,通過(guò)傾向性評(píng)分匹配法控制性別、年齡、高血壓、糖尿病等混雜因素的影響,篩選出高脂血癥與非高脂血癥人群的差異ASV,再利用WGCNA及概率圖模型（貝葉斯網(wǎng)絡(luò)）模擬差異ASV與高脂血癥的因果作用關(guān)系,為核心菌群預(yù)防與治療高脂血癥提供科學(xué)依據(jù)。研究方法菌群測(cè)序與結(jié)構(gòu)分析提取各糞便樣本腸道菌群總DNA,根據(jù)細(xì)菌V3-V4區(qū)設(shè)計(jì)引物（上游引物為5’-ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3’,下游引物為5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’）,擴(kuò)增16S rRNA基因,在illumina Hiseq2500平臺(tái)上進(jìn)行高通量測(cè)序,生成FASTQ格式的下機(jī)數(shù)據(jù)。運(yùn)用R軟件DADA2包過(guò)濾,去重復(fù),嵌合體識(shí)別和合并雙端讀取,完成物種注釋;用R軟件vegan包分析a多樣性、β多樣性,初步探索兩組樣品間的菌群結(jié)構(gòu)差異。差異篩選與富集分析為了控制混雜因素對(duì)實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響,運(yùn)用R軟件Matc... 

【文章來(lái)源】：中央民族大學(xué)北京市 211工程院校 985工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：82 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖２－１?Ｍ０１、Ｍ０２正反向序列質(zhì)量圖??１３??

１．２序列過(guò)濾、裁剪及了解錯(cuò)誤率??如圖２－１所示：正反向質(zhì)量讀取都很好，所以正反向都從２４０截?cái)啵ǎ簦颍酰睿悖欤澹幔睿剑?（２４０，??２４０），過(guò)濾時(shí)，除去低于２質(zhì)量的序列，２即為過(guò)濾最低質(zhì)量的閾值。過(guò)濾序列后，利用??ＤＡＤＡ２算法建立參數(shù)誤差模型（ｅｒｒ），每個(gè)擴(kuò)增子數(shù)據(jù)集都有不同的錯(cuò)誤率。該ｌｅａｍＥｎｗｓ??方法通過(guò)交替估計(jì)錯(cuò)誤率和樣本組成的推斷來(lái)從數(shù)據(jù)中學(xué)習(xí)該錯(cuò)誤模型，直到它們收斂于??共同一致的解決方案。正反向錯(cuò)誤率圖顯示了每個(gè)可能轉(zhuǎn)換（Ａ—Ｃ，?Ａ—Ｇ，?．．．）的錯(cuò)誤率。??圖中點(diǎn)表示觀察的得到的錯(cuò)誤率。黑線表示機(jī)器學(xué)習(xí)算法收斂后的估計(jì)誤差率。紅線表示??在Ｑ－ｓｃｏｒｅ的名義定義下預(yù)期的錯(cuò)誤率。估計(jì)的誤差率（黑線）與觀察到的錯(cuò)誤率（點(diǎn)）擬??合程度高，并且誤差率隨著預(yù)期的質(zhì)量而下降，這代表檢測(cè)的序列正確。根據(jù)Ｍ０１的正反??向錯(cuò)誤率估計(jì)圖（圖２－２）顯示：我們檢測(cè)的序列是正確的，具有高度的可靠性。??Ａ?ｎ??ｎ?，?Ｂ?

２樣本人群腸道微生物結(jié)構(gòu)特征??２．１高脂血癥組人群腸道微生物結(jié)構(gòu)特征??圖２－３顯示了?８７份高脂血癥糞便樣品門(mén)水平上的物種相對(duì)豐度，共有２３個(gè)門(mén)（表２－１），??含量最高的四個(gè)細(xì)菌門(mén)是?Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ?（４６．７％）、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅ?（４４．２％）、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ?（８．０％）??和?Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?（０．３％）。??高脂血癥糞便樣品屬水平上共有３６８?jìng)�(gè)屬，表２－２顯示了高脂血癥人群糞便樣品共有??１８?jìng)�(gè)相對(duì)豐度大于１．０％細(xì)菌屬，并給出了相對(duì)豐度比例。圖２－４顯示了高脂血癥人群糞??便樣品屬水平上的大于１．０％物種相對(duì)豐度，其中含量最高的四個(gè)菌屬依次為??（３３．３２％）、／Ｖｅｖｏｔｅ／／ａ＿９?（７．６８％）、妨７．ｗｗ?（６．７４％）、Ｆａｅｃａ／沾ａｃ如＊／ｍ?（５．７７％）。??屬于擬桿菌門(mén)且相對(duì)豐度大于１．０％的細(xì)菌屬有５ａｄｍ；／ｆｉｆｅｉ＇（３３．３２％）、Ｐｒｅｖ（＾／／ｆｉｆ＿９（７．６８°／〇）；??屬于放線菌門(mén)且相對(duì)豐度大于１．０％的細(xì)菌屬為（６．７４％）；屬于厚壁菌門(mén)且??相對(duì)豐度大于?１．０％?的細(xì)菌屬有?ｉｆｌｃ／ｗ〇５７？／ｒａ（３．６４％）、／４ｇａ＾？ｏ６ａｃ／ｅｒ（３．４６％）、ｉ？／ａＭ／／ａ（?１．９３％）、??Ｌａｃｈｎｏｃｈａｔｒｉｄｉｕｍ?｛３３９％）等。??１５??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]飼養(yǎng)方式對(duì)蘇尼特羊肉揮發(fā)性風(fēng)味成分和脂肪酸組成的影響[J]. 李文博,羅玉龍,劉暢,竇露,趙麗華,蘇琳,靳燁.  食品科學(xué). 2019(24)
[2]利用WGCNA進(jìn)行玉米花期基因共表達(dá)模塊鑒定[J]. 楊宇昕,桑志勤,許誠(chéng),代文雙,鄒棖.  作物學(xué)報(bào). 2019(02)
[3]腸道細(xì)菌微生態(tài)研究進(jìn)展[J]. 項(xiàng)春生,李蘭娟.  中國(guó)基礎(chǔ)科學(xué). 2017(02)
[4]中國(guó)成人血脂異常防治指南（2016年修訂版）[J]. 諸駿仁,高潤(rùn)霖,趙水平,陸國(guó)平,趙冬,李建軍.  中國(guó)循環(huán)雜志. 2016(10)
[5]乳酸桿菌與雙歧桿菌對(duì)高脂血癥治療的相關(guān)性研究[J]. 閆志輝,崔立紅,王曉輝,賀星,李超,弓三東,羅哲,季夢(mèng)辰.  解放軍醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2015(10)
[6]中國(guó)兒童青少年血脂異常流行現(xiàn)狀Meta分析[J]. 丁文清,董虹孛,米杰.  中華流行病學(xué)雜志. 2015 (01)
[7]中西醫(yī)治療高脂血癥臨床研究進(jìn)展[J]. 余林德,陳占利.  亞太傳統(tǒng)醫(yī)藥. 2014(22)
[8]腸道菌群及其生理功能探析[J]. 劉蓉.  致富時(shí)代. 2014(03)
[9]腸道短鏈脂肪酸產(chǎn)生機(jī)制及生理功能的研究進(jìn)展[J]. 劉松珍,張雁,張名位,孫遠(yuǎn)明,魏振承.  廣東農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(11)
[10]高脂血癥、高脂飲食與腸道菌群的關(guān)系[J]. 李超,崔立紅.  世界華人消化雜志. 2013(14)

博士論文
[1]社區(qū)高脂飲食人群的腸道菌群分析和干預(yù)研究[D]. 錢(qián)雷敏.南京醫(yī)科大學(xué) 2018
[2]菌群及巨噬細(xì)胞脂質(zhì)分解在血脂調(diào)節(jié)中的作用與機(jī)制[D]. 鐘春燕.第三軍醫(yī)大學(xué) 2016
[3]廣西巴馬長(zhǎng)壽老人腸道菌群及其與膳食纖維多糖飲食關(guān)聯(lián)性研究[D]. 王芳.廣西大學(xué) 2015
[4]人體腸道菌群結(jié)構(gòu)與宿主代謝的相關(guān)性研究[D]. 李旻.上海交通大學(xué) 2009

碩士論文
[1]基于臨床病例的2型糖尿病與腸道核心菌群相關(guān)性分析[D]. 林涵.中央民族大學(xué) 2017



本文編號(hào)：3264177