本文關(guān)鍵詞：2型糖尿病易感候選基因在世界不同人群中的多樣性比較分析

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【摘要】：近10年來(lái)興起的全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association study,GWAS)相關(guān)研究結(jié)果獲得了大量與2型糖尿病相關(guān)的候選易感基因,了解這些候選基因在正常人群中的遺傳多樣性程度以及在不同人群間的遺傳差異,不但有助于闡明2型糖尿病的遺傳機(jī)理,而且對(duì)于今后在特定人群中進(jìn)行2型糖尿病發(fā)病機(jī)制的深入研究具有指導(dǎo)意義。本研究通過(guò)對(duì)GWAS數(shù)據(jù)庫(kù)和相關(guān)文獻(xiàn)的搜索和整理確定了170個(gè)與2型糖尿病相關(guān)的基因或基因區(qū)域;隨后基于千人基因組計(jì)劃的全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì)這些候選基因在世界范圍內(nèi)14個(gè)人群間的遺傳多樣性進(jìn)行了比較分析;進(jìn)一步確定了在人群間存在顯著差異的易感基因,并分析了這些基因的多樣性特征。在所研究的14個(gè)世界人群中,2型糖尿病候選易感基因的遺傳多樣性與基因組范圍的平均水平?jīng)]有顯著差異;但其中8個(gè)易感基因IL20RA、RNMTL1-NXN、NOTCH2、ADRA2A-BTBD7P2、TBC1D4、RBM38-HMGB1P1、UBE2E2和PPARD在群體間呈現(xiàn)顯著差異,其中最明顯的是IL20RA基因(FST=0.152),該易感基因在非洲人群和非非洲人群間存在顯著等位基因頻率和單倍型頻率差異。14個(gè)人群中易感基因遺傳結(jié)構(gòu)差異的主要原因是由于非洲人群與非非洲人群之間的群體遺傳結(jié)構(gòu)的不同所造成的。進(jìn)一步比較東西方人群間的2型糖尿病候選基因遺傳結(jié)構(gòu)差異,發(fā)現(xiàn)在東西方人群中同樣存在明顯的群體遺傳結(jié)構(gòu)差別,其中DGKB-AGMO(FST=0.173)和JAZF1(FST=0.182)是差異最顯著的易感基因。本研究通過(guò)對(duì)群體間2型糖尿病易感基因遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較,鑒別出一些差異特別顯著的易感基因,對(duì)今后2型糖尿病易感基因與不同人群間發(fā)病率和易感性差異的相關(guān)研究提供重要參考。
【作者單位】： 新疆醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院生物化學(xué)與分子生物學(xué)教研室;中科院?馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所中國(guó)科學(xué)院計(jì)算生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;中國(guó)科學(xué)院大學(xué);新疆醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心;上海科技大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;遺傳與發(fā)育協(xié)同創(chuàng)新中心;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(編號(hào):91331204,31260263)資助~~
【分類(lèi)號(hào)】：R587.1
【正文快照】： 1.新疆醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院生物化學(xué)與分子生物學(xué)教研室,烏魯木齊830000;2.中科院?馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所,中國(guó)科學(xué)院計(jì)算生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,上海200031;3.中國(guó)科學(xué)院大學(xué),北京100049;4.新疆醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心,烏魯木齊830000;5.上�？萍即髮W(xué)生命科學(xué)與技

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