本文關(guān)鍵詞：從mRNA水平篩選兩種自身免疫性疾�。⊿LE和RA）的分子標(biāo)志物

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【摘要】：自身免疫性疾病已經(jīng)被世界衛(wèi)生組織于1999年列為繼心血管疾病、癌癥后危險(xiǎn)人類健康的第三大殺手。其具有患病率高,致殘率高,治療費(fèi)用高的特點(diǎn)。多數(shù)疾病發(fā)病機(jī)制不明,但目前普遍認(rèn)為它們受遺傳因素和環(huán)境因素共同影響。近年來芯片技術(shù)越來越多的應(yīng)用于復(fù)雜疾病發(fā)病機(jī)制的研究,發(fā)現(xiàn)了很多疾病相關(guān)的標(biāo)志物。本研究中,我們關(guān)注兩種常見自身免疫性疾病:系統(tǒng)性紅斑狼瘡(SLE)和類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA),旨在篩選疾病相關(guān)的m RNA標(biāo)志物。本研究分為以下兩部分:第一部分,利用公開的m RNA基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫,在多種不同類型的生物標(biāo)本中篩選SLE的基因標(biāo)志物。第二部分,通過征集RA樣本和健康對(duì)照、運(yùn)用RNA芯片技術(shù)檢測(cè)外周血單個(gè)核細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄組m RNA表達(dá),統(tǒng)計(jì)分析檢驗(yàn)基因差異表達(dá)情況,結(jié)合功能富集分析、蛋白質(zhì)交互作用分析,篩選與RA有關(guān)的m RNA標(biāo)志物。并在血漿中驗(yàn)證、評(píng)價(jià)其分泌蛋白是否可作為潛在的分類診斷標(biāo)志物。第一部分目的:系統(tǒng)系紅斑狼瘡是復(fù)雜的自身免疫性疾病�；虮磉_(dá)檢測(cè)技術(shù)對(duì)很多不用類型的SLE相關(guān)標(biāo)本進(jìn)行了研究。但是,不同研究標(biāo)本中是否存在共同的標(biāo)志基因尚不清楚。本研究試圖在不同類型的SLE研究標(biāo)本中發(fā)現(xiàn)共同的標(biāo)記基因,以便為進(jìn)一步的臨床轉(zhuǎn)化應(yīng)用研究提供線索。方法:依托于三種與SLE相關(guān)的血源標(biāo)本(單核細(xì)胞,外周血單個(gè)核細(xì)胞,全血)所產(chǎn)生的4個(gè)芯片基因表達(dá)公眾數(shù)據(jù)庫,我們用三個(gè)統(tǒng)計(jì)量(FC,t-test p值,假陽性率調(diào)節(jié)的p值)分別在不同的數(shù)據(jù)庫中分析篩選差異表達(dá)基因。針對(duì)不同標(biāo)本共享的差異表達(dá)基因,我們進(jìn)行了GO富集分析和PPI(蛋白質(zhì)交互作用)功能分析。結(jié)果:我們鑒定了10個(gè)在不同標(biāo)本中都存在差異表達(dá)即與SLE有關(guān)的基因,(IFI6,IFI27,IFI44L,OAS1,OAS2,EIF2AK2,PLSCR1,STAT1,RNASE2和GSTO1)。三個(gè)基因在所有研究標(biāo)本中都檢測(cè)顯著上調(diào)(IFI6,IFI27和IFI44L)。其表達(dá)值的改變?cè)趩魏思?xì)胞中最顯著,在單核細(xì)胞、單個(gè)核細(xì)胞、全血中的改變范圍分別為8.82-251.66,3.73-74.05,1.19-1.87。除RNASE2和GSTO1以外的8個(gè)基因之間、與已知的SLE易感基因之間存在相互作用,參與免疫反應(yīng)、RNA和蛋白的代謝、細(xì)胞死亡等生物學(xué)過程。結(jié)論:我們的研究結(jié)果表明在不同的SLE研究標(biāo)本中存在共同的SLE標(biāo)志基因。本研究鑒定的10個(gè)基因可望作為SLE的診斷和治療標(biāo)志物,值得深入研究。目的:類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎是一種常見的能導(dǎo)致病人喪失勞動(dòng)能力的自身免疫性疾病。本研究旨在篩選鑒定類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的生物標(biāo)志物并探討其作用機(jī)制。材料和方法:征集類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者(n=28)和年齡、性別匹配的健康對(duì)照個(gè)體(n=18)作為發(fā)現(xiàn)組樣本;獲取外周血單個(gè)核細(xì)胞,提取細(xì)胞RNA進(jìn)行基因表達(dá)芯片檢測(cè),獲取m RNA表達(dá)值;統(tǒng)計(jì)分析檢測(cè)差異表達(dá)m RNA;對(duì)差異表達(dá)的m RNA進(jìn)行基因功能注釋、聚類分析、及蛋白-蛋白交互作用分析。針對(duì)編碼分泌型蛋白的差異表達(dá)基因,在驗(yàn)證組樣本中進(jìn)行細(xì)胞m RNA的RT-PCR驗(yàn)證(n=70)和血清蛋白的ELISA驗(yàn)證(n=80),并對(duì)經(jīng)驗(yàn)證的基因及其編碼蛋白進(jìn)行ROC分析。結(jié)果:在發(fā)現(xiàn)組樣本中,我們鑒定了181個(gè)差異表達(dá)基因(差異倍數(shù)大于2,Bonferroni校正后p值0.05)。我們挑選了7個(gè)編碼分泌型蛋白的基因(CRKL,GSN,ITGAM,CKLF,GUSB,FAM3C和ANXA7)進(jìn)行RT-PCR驗(yàn)證。其中兩個(gè)基因(CKLF和GUSB)經(jīng)RT-PCR驗(yàn)證在RA患者中存在顯著上調(diào)(FC=1.9和2.3,p0.05),且變化方向與發(fā)現(xiàn)組的芯片分析結(jié)果一致。值得注意的是,基因FAM3C經(jīng)RT-PCR和ELISA驗(yàn)證在RA患者的細(xì)胞和血漿中均存在顯著下調(diào)(p=0.026),方向與發(fā)現(xiàn)組樣本的表達(dá)芯片分析結(jié)果相反。采用以上3個(gè)基因或其編碼的血漿蛋白在發(fā)現(xiàn)組和驗(yàn)證組樣本中進(jìn)行ROC分析,AUC分別為0.933和0.748。結(jié)論:在RA病例和對(duì)照中,血液?jiǎn)蝹�(gè)核細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組表達(dá)譜存在顯著差異。經(jīng)驗(yàn)證和評(píng)價(jià),三個(gè)編碼分泌型蛋白的基因(CKLF、GUSB、FAM3C)具有較好區(qū)分病例對(duì)照的能力。以上三個(gè)血清蛋白,特別是FAM3C,可望作為RA分子標(biāo)志物,在獨(dú)立大樣本中驗(yàn)證其分類診斷價(jià)值。
【關(guān)鍵詞】：系統(tǒng)性紅斑狼瘡 基因表達(dá) mRNA 免疫細(xì)胞 類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎 單個(gè)核細(xì)胞 基因表達(dá) m RNA 血清蛋白標(biāo)志物
【學(xué)位授予單位】：蘇州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R593.2
【目錄】：

• 摘要4-7
• abstract7-11
• 前言11-26
• 1、系統(tǒng)性紅斑狼瘡概況11-14
• 2、類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的概況14-17
• 3、自身免疫性疾�。⊿LE與RA）的遺傳性及研究方法17-19
• 參考文獻(xiàn)19-26
• 第一部分 在不同類型研究樣本中篩選系統(tǒng)性紅斑狼瘡共同標(biāo)志基因26-42
• 一、簡(jiǎn)介26-27
• 二、材料和方法27-30
• 三、結(jié)果30-35
• 四、討論35-37
• 參考文獻(xiàn)37-42
• 第二部分 從外周血單個(gè)核細(xì)胞中篩選類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的m RNA標(biāo)志物42-56
• 一、研究背景42
• 二、材料和方法42-44
• 三、結(jié)果44-50
• 四、討論50-51
• 參考文獻(xiàn)51-56
• 中英文縮略詞對(duì)照表56-57
• 碩士期間發(fā)表論文情況57-58
• 附表58-67
• 致謝67-68

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4 周夢(mèng)波 ,蘇昆海;性別差異與自身免疫性疾病[J];現(xiàn)代中西醫(yī)結(jié)合雜志;2002年11期

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本文編號(hào)：1129761