本文關(guān)鍵詞：基于RNA-seq的前列腺癌1ncRNA相關(guān)的分析研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：前列腺癌是男性生殖系統(tǒng)最常見(jiàn)的惡性腫瘤之一,其發(fā)病率隨著年齡的增長(zhǎng)而增長(zhǎng)。雖然我國(guó)的發(fā)病率相對(duì)于歐美甚至其他亞洲地區(qū)發(fā)病率還比較低,但近年來(lái)一直呈上升趨勢(shì)。且前列腺癌的發(fā)病率和死亡率僅次于肺癌,位居癌癥死亡的第二位。因此,開(kāi)展前列腺癌的相關(guān)深入研究對(duì)于男性的生命及健康具有重要的意義。本研究以兩組由NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)公布的正常前列腺及前列腺癌組織的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA sequencing, RNA-seq)數(shù)據(jù)為樣本,應(yīng)用生物信息學(xué)方法對(duì)其進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本的重建和長(zhǎng)鏈非編碼RNA (long non-coding RNA, lncRNA)的預(yù)測(cè),然后再對(duì)預(yù)測(cè)所得的結(jié)果進(jìn)行相關(guān)的一些分析。首先使用基因引導(dǎo)法對(duì)樣本的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行重建。將原始序列用TopHat映射到人類參考基因組,其回貼成功率約為76.9%。然后使用Cufflinks套裝對(duì)讀段進(jìn)行裝配、整合、注釋以及分類,共得到157926個(gè)轉(zhuǎn)錄本。其次對(duì)轉(zhuǎn)錄組重建的結(jié)果進(jìn)行l(wèi)ncRNA的預(yù)測(cè)。以lncRNA的基本定義(轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度大于200nt以及開(kāi)放閱讀框小于300nt)為第一次的過(guò)濾條件,得到6941個(gè)lncRNA的候選轉(zhuǎn)錄本；然后利用非編碼識(shí)別軟件PhyloCSF做第二次過(guò)濾,得到1776個(gè)轉(zhuǎn)錄本；最后使用蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)Pfam過(guò)濾,最終得到1080個(gè)預(yù)測(cè)lncRNA。針對(duì)預(yù)測(cè)得到的結(jié)果,本研究再利用Cuffdiff和WGCNA分別對(duì)其進(jìn)行差異表達(dá)分析和基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析,得到5個(gè)上調(diào)、7個(gè)下調(diào)的差異表達(dá)基因、3個(gè)差異表達(dá)的lncRNA以及2個(gè)與前列腺癌具有顯著相關(guān)性的基因模塊。根據(jù)該結(jié)果我們發(fā)現(xiàn)并猜測(cè)差異表達(dá)的lncRNA RP11-267A15.1與前列腺癌相關(guān),且很可能產(chǎn)生抑制作用。另外,本研究還對(duì)包括預(yù)測(cè)lncRNA在內(nèi)的所有mRNA進(jìn)行了差異表達(dá)分析,得到1715個(gè)上調(diào)、1162個(gè)下調(diào)差異表達(dá)基因；然后對(duì)以上差異表達(dá)結(jié)果進(jìn)行基因功能注釋分析以及通路分析,根據(jù)結(jié)果我們猜測(cè),這些差異基因可能與單多細(xì)胞生物進(jìn)程、系統(tǒng)開(kāi)發(fā)、細(xì)胞分化等基因功能的改變有關(guān)。最后通過(guò)R語(yǔ)言程序?qū)σ陨纤卸拷Y(jié)果進(jìn)行可視化,挑選出有意義的結(jié)果及其他信息。本研究應(yīng)用生物信息學(xué)方法對(duì)正常前列腺組織以及前列腺癌組織的RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行l(wèi)ncRNA的預(yù)測(cè)以及相關(guān)的分析,并對(duì)預(yù)測(cè)lncRNA中的差異表達(dá)基因、基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析得到的基因模塊以及mRNA中差異表達(dá)基因的基因功能注釋、代謝通路結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)的闡述,為前列腺癌的研究提供了有力的數(shù)據(jù)基礎(chǔ),以期為進(jìn)一步確定前列腺癌的特異性基因提供了新的理論基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：長(zhǎng)鏈非編碼RNA 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 前列腺癌
【學(xué)位授予單位】：重慶醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R737.25
【目錄】：

• 英漢縮略語(yǔ)名詞對(duì)照6-7
• 摘要7-9
• ABSTRACT9-12
• 1 前言12-20
• 1.1 前列腺癌的研究進(jìn)展12-13
• 1.1.1 前列腺癌的概述12
• 1.1.2 前列腺癌的分子遺傳學(xué)12-13
• 1.1.3 前列腺癌中關(guān)于lncRNA的研究13
• 1.2 lncRNA的簡(jiǎn)介13-14
• 1.2.1 lncRNA的概述13-14
• 1.2.2 lncRNA與惡性腫瘤14
• 1.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)及其應(yīng)用14-19
• 1.3.1 第一代測(cè)序技術(shù)15
• 1.3.2 第二代測(cè)序技術(shù)15-16
• 1.3.3 第三代測(cè)序技術(shù)16-17
• 1.3.4 轉(zhuǎn)錄組學(xué)與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序17-19
• 1.4 本研究的目的和意義19-20
• 2 材料與方法20-25
• 2.1 研究材料20
• 2.2 研究方法20-25
• 2.2.1 轉(zhuǎn)錄組重建21-22
• 2.2.2 預(yù)測(cè)lncRNA22-23
• 2.2.3 差異表達(dá)基因篩選23
• 2.2.4 基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析23-24
• 2.2.5 mRNA相關(guān)的一些分析24-25
• 3 結(jié)果25-36
• 3.1 轉(zhuǎn)錄組重建結(jié)果25
• 3.2 lncRNA預(yù)測(cè)結(jié)果25-27
• 3.3 基因差異表達(dá)分析結(jié)果27-30
• 3.4 基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析結(jié)果30-33
• 3.5 mRNA的分析結(jié)果33-36
• 4 討論36-38
• 全文結(jié)論38-39
• 參考文獻(xiàn)39-43
• 文獻(xiàn)綜述43-50
• 參考文獻(xiàn)47-50
• 致謝50-51
• 攻讀碩士學(xué)位期間的研究成果51

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本文編號(hào)：350074