前列腺癌（Prostate Cancer,PCa）是老年男性最常見的惡性腫瘤之一.全基因組關(guān)聯(lián)研究（Genome wide Association Studies,GWAS）發(fā)現(xiàn)SNP（Single Nucleotide Polymorphism）位點rs1741708與前列腺癌高風(fēng)險性相關(guān).表觀遺傳學(xué)標(biāo)志物和熒光素酶報告子研究證實含有該風(fēng)險性位點的染色體區(qū)段是等位基因特異性的增強(qiáng)子元件.敲除風(fēng)險性增強(qiáng)子會導(dǎo)致細(xì)胞遷移能力減弱.利用Capture-C揭示該增強(qiáng)子在全基因組范圍內(nèi)的互作基因座位,結(jié)合風(fēng)險性增強(qiáng)子敲除后基因表達(dá)的改變,鑒定出一些該增強(qiáng)子的直接靶基因.初步的Rescue研究發(fā)現(xiàn),在敲除細(xì)胞中過表達(dá)靶基因IKZF3后,細(xì)胞遷移能力得到部分恢復(fù),提示IKZF3是含有SNP rs1741708的風(fēng)險性增強(qiáng)子影響腫瘤惡性進(jìn)展的下游靶基因之一. 

【文章來源】：南開大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2020,53(01)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

在22rv1細(xì)胞系中,含有SNP rs11741708的染色體座位是一個風(fēng)險性的增強(qiáng)子

在22RV1細(xì)胞中進(jìn)行的Capture-C實驗發(fā)現(xiàn),在全基因組范圍內(nèi)有711個染色體座位與含有風(fēng)險性SNPrs1741708的增強(qiáng)子相互作用,其中688個位點與該風(fēng)險性增強(qiáng)子位于同一條染色體——20號染色體,另外有23個位點位于其它染色體上(圖3A).通過生物信息學(xué)方法對這些與風(fēng)險性增強(qiáng)子相互作用位點進(jìn)行基因的注釋,選取啟動子元件位于相互作用位點上下游2 kb范圍內(nèi)基因,作為為該風(fēng)險性增強(qiáng)子直接調(diào)控的候選基因.采用RT-q PCR檢測發(fā)現(xiàn),多個候選基因在雙敲細(xì)胞中表達(dá)水平下調(diào)(圖3B),如DOCK8(9p24.3),BCAS1(20q13.2,距風(fēng)險性增強(qiáng)子10 mb),PMEPA1(20q13.31,距風(fēng)險性增強(qiáng)子6 mb),SRC(20q11.23,距風(fēng)險性增強(qiáng)子26 mb)等,其中IKZF3(17q12-q21.1)基因的表達(dá)下調(diào)最明顯.圖3 與風(fēng)險性增強(qiáng)子相互作用的染色體座位以及候選靶基因在增強(qiáng)子敲除細(xì)胞系中的表達(dá)

與風(fēng)險性增強(qiáng)子相互作用的染色體座位以及候選靶基因在增強(qiáng)子敲除細(xì)胞系中的表達(dá)


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