基于TCGA數據庫的膀胱癌mRNA表達及內源性RNA表達譜的研究
發(fā)布時間:2021-06-19 16:38
目的:膀胱癌是泌尿系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤,占我國泌尿生殖系統(tǒng)腫瘤發(fā)病率的第一位,并即將成為全球第六大最常見的惡性腫瘤,且發(fā)病率仍在上升。具有轉移迅速、預后比較差、復發(fā)率高等特點。膀胱癌是發(fā)生在膀胱黏膜上的惡性腫瘤,根據病理組織學分類,膀胱癌的病理類型包括膀胱尿路上皮癌、膀胱腺癌、膀胱鱗狀細胞癌、膀胱小細胞癌、膀胱類癌和膀胱透明細胞癌6種類型。其中,膀胱尿路上皮癌占膀胱癌患者總數的90%以上,是最常見的膀胱癌。雖然局限性膀胱癌腫瘤能通過外科手術切除而得以控制,但目前對于膀胱癌術后的高復發(fā)和高轉移率臨床上仍然缺少有效的治療手段。因此,如何阻止膀胱癌的發(fā)生和進展成為目前治療膀胱癌有待解決的關鍵問題,其中尋找新的分子靶點、探究膀胱癌發(fā)生發(fā)展的分子機制成為研究的熱點;蛲蛔、腫瘤抑制因子的喪失以及細胞生長信號通路的異常調控都與膀胱癌的發(fā)生發(fā)展有關。近年來大量研究表明,非編碼RNA(non-coding RNA,ncRNA)的異常表達在膀胱癌的發(fā)生、發(fā)展過程中起著重要作用。因此,本研究利用生物信息學數據庫對膀胱癌中基因(mRNA、miRNA、lncRNA)從分子水平進行研究,豐富膀胱癌的發(fā)生、發(fā)展...
【文章來源】:桂林醫(yī)學院廣西壯族自治區(qū)
【文章頁數】:76 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
在TCGA數據庫中設定檢索條件獲取膀胱癌數據
圖 1-2.ceRNA 假說的機制示意圖[49]。Figure 1-2.Schematic diagram of the mechanism of the ceRNA[49]。1.4 基因功能富集分析為了進一步闡明膀胱癌中差異表達的 RNA 生物學功能,本研究中使用了 DAVID 數據庫對 ceRNA 網絡中有差異表達的 RNA 進行富集分析,主要分析分子功能,生物過程和細胞成分這三方面。我們常用的富集分析主要包括 GO 分析和 KEGG 分析。GO 分析和 KEGG 分析的條形圖均由“Goplot”包產生,其篩選調節(jié)為 P<0.05,此時顯示為顯著富集。具體過程如下:打開網站 https://david.ncifcrf.gov/ ,進入 DAVID 首頁,然后點擊 Start
異表達的 mRNA、lncRNA、miRNA 聚類生成的火山圖(表達倍數>2 倍,P<1-4E,紅上調,綠色代表顯著下調)。A:差異表達的 mRNA 火山圖;B:差異表達的 miRNA 火山差異表達的 lncRNA 火山圖。 2-1. Volcano map generated by clustering of differentially expressed mRNA, lncRNAand mpression multiple > is twice, P< 1-4e, red represents significantly up-regulated, green represenificantly down-regulated).A: volcano map of differentially expressed mRNA; B: volcano mapdifferentially expressed miRNA; C: volcano map of differentially expressed lncRNA.eRNA 網絡的分析們根據 ceRNA 假說進一步驗證了這些差異表達的 RNA 的關系和功我們預測了在線數據庫中的 lncRNA-miRNA 和 miRN-mRNA 的相互作ceRNA 網絡的 17 個關鍵 miRNA 總共有 52 個靶向 mRNA(表 2-2)們預測到 58 個 lncRNA 和 22 個 miRNA 有相互作用關系(表 2-3有差異表達的 RNA 的中的 52 個 mRNA,58 個 lncRNA 和 22 個 m
【參考文獻】:
期刊論文
[1]生物信息學預測lncRNA DLEU1的功能及其在膀胱癌中調控ncRNA代謝途徑的作用[J]. 何富強,付軍明,郭君其,朱凌峰. 生命科學研究. 2018(06)
[2]miR-126對不同類型膀胱癌細胞增殖、遷移與侵襲的影響[J]. 彭樺,吳璇,劉偉鳳,孫云,金濤. 解剖學研究. 2018(06)
[3]miRNA-212在膀胱癌中的表達及其上調對癌細胞增殖、遷移、侵襲的影響與機制[J]. 李耀輝,劉春來. 山東醫(yī)藥. 2018(46)
[4]lncRNA ROR和lncRNA ATB在膀胱癌患者中的表達情況及其臨床意義[J]. 張立冬,李輝,李娟. 檢驗醫(yī)學與臨床. 2018(14)
[5]影響原發(fā)性輸尿管癌預后及其術后繼發(fā)膀胱癌的多因素分析[J]. 胡益仙,姜凡,陳宸,蒲軍. 重慶醫(yī)科大學學報. 2019(02)
[6]上尿路尿路上皮癌預后多因素分析及術后再發(fā)膀胱癌危險因素分析[J]. 王慶偉,張濤,文建國,陶德賞,萬聽想,朱文. 臨床泌尿外科雜志. 2018(05)
[7]長鏈非編碼RNA-scarna 4在膀胱尿路上皮癌的作用研究[J]. 何廉波,楊磊. 醫(yī)學研究與教育. 2018(02)
[8]長鏈非編碼RNA在膀胱癌中的研究進展[J]. 謝益敏,劉海濤,顧杰,焦志敏,陳兵海,孫浩,馮亞萍. 中華腔鏡泌尿外科雜志(電子版). 2018(01)
[9]膀胱癌中相關LncRNA研究進展[J]. 何俊,丁明霞,王海峰,王劍松. 醫(yī)學與哲學(B). 2017(11)
[10]lncRNA作為競爭性內源RNA調控肝癌及中藥作用機制研究進展[J]. 史苗娟,郭鑫昕,商嘉瑋,蘇式兵,張輝. 上海中醫(yī)藥雜志. 2017(11)
博士論文
[1]microRNA-214在膀胱癌中表達的生物學功能、調控機制及臨床應用研究[D]. 王金鳳.山東大學 2015
碩士論文
[1]LncRNA RP11-79H23.3在膀胱癌的發(fā)生發(fā)展中作為ceRNA通過miR-107調控PTEN表達的作用機制[D]. 池虹.重慶醫(yī)科大學 2018
[2]長鏈非編碼RNA-n346372在膀胱癌發(fā)生發(fā)展中的作用及相關基因研究[D]. 劉安偉.第二軍醫(yī)大學 2017
[3]MiR-34a在人膀胱癌組織中的表達[D]. 王偉.河北聯(lián)合大學 2011
本文編號:3238166
【文章來源】:桂林醫(yī)學院廣西壯族自治區(qū)
【文章頁數】:76 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
在TCGA數據庫中設定檢索條件獲取膀胱癌數據
圖 1-2.ceRNA 假說的機制示意圖[49]。Figure 1-2.Schematic diagram of the mechanism of the ceRNA[49]。1.4 基因功能富集分析為了進一步闡明膀胱癌中差異表達的 RNA 生物學功能,本研究中使用了 DAVID 數據庫對 ceRNA 網絡中有差異表達的 RNA 進行富集分析,主要分析分子功能,生物過程和細胞成分這三方面。我們常用的富集分析主要包括 GO 分析和 KEGG 分析。GO 分析和 KEGG 分析的條形圖均由“Goplot”包產生,其篩選調節(jié)為 P<0.05,此時顯示為顯著富集。具體過程如下:打開網站 https://david.ncifcrf.gov/ ,進入 DAVID 首頁,然后點擊 Start
異表達的 mRNA、lncRNA、miRNA 聚類生成的火山圖(表達倍數>2 倍,P<1-4E,紅上調,綠色代表顯著下調)。A:差異表達的 mRNA 火山圖;B:差異表達的 miRNA 火山差異表達的 lncRNA 火山圖。 2-1. Volcano map generated by clustering of differentially expressed mRNA, lncRNAand mpression multiple > is twice, P< 1-4e, red represents significantly up-regulated, green represenificantly down-regulated).A: volcano map of differentially expressed mRNA; B: volcano mapdifferentially expressed miRNA; C: volcano map of differentially expressed lncRNA.eRNA 網絡的分析們根據 ceRNA 假說進一步驗證了這些差異表達的 RNA 的關系和功我們預測了在線數據庫中的 lncRNA-miRNA 和 miRN-mRNA 的相互作ceRNA 網絡的 17 個關鍵 miRNA 總共有 52 個靶向 mRNA(表 2-2)們預測到 58 個 lncRNA 和 22 個 miRNA 有相互作用關系(表 2-3有差異表達的 RNA 的中的 52 個 mRNA,58 個 lncRNA 和 22 個 m
【參考文獻】:
期刊論文
[1]生物信息學預測lncRNA DLEU1的功能及其在膀胱癌中調控ncRNA代謝途徑的作用[J]. 何富強,付軍明,郭君其,朱凌峰. 生命科學研究. 2018(06)
[2]miR-126對不同類型膀胱癌細胞增殖、遷移與侵襲的影響[J]. 彭樺,吳璇,劉偉鳳,孫云,金濤. 解剖學研究. 2018(06)
[3]miRNA-212在膀胱癌中的表達及其上調對癌細胞增殖、遷移、侵襲的影響與機制[J]. 李耀輝,劉春來. 山東醫(yī)藥. 2018(46)
[4]lncRNA ROR和lncRNA ATB在膀胱癌患者中的表達情況及其臨床意義[J]. 張立冬,李輝,李娟. 檢驗醫(yī)學與臨床. 2018(14)
[5]影響原發(fā)性輸尿管癌預后及其術后繼發(fā)膀胱癌的多因素分析[J]. 胡益仙,姜凡,陳宸,蒲軍. 重慶醫(yī)科大學學報. 2019(02)
[6]上尿路尿路上皮癌預后多因素分析及術后再發(fā)膀胱癌危險因素分析[J]. 王慶偉,張濤,文建國,陶德賞,萬聽想,朱文. 臨床泌尿外科雜志. 2018(05)
[7]長鏈非編碼RNA-scarna 4在膀胱尿路上皮癌的作用研究[J]. 何廉波,楊磊. 醫(yī)學研究與教育. 2018(02)
[8]長鏈非編碼RNA在膀胱癌中的研究進展[J]. 謝益敏,劉海濤,顧杰,焦志敏,陳兵海,孫浩,馮亞萍. 中華腔鏡泌尿外科雜志(電子版). 2018(01)
[9]膀胱癌中相關LncRNA研究進展[J]. 何俊,丁明霞,王海峰,王劍松. 醫(yī)學與哲學(B). 2017(11)
[10]lncRNA作為競爭性內源RNA調控肝癌及中藥作用機制研究進展[J]. 史苗娟,郭鑫昕,商嘉瑋,蘇式兵,張輝. 上海中醫(yī)藥雜志. 2017(11)
博士論文
[1]microRNA-214在膀胱癌中表達的生物學功能、調控機制及臨床應用研究[D]. 王金鳳.山東大學 2015
碩士論文
[1]LncRNA RP11-79H23.3在膀胱癌的發(fā)生發(fā)展中作為ceRNA通過miR-107調控PTEN表達的作用機制[D]. 池虹.重慶醫(yī)科大學 2018
[2]長鏈非編碼RNA-n346372在膀胱癌發(fā)生發(fā)展中的作用及相關基因研究[D]. 劉安偉.第二軍醫(yī)大學 2017
[3]MiR-34a在人膀胱癌組織中的表達[D]. 王偉.河北聯(lián)合大學 2011
本文編號:3238166
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