【摘要】：目的:腎細(xì)胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是泌尿系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤之一,約占成人惡性腫瘤發(fā)病率的3%。腎透明細(xì)胞癌是腎細(xì)胞癌的主要表型,大約占到80%。MiRNA是由大約22個核苷酸構(gòu)成的單鏈、內(nèi)源性非編碼小分子RNA,相對穩(wěn)定,miRNA參與了眾多的生物學(xué)過程。目前雖已發(fā)現(xiàn)一些miRNA與腎透明細(xì)胞癌密切相關(guān),但多為單個的miRNA的標(biāo)記物的研究,因單個miRNA標(biāo)記物往往特異性不高,所以本研究旨在尋找多個miRNA聯(lián)合標(biāo)記物去準(zhǔn)確預(yù)測腎透明細(xì)胞癌患者的預(yù)后。方法:本研究從癌癥基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù)庫中下載與腎透明細(xì)胞癌相關(guān)數(shù)據(jù)集,分析癌與癌旁組間miRNA的表達(dá)差異。并從其中獲取了539例腎透明細(xì)胞癌患者的miRNA表達(dá)譜和臨床資料表,通過Kaplan-Meier曲線法對腎透明細(xì)胞癌患者進(jìn)行生存分析,以此來篩選出具有潛在生物標(biāo)記物特性的miRNA。通過在線的miRNA數(shù)據(jù)庫:miRWalk、miRDB、DIANA TOOL和miRDIP來預(yù)測差異miRNA的靶基因。然后,利用共同的靶基因進(jìn)行基因本體論(GO)和京都基因和基因組百科全書(KEGG)基因富集分析來探究靶基因參與或者相關(guān)的生物過程和信號通路。差異表達(dá)的miRNAs同時也經(jīng)過了RT-qPCR在腎透明細(xì)胞癌細(xì)胞系的驗證。同時,差異表達(dá)miRNA與臨床病理特征等也通過卡方分析、COX單因素和多因素分析等進(jìn)行分析。結(jié)果:1、TCGA腎透明細(xì)胞癌數(shù)據(jù)中篩選得到72例癌旁組織和537例腎透明細(xì)胞癌組織樣本納入到研究,進(jìn)行差異表達(dá)miRNA分析。篩選出在腎透明細(xì)胞癌癌與癌旁組織中263個差異表達(dá)miRNA,其中包括164個上調(diào)的miRNA和99個下調(diào)的miRNA(P0.05,|FC|1)。2、根據(jù)TCGA數(shù)據(jù)庫提供的腎透明細(xì)胞癌表達(dá)譜芯片和臨床資料,將上一步得到的差異表達(dá)miRNA通過Klan-Meier法進(jìn)行生存分析,發(fā)現(xiàn)了miR-612、miR-616-5p、miR-760高表達(dá)的腎透明細(xì)胞癌患者具有較短的總生存時間,即預(yù)后不良。在卡方分析分析中,miR-612的表達(dá)與組織學(xué)分級相關(guān);miR-616-5p的表達(dá)與T分期、組織學(xué)分級和病理分期相關(guān);miR-760的表達(dá)與T分期、N分期、組織學(xué)分級和病理分期相關(guān)。3、Cox單因素和多因素分析顯示這三個聯(lián)合的miRNA標(biāo)記物有潛力成為腎透明細(xì)胞癌重要的預(yù)后標(biāo)記物。Cox單因素分析中,根據(jù)聯(lián)合miRNA的風(fēng)險評分,分為高低風(fēng)險表達(dá)組,生存曲線顯示其與患者預(yù)后生存時間相關(guān)。Cox單因素分析的結(jié)果顯示:病理分期(HR=3.784,P0.001),T分期(HR=2.972,P0.001),M分期(HR=4.186,P0.001),組織學(xué)分級(HR=2.653,P0.001),三個miRNA聯(lián)合標(biāo)記物(HR=1.546,P=0.005)與腎透明細(xì)胞癌患者預(yù)后總生存明顯相關(guān);多因素分析的結(jié)果顯示:T分期(HR=1.794,P=0.002),M分期(HR=2.080,P=0.036),組織學(xué)分級(HR=2.400,P0.001)和三個miRNA聯(lián)合標(biāo)記物(HR=1.499,P=0.012)是預(yù)測腎透明細(xì)胞癌患者預(yù)后的獨立因素4、三個miRNA有241個共同的靶基因,進(jìn)行基因功能富集分析。生物過程和分子功能分析顯示靶基因與基因沉默、細(xì)胞蛋白代謝、低氧、核酸結(jié)合,轉(zhuǎn)錄因子絲氨酸/蘇氨酸激酶受體信號活性等有關(guān)。細(xì)胞成分分析顯示靶基因參與核小體、核質(zhì)、細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)、核染色質(zhì)、蛋白復(fù)合體、轉(zhuǎn)錄因子復(fù)合體、胞外外泌體、細(xì)胞-細(xì)胞粘附鏈接等。KEGG通路分析顯示靶基因參與了p53、低氧誘導(dǎo)因子1、AMPK、腎細(xì)胞癌、腫瘤中轉(zhuǎn)錄失調(diào)等信號通路。5、實時熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(qRT-PCR)結(jié)果顯示三個miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)在腎透明細(xì)胞癌細(xì)胞系中高表達(dá)。結(jié)論:1、MiR-612、miR-616-5p、miR-760與腎透明細(xì)胞癌患者預(yù)后總生存以及TNM分期、病理分期等臨床特征相關(guān)。聯(lián)合三個miRNA的高風(fēng)險組患者預(yù)后不良。2、三個聯(lián)合的miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)共同靶基因參與了與腎透明細(xì)胞癌的發(fā)展相關(guān)的生物學(xué)進(jìn)程與信號通路。3、三個聯(lián)合的miRNA(miR-612、miR-616-5p、miR-760)標(biāo)記物可作為腎透明細(xì)胞癌發(fā)生發(fā)展及預(yù)后評價的潛在標(biāo)志物。
【圖文】：

11圖 1 腎透明細(xì)胞癌與癌旁組織之間的差異表達(dá) miRNA(A)腎透明細(xì)胞癌與癌旁差異表達(dá) miRNA 火山圖，其中紅色的點代表 P< 0.05 且|FC|>1 的miRNA，綠色代表 P<0.05 且 FC>1 的 miRNA，黑色的點代表 P≥0.05 或 |FC|≤1 的 miRNA；(B)腎透明細(xì)胞癌與癌旁組織差異表達(dá) miRNA 的熱圖，其中紅色表示，與該 miRNA 在整體本中的表達(dá)水平相比，該 miRNA 在樣本中表達(dá)水平較高；綠色表示，，該 miRNA 在樣本中表達(dá)水平較低；黑色表示，該 miRNA 在樣本中表達(dá)水平與該 miRNA 的整體表達(dá)水平一致。

圖 2 Log-rank 檢驗篩選與腎透明細(xì)胞癌患者總生存相關(guān)的三個差異表達(dá) miRNA.(A)：miR-612 高表達(dá)患者（n=258）與低表達(dá)組（n=256）相比預(yù)后不良(P=0.0142).(B)：miR-616-5p 高表達(dá)患者（n=258）與低表達(dá)組（n=256）相比預(yù)后不良(P=0.0041).(C)： miR-760 高表達(dá)患者（n=257）與低表達(dá)組（n=257）相比預(yù)后不良(P=0.0013).
【學(xué)位授予單位】：中國醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：R737.11

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本文編號：2598137