本文關(guān)鍵詞：基于文獻(xiàn)挖掘的前列腺癌蛋白組學(xué)與基因組學(xué)差異基因的生物信息學(xué)分析　出處：《中國全科醫(yī)學(xué)》2015年32期 　論文類型：期刊論文

  更多相關(guān)文章： 前列腺腫瘤 基因組學(xué) 蛋白組學(xué) 生物信息學(xué)

【摘要】：目的通過前列腺癌(PCa)蛋白組學(xué)與基因組學(xué)文獻(xiàn),挖掘與PCa存在相關(guān)性并缺乏具體研究的差異基因,并分析其參與的生物過程與通路。方法計(jì)算機(jī)檢索Pub Med數(shù)據(jù)庫,檢索策略:"(prostate cancer[Title])AND Proteomics""(prostate cancer[Title])AND Genomics",時(shí)間限定為建庫至2015年1月。按照PCa與前列腺增生(BPH)組織(A組)、PCa與鄰近良性組織(B組)、PCa高Gleason評分與低Gleason評分(C組)蛋白譜和基因譜的比較提取差異蛋白或基因,輸入"The Protein Information Resource(PIR,Georgetown University Medical Center,Washington,DC 20007,USA)",按照"official gene symbol"統(tǒng)一名稱。采用"DAVID Bioinformatics Resources 6.7(National Institute of Allergy and Infectious Diseases,NIH,USA)"在線工具對差異基因進(jìn)行GO(Gene Ontology)、KEGG等生物信息學(xué)分析。結(jié)果共納入35篇文獻(xiàn),提取差異基因764個(gè),其中A組差異基因162個(gè),B組差異基因423個(gè),C組差異基因209個(gè),3組共同差異基因21個(gè)。A組差異基因中DES報(bào)道最多,為6次;B組差異基因ACPP報(bào)道最多,為4次;C組差異基因ACTN1、HSPB1、LMNA報(bào)道最多,均為3次。GO分析結(jié)果顯示,差異基因涉及的生物過程主要有細(xì)胞死亡調(diào)控、細(xì)胞增殖調(diào)控、創(chuàng)傷反應(yīng)、蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、穩(wěn)態(tài)過程(差異基因頻數(shù)≥72,頻率≥9.4%),細(xì)胞成分主要涉及胞外區(qū)、膜封閉腔、細(xì)胞骨架、囊泡以及線粒體(差異基因頻數(shù)≥85,頻率≥11.1%),分子功能主要涉及核苷酸結(jié)合、鈣離子結(jié)合、相同蛋白結(jié)合以及酶結(jié)合(差異基因頻數(shù)≥60,頻率≥7.9%)。KEGG通路分析發(fā)現(xiàn),差異基因主要參與癌癥通路、黏著斑、肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)控、MAPK信號等生物學(xué)通路(差異基因頻數(shù)≥29,頻率≥3.8%)。對各組差異基因進(jìn)行KEGG通路分析結(jié)果顯示,各組差異基因共同參與的KEGG通路主要有黏著斑、補(bǔ)體及凝血級聯(lián)、ECM受體相互作用等生物學(xué)通路。結(jié)論差異基因DES、ACTN1、ATP5B、TLN1、COL6A2、MYH9、OGN、PGAM1報(bào)道次數(shù)較多,而其參與PCa發(fā)生發(fā)展的具體機(jī)制未見報(bào)道,值得進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。黏著斑、肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架的調(diào)控以及MAPK信號通路可能在PCa發(fā)生發(fā)展過程中發(fā)揮重要作用,對其進(jìn)一步分析將為臨床治療PCa提供新的靶點(diǎn)。
[Abstract]:Objective to prostate cancer (PCa) proteomics and genomics literature, mining and the relationship of PCa gene and the difference is lack of specific research, and analysis of biological processes and pathways involved. Methods we searched the Pub Med database, retrieval strategy: "(prostate cancer[Title]) AND Proteomics" (prostate cancer[Title]) AND Genomics "the time limit for up to January 2015. According to PCa and benign prostatic hyperplasia (BPH) group (group A), PCa and the adjacent benign tissue (group B), PCa Gleason high score and low Gleason score (group C) compare the differential extraction of gene or protein protein gene spectrum and the spectrum of the input" The Protein Information Resource (PIR Georgetown, University Medical Center, Washington, DC 20007, USA), in accordance with the "official gene symbol" unified name. By "DAVID Resources 6.7 Bioinformatics (National Institute of Allergy and Infectious Diseases, NIH, USA) "online tools for GO (Gene Ontology) of different genes, bioinformatics analysis of KEGG. Results a total of 35 articles were included, of which 764 genes of differential extraction, A gene group 162, B gene group differences between the 423 groups of 209, C gene, gene gene the common difference between the 3 groups in 21.A group DES reported most, 6; group B ACPP gene reported the most, 4 times; the difference of group C gene ACTN1, HSPB1, LMNA reported the most, 3 times as a result of.GO analysis shows that biological processes are the main differences in genes involved in the regulation of cell death, cell proliferation regulation, trauma, protein transport, steady process (the difference of gene frequency is more than 72, the frequency is greater than or equal to 9.4%), the main cellular components involved extracellular domain, membrane enclosed cavity, cytoskeleton, vesicles and mitochondria (the difference of gene frequency is more than 85, the frequency is greater than or equal to 11.1%), the molecular functions involved in nucleotide binding, calcium ion. Combined with the same protein binding and enzyme (the difference of gene frequency is more than 60, the frequency is greater than or equal to 7.9%).KEGG pathway analysis showed that these genes mainly involved in cancer pathways, focal adhesion, regulation of actin cytoskeleton, MAPK signal pathways (the difference of gene frequency is more than 29, frequency = 3.8%). The difference of KEGG gene pathway the analysis results show that the difference of KEGG pathway genes involved mainly in focal adhesion, complement and coagulation cascade, ECM receptor interaction pathway. Conclusion the difference of DES gene, ACTN1, ATP5B, TLN1, COL6A2, MYH9, OGN, PGAM1 reported more times, and its participation in the development of PCa specific mechanism has not been reported. Worthy of further experiments. Focal adhesion, actin cytoskeleton regulation and MAPK signaling pathway may play an important role in the development of PCa, the further analysis for the clinical treatment of PCa Provide new targets.

【作者單位】： 華北理工大學(xué)研究生院;天津市濱海新區(qū)漢沽第一中學(xué);華北理工大學(xué)附屬醫(yī)院泌尿外科;華北理工大學(xué)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)研究中心 老年醫(yī)學(xué)國際科技合作基地;
【分類號】：R737.25
【正文快照】： Bioinformatics Analysis of Differentially Expressed Genes of Prostate Cancer Proteomics and Genomics Based onLiterature Mining CHEN Chen,CAO Xiao-ge,ZHANG Li-guo,et al.School of Graduate,North China University ofScience and Technology,Tangshan 063000,Chi

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前5條

1 李鐵求;馮春瓊;鄒亞光;石嶸;梁爽;毛向明;;基于文獻(xiàn)挖掘的雄激素非依賴型前列腺癌特異表達(dá)基因的生物信息學(xué)分析[J];中華男科學(xué)雜志;2009年12期

2 張曉波;唐正嚴(yán);齊琳;阮景德;;改進(jìn)的血清免疫印跡引導(dǎo)的前列腺癌差異蛋白質(zhì)組學(xué)研究[J];中華男科學(xué)雜志;2010年05期

3 張雪梅;沈影;鮮于志群;;前列腺癌骨轉(zhuǎn)移血清蛋白質(zhì)組學(xué)研究[J];中華男科學(xué)雜志;2010年08期

4 查樹偉;查佶;王興海;;MAPK信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路與前列腺癌的發(fā)病及治療關(guān)系的研究進(jìn)展[J];中國男科學(xué)雜志;2008年06期

5 李科;陳怡;黃文濤;胡成;李茂胤;鐘文文;邱劍光;;MCCC2在前列腺癌細(xì)胞系中的表達(dá)及其對前列腺癌轉(zhuǎn)移影響的初步研究[J];中華腔鏡泌尿外科雜志(電子版);2014年02期

【共引文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 鄭育舉;方曄;李紹金;鄭邦希;;血漿cofilin蛋白檢測在肺癌診斷中的價(jià)值[J];南方醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào);2013年10期

2 張莉莉;郝露;左威;馬維佳;劉洋洋;劉瑩;;ENO1多克隆抗體的制備與初步鑒定[J];免疫學(xué)雜志;2014年07期

3 劉崗;鐘武裝;肖麗萍;樂德;;肺癌患者血漿cofilin蛋白含量檢測在肺癌診斷中的應(yīng)用分析[J];臨床肺科雜志;2014年09期

4 李婕;;高齡肺癌患者術(shù)后化療方案的可行性分析[J];臨床肺科雜志;2015年01期

5 湯永峰;陳果;蔡志鍛;李博偉;葉劍恒;吳永定;周亮;鐘惟德;韓兆冬;;IMPDH2蛋白與前列腺癌臨床相關(guān)性分析[J];嶺南現(xiàn)代臨床外科;2015年04期

6 王娟;陸彬彬;李娟;德偉;王科明;;磷酸甘油酸變位酶1(PGAM1)在乳腺癌及癌旁正常組織中的表達(dá)及意義[J];現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué);2011年11期

7 劉志國;李連陵;王通;;腦膠質(zhì)瘤細(xì)胞、組織中PGAM1 mRNA、蛋白的表達(dá)變化及意義[J];山東醫(yī)藥;2013年02期

8 周亮;韓兆東;何慧嬋;鄧軍洪;陳佳鴻;楊盛幫;鐘惟德;;腫瘤壞死因子受體相關(guān)因子1蛋白在前列腺癌組織中的表達(dá)及意義[J];實(shí)用醫(yī)學(xué)雜志;2013年19期

9 彭博雅;劉淑清;田余祥;李妲;孫明忠;唐建武;;Anxa5真核表達(dá)質(zhì)粒構(gòu)建及其對小鼠肝癌Hca-P細(xì)胞增殖影響觀察[J];中華腫瘤防治雜志;2014年02期

10 宋琦;王學(xué)春;;鋅α2-糖蛋白與腫瘤研究進(jìn)展[J];泰山醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào);2014年03期

相關(guān)博士學(xué)位論文 前7條

1 李響;基于生物信息技術(shù)的慢性疼痛致病基因分析與表達(dá)驗(yàn)證[D];中南大學(xué);2013年

2 劉俊英;PHB表達(dá)與HBV感染關(guān)系及對細(xì)胞生理功能影響研究[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2013年

3 楊宇;胰腺癌5-氟尿嘧啶（5-FU）耐藥相關(guān)蛋白篩查及胰腺癌候選免疫原性膜抗原SLP-2和Prohibitin分子生物學(xué)功能研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

4 姚娜;西藏班戈絨山羊高海拔環(huán)境適應(yīng)性的遺傳分析[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2014年

5 羅起勝;ENO1在膠質(zhì)瘤中的表達(dá)、功能及分子機(jī)制初步研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2014年

6 李鐵求;前列腺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析及功能預(yù)測[D];南方醫(yī)科大學(xué);2014年

7 高雪;PHII-7體外抑制腫瘤侵襲遷移作用機(jī)制研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2014年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 張照勇;腎結(jié)核尿液蛋白指紋圖譜診斷模型的研究[D];新疆醫(yī)科大學(xué);2011年

2 倪前偉;利用酵母雙雜交技術(shù)篩選p12~(CDK2AP1)新的相互作用蛋白Nbp及生物信息學(xué)分析[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2011年

3 楊健健;文獻(xiàn)計(jì)量學(xué)和文本挖掘在生命科學(xué)中的應(yīng)用[D];蘇州大學(xué);2011年

4 蔡科科;MIF基因在前列腺癌中的表達(dá)及其單核苷酸多態(tài)性與前列腺癌易感性的研究[D];天津醫(yī)科大學(xué);2013年

5 吳娜;Anxa5下調(diào)對Hca-F體外增殖、侵襲、遷移及細(xì)胞周期的影響[D];大連醫(yī)科大學(xué);2013年

6 孫文霞;Ophiobolin O通過周期阻滯和凋亡在體內(nèi)外逆轉(zhuǎn)耐藥細(xì)胞MCF-7/ADR的機(jī)制研究[D];第二軍醫(yī)大學(xué);2013年

7 任學(xué)寶;膽囊鱗癌/腺鱗癌PHB和SNRPB表達(dá)及與膽囊腺癌的比較研究[D];中南大學(xué);2013年

8 李吟;前列腺癌分子網(wǎng)絡(luò)標(biāo)記物的識(shí)別及分析[D];蘇州大學(xué);2014年

9 郝玉美;~(99m)Tc標(biāo)記T7肽用作腫瘤新生血管整合素αvβ3受體顯像劑的生物分布研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2014年

10 彭博雅;Anxa5表達(dá)上調(diào)增強(qiáng)鼠肝癌Hca-P淋巴道轉(zhuǎn)移潛能[D];大連醫(yī)科大學(xué);2014年

【二級參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前4條

1 馬玉波;嚴(yán)惟力;戴繼燦;徐楓;遠(yuǎn)奇;施鶴海;;~(89)Sr治療前列腺癌骨轉(zhuǎn)移療效分析[J];中華男科學(xué)雜志;2008年09期

2 張劍;王東文;雙衛(wèi)兵;馬志方;張利;趙斌;李翔;;血清PSA、PSAD結(jié)合病理分級對前列腺癌骨轉(zhuǎn)移的診斷價(jià)值[J];中華男科學(xué)雜志;2009年01期

3 葉定偉;李長嶺;;前列腺癌發(fā)病趨勢的回顧和展望[J];中國癌癥雜志;2007年03期

4 張星星,毛定安,羅小平,易著文,王秀英,黨西強(qiáng),王成;單純型3-甲基巴豆酰輔酶A羧化酶缺乏癥2例并文獻(xiàn)復(fù)習(xí)[J];中國實(shí)用兒科雜志;2005年08期

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 謝芳;胸膜肺炎放線桿菌1型3型差異基因及兩種蛋白功能研究[D];吉林大學(xué);2010年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前1條

1 李冰;獺兔毛囊發(fā)育規(guī)律及不同被毛密度獺兔皮膚組織差異基因的篩選[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

，

本文編號：1358639