目的:本研究旨在篩選重度抑郁癥(MDD)的外周血潛在診斷標(biāo)志物。方法:首先,從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)集GSE32280。通過(guò)R軟件篩選MDD與正常對(duì)照外周血樣本的差異表達(dá)基因(DEGs)。對(duì)篩選出來(lái)的DEGs進(jìn)行GO功能注釋以及KEGG通路富集分析;然后,采用Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò),并從中篩選出關(guān)鍵(hub)基因。采用R軟件對(duì)hub基因進(jìn)行ROC分析,進(jìn)而鑒定出具有診斷價(jià)值的hub基因。結(jié)果:從GSE32280數(shù)據(jù)集中共篩選出104個(gè)DEGs,其中上調(diào)基因47個(gè),下調(diào)基因57個(gè)。GO功能注釋顯示,104個(gè)DEGs主要涉及細(xì)胞增殖、炎癥反應(yīng)、轉(zhuǎn)運(yùn)調(diào)控等功能。KEGG通路富集分析結(jié)果顯示,DEGs主要富集在NK細(xì)胞介導(dǎo)的細(xì)胞毒性、細(xì)胞因子與其受體相互作用和趨化因子信號(hào)通路。從PPI網(wǎng)絡(luò)中獲取16個(gè)hub基因。對(duì)hub基因進(jìn)行ROC分析結(jié)果顯示,CXCL1、EGF、IFNG和CXCL8在MDD中具有較高的診斷價(jià)值。結(jié)論:CXCL1、EGF、IFNG和CXCL8是MDD重要的診斷標(biāo)志物。

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【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 下載獲取數(shù)據(jù)集
    1.2 DEGs鑒定
    1.3 DEGs的功能注釋和通路富集分析
    1.4 構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)并鑒定hub基因
    1.5 診斷生物標(biāo)記物篩選
    1.6 統(tǒng)計(jì)分析
2 結(jié)果
    2.1 明確DEGs
    2.2 GO功能注釋和KEGG通路富集分析
    2.3 MDD相關(guān)通路及基因的GSEA富集分析
    2.4 構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)及選擇hub基因
    2.5 明確MDD診斷標(biāo)記物
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本文編號(hào)：4018070